Tổng công ty rau quả Việt Nam được thành lập theo quyết định số 63 – NN – TCCB/QB ngày 11/02/1988 của Bộ Nông nghiệp và công nghiệp thực phẩm (nay là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn) trên cơ sở hợp nhất của 3 công ty là Tổng công ty XNK rau quả, Công ty rau quả Trung ương và Liên hiệp các xí nghiệp nông – công nghiệp Phú Quỳ.
Ngày 11/06/2003 Tổng công ty rau quả, nông sản Việt Nam được thành lập theo quyết định số 66/QĐ-BNN-TCCB của Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam do sự sát nhập của Tổng công ty xuất nhập khẩu nông sản và thực phẩm chế biến với Tổng công ty rau quả Việt Nam. Tổng công ty rau quả, nông sản Việt Nam bắt đầu hoạt động từ ngày 01 tháng 07 năm 2003
Vegetexco Vietnam là doanh nghiệp nhà nước, có tư cách pháp nhân theo pháp luật Việt Nam, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc Nhà nước và các ngân hàng trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật. Tổng công ty là một tổ chức lớn của nhà nước thực hiện các nhiệm vụ kinh doanh các sản phẩm rau quả và liên doanh với các tổ chức nước ngoài về các lĩnh vực sản xuất nông nghiệp, chế biến nông nghiệp và các sản phẩm rau quả, gia vị.
Hoạt động của Tổng công ty được chia thành 4 giai đoạn chính như sau:
Giai đoạn I (1988-1990)
Thời kỳ này Tổng công ty triển khai tổ chức mới, tiếp nhận các đơn vị thuộc ngành và tổ chức lại hoạt động của các đơn vị theo cơ chế bao cấp, mô hình khép kín từ nghiên cứu, sản xuất, chế biến đến kinh doanh xuất nhập khẩu. Trong giai đoạn này hoạt động kinh doanh của tổng công ty nằm trong chương trình hợp tác rau quả nông sản của Việt Nam và Liên Xô (1986-1990) nên được Liên Xô cung cấp hầu hết các vật tư phục vụ cho quá trình sản xuất đồng thời cung cấp cho công ty một thị
trường tiêu thụ rộng lớn, ổn định, từ đó tạo cho ngành rau quả nông sản cơ sở vật chất ban đầu.
Giai đoạn 2 (1991-1995)
Trong giai đoạn này chính sách về xuất nhập khẩu rau quả của Nhà nước có sự thay đổi, cho phép hàng loạt doanh nghiệp kinh doanh và xuất khẩu rau quả ra đời và đi vào hoạt động, làm đánh mất vị trí độc tôn của VEGETEXCO trên thị trường rau quả nông sản Việt Nam. Môi trường cạnh tranh gay gắt buộc các doanh nghiệp muốn tồn tại phải có sự đầu tư, nghiên cứu, thay đổi cơ chế hoạt động phù hợp và không ngừng nâng cao chất lượng sản phẩm.
Không đứng ngoài vòng thay đổi của nền kinh tế, tổng công ty rau quả nông sản đã sắp xếp lại bộ máy tổ chức, hoàn thiện và củng cố các đơn vị theo hướng giảm đầu mối, tinh giảm bộ máy quản lý, nâng cao hiệu quả hoạt động.
Giai đoạn 3 (1996-2002)
Trải qua thời kì chuyển cơ chế với nhiều khó khăn thử thách, trong giai đoạn nay, công ty đã tìm được cho mình một hướng đi vững chắc hơn, mở rộng quy mô hoạt động, đa dạng hóa sản phẩm và đa dạng hóa thị trường.
Bất chấp những thách thức về sự biến động nền kinh tế thế giới (chịu ảnh hưởng lớn nhất từ cuộc khủng hoảng kinh tế Châu Á 1997), với năng lực sẵn có cùng với sự giúp đỡ, hỗ trợ của Đảng và Nhà nước, Tổng công ty vẫn hoàn thành kế hoạch chung, đồng thời đạt những kết quả đáng mừng. Giá trị năm sau luôn cao hơn những năm trước và vượt chỉ tiêu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đưa ra.
Giai đoạn 4 (2003-nay)
Ngày 11-06-2003 Tổng công ty rau quả nông sản Việt Nam được thành lập trên cơ sở sát nhập của 2 tổng công ty lớn là Tổng công ty Rau quả Việt Nam và Tổng công ty Xuất, nhập khẩu nông sản và thực phẩm chế biến theo quy đinh 66/QĐ – BNN – TCCB của Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam.
Hiện nay tổng công ty mở rộng quy mô hoạt động hơn trước, cụ thể bao gồm các đơn vị thành viên như sau: 3 đơn vị phụ thuộc, 22 đơn vị hạch toán độc lập, 8 doanh nghiệp cổ phần, 5 đơn vị liên doanh, đông thời Tổng công ty còn có cơ quan đại diện tại Moscow ở CHLB Nga và Philadenphia ở Mỹ.