ở mỗi nước đều có một cơ quan chịu trách nhiệm quản lý quỹ NSNN, thực hiện việc thu, chi theo đúng danh mục, mục lục NSNN từ trung ương đến địa phương - đó là KBNN hoặc ngân khố quốc gia. Cơ quan này trực thuộc bộ Tài chính hoặc Ngân hàng trung ương. ở một số nước, KBNN ngoài nhiệm vụ quản lý quỹ ngân sách nhà nước còn phải tổ chức trực tiếp thu nhận các nguồn thu (thu thuế, lệ phí, các khoản trách nộp..), cất giữ và chi trả theo lệnh của cơ quan tài chính, quản lý nợ nhà nước, mua bán, cất giữ các giấy tờ, các chứng chỉ có giá.., một số trường hợp còn kiêm luôn cả nhiệm vụ phát hành tiền,
ở Việt Nam, sau khi Cách mạng tháng Tám (1945) thành công và chính quyền nhân dân được thành lập, Thủ tướng Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hoà đã ra Sắc lệnh số 45/TTg thành lập Tổng nha Ngân khố quốc gia trực thuộc Bộ Tài chính. Theo Sắc lệnh đó, Tổng nha Ngân khố có nhiệm vụ quản lý quỹ ngân sách nhà nước, các quỹ dự trữ tài chính nhà nước, phát hành tiền tệ, quản lý các tài khoản kim khí quý, đá quý.
Tháng 5/1951, với việc thành lập Ngân hàng Quốc gia Việt Nam (nay là NHNN), các nhiệm vụ quản lý quỹ ngân sách nhà nước, quản lý các quỹ dự trữ tài chính nhà nước, quản lý vàng bạc, kim khí quý, đá quý và nhiệm vụ phát hành tiền của Tổng nha Ngân khố sang cho Ngân hàng Quốc gia đảm nhiệm. Trong thời kỳ dài, NHNN đã tích cực, chủ động trong việc chấp hành NSNN, góp phần cùng với cơ quan tài chính thực hiện việc phân phối và phân phối lại thu nhập quốc dân, tổ chức và kế hoạch hoá điều hoà lưu thông tiền tệ và qua đó phát huy vai trò giám đốc bằng tiền của hệ thống tài chính tín dụng thống nhất đối với quá trình tái sản xuất xã hội.
chính nhà nước, ngày 04/1/1990 HĐBT (nay là Chính phủ) đã ra Quyết định 07/HĐBT chuyển nhiệm vụ quỹ ngân sách nhà nước và các quỹ dự trữ tài chính nhà nước, quỹ dự trữ ngoại tệ tập trung (kể cả vàng bạc, kim khí, đá quý..) của nhà nước từ NHNN sang Bộ Tài chính và thành lập hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính để đảm nhiệm nhiệm vụ này. Hệ thống KBNN được thành lập và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/4/1990 đánh dấu một bước đổi mới quan trọng trong nền tài chính nước ta. Hệ thống KBNN được tổ chức thành 3 cấp: KBNN Trung ương, KBNN tỉnh, thành phố và KBNN quận, huyện. KBNN có 4 nhiệm vụ chủ yếu sau:
- Quản lý quỹ NSNN, các quỹ tài chính của nhà nước; - Huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển;
- Quản lý tài sản, tiền và các chứng chỉ có giá của nhà nước, đơn vị và cá nhân dân gửi tại KBNN;
- Tổ chức thanh toán và kế toán KBNN.
Trong các nhiệm vụ nêu trên, quản lý quỹ NSNN được coi là nhiệm vụ quan trọng nhất với 5 nội dung cơ bản: phân bổ dự toán năm, phân bổ hạn mức quý; thực hiện tập trung nguồn thu; cấp phát, thanh toán; hạch toán kế toán thu, chi quỹ ngân sách nhà nước; báo cáo quyết toán. Trong 5 nội dung quản lý quỹ NSNN, bốn nội dung sau thuộc về trách nhiệm chính của KBNN. Cụ thể như sau:
- Tập trung nguồn thu: toàn bộ các khoản thu của NSNN phải được nộp trực tiếp vào KBNN. Trong trường hợp đặc biệt cơ quan thu được tổ chức thu trực tiếp nhưng phải nộp đầy đủ, đúng thời hạn và KBNN theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
- Cấp phát, thanh toán: Đây là vấn đề tương đối trọng tâm của quản lý chi NSNN và là nhiệm vụ nặng nề của KBNN, sẽ được trình bày ở mục tiếp theo của phàn này với nội dung kiẻm soát chi NSNN.
- Hạch toán kế toán và quyết toán NSNN: việc hạch toán kế toán thu, chi của NSNN được thực hiện theo chế độ kế toán NSNN. Chế độ kế toán phải được đảm bảo thống nhất về sổ sách, chứng từ kế toán, hệ thống tài khoản và phương pháp hạch toán để tất cả các đơn vị KBNN, cơ quan Tài chính, các đơn vị sử dụng ngân sách thực hiện.
Trong giai đoạn hiện nay, có nhiều cơ quan làm nhiệm vụ kế toán ngân sách chưa tập trung nên mỗi đơn vị làm từng phần của mình theo sự phân công, hướng dẫn của Bộ Tài
chính. Việc quyết toán NSNN thuộc trách nhiệm cơ quan tài chính các cấp. Theo Luật NSNN sửa đổi năm 2002 nhiệm vụ đó giao cho KBNN từ năm 2004. Tức là KBNN sẽ phải đảm nhận toàn bộ nhiệm vụ hạch toán kế toán và quyết toán NSNN. Tuy nhiên, đây là vấn đề có nhiều nội dung lớn và phức tạp cần được triển khai đồng bộ theo kế hoạch, cải cách đổi mới nhiều năm mới có thể đạt được.
Trên thực tế gần đây, KBNN được giao thêm một số nhiệm vụ liên quan ngoài các nội dung trên như tham gia xây dựng các kế hoạch NSNN, tham gia điều hành quỹ NSNN, tham gia quản lý một số dự án do các ngành, các cấp giao thêm… Những vấn đề đó cần phải được tiếp tục nghiên cứu thêm để tuỳ tình hình cụ thể mà có những quyết định xử lý phù hợp.