Nhiệm vụ của cơ quan KTNN đã được Luật NSNN ban hành năm 2002 quy định tại Điều 66 và Điều 67, như sau:
- Cơ quan KTNN thực hiện việc kiểm toán, xác định tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo quyết toán NSNN các cấp, cơ quan, đơn vị có liên quan theo quy định của pháp luật.
- Khi thực hiện nhiệm vụ, cơ quan KTNN có quyền độc lập và chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết luận kiểm toán của mình; trong trường hợp cần thiết, cơ quan KTNN được đề nghị các cơ quan chức năng phối hợp công tác để thực hiện nhiệm vụ được giao.
- Cơ quan KTNN có trách nhiệm báo cáo kết quả kiểm toán với Quốc hội, ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ và cơ quan khác theo quy định của pháp luật; thực hiện kiểm toán khi Quốc hội, ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chính phủ có yêu cầu.
- Việc kiểm toán quyết toán ngân sách được thực hiện trước khi Quốc hội, HĐND phê chuẩn quyết toán; trường hợp kiểm toán sau khi Quốc hội, HĐND phê chuẩn quyết toán thì thực hiện theo quy định của pháp luật.
- Trong trường hợp quyết toán ngân sách chưa được Quốc hội, HĐND phê chuẩn thì Chính phủ, UBND trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình và cơ quan KTNN đã kiểm toán phải tiếp tục làm rõ những vấn đề Quốc hội, HĐND yêu cầu để trình Quốc hội, HĐND vào thời gian do Quốc hội, HĐND quyết định.
Nhà nước đã có một hệ thống thanh tra, kiểm tra, nhưng trong giai đoạn hiện nay, dư luận quan tâm nhiều đến chất lượng công trình; hiệu quả đầu tư của các dự án không cao, thậm chí kém hiệu quả; tệ nạn tham nhũng ngày càng gia tăng và hoạt động của chúng ngày càng tinh vi. Nhưng để có bằng chứng, kết luận những người, những vụ việc tham nhũng thì chưa nhiều, bởi hoạt động của ĐT&XD là rất phức tạp và khó khăn. Mặt khác hệ thống thanh tra, kiểm tra hàng năm chỉ mới kiểm tra, kiểm toán được khoảng 20% số dự án đầu tư trong năm. Tuy kết quả thanh tra, kiểm toán chưa nhiều, nhưng cũng đã phát hiện và thu hồi nộp NSNN những khoản chi sai của các công trình và dự án xây dựng hàng trăm tỷ đồng mỗi năm. Hiện nay còn khoảng 80% dự án hàng năm chưa được thanh tra, kiểm toán, vậy thất thoát còn nhiều đó là vấn đề bức xúc, mà dư luận xã hội đang quan tâm. Để khắc phục trình trạng này chúng tôi đề nghị:
- Phát triển KTNN để thực sự trở thành công cụ quan trọng và đủ mạnh của Nhà nước thực hiện kiểm tra, kiểm soát nghiêm ngặt tài chính Nhà nước và tài sản công là đòi hỏi tất yếu và khách quan của việc xây dựng Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa và nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa ở nước ta.
- Phát triển KTNN phải đảm bảo quán triệt và thể chế hóa các quan điểm của Đảng về KTNN đã được ghi trong các nghị quyết của Đảng: đề cao vai trò của cơ quan KTNN trong việc kiểm toán mọi cơ quan, tổ chức có sử dụng ngân sách Nhà nước; thực hiện chế độ định kỳ kiểm toán nhà nước, công khai thu chi ngân sách cho dân biết; nâng cao hiệu lực pháp lý và chất lượng KTNN như một công cụ mạnh của Nhà nước.
- Phát triển KTNN đảm bảo xu thế hội nhập quốc tế, phù hợp với các nguyên tắc, thông lệ quốc tế và sát hợp với điều kiện thực tế của Việt Nam.
- Nhà nước đảm bảo đầy đủ và có chính sách ưu tiên thích đáng các nguồn lực cần thiết cho tổ chức bộ máy và hoạt động của KTNN để đảm bảo tính độc lập trong quá trình thực hiện các chức năng nhiệm vụ được giao.
- Cần thực hiện chế độ kiểm toán vốn đầu tư xây dựng, ngay trong giai đoạn chuẩn bị đầu tư, đến giai đoạn dự án hoàn thành lập báo cáo quyết toán, chứ không chỉ kiểm toán khi dự án có báo quyết toán như hiện nay;
- Cần giao quyền hạn cho KTNN thực hiện trong quá trình kiểm toán, như được đối chiếu hóa đơn vật liệu xây dựng, vật tư thiết bị của các đơn vị cung cấp cho công trình và đối chiếu với công tác ghi chép kế toán của đơn vị thi công, lắp đặt thiết bị. Nội dung này Thanh tra Chính phủ hiện nay đang thực hiện, qua kiểm tra đối chiếu đã phát hiện được nhiều sai phạm về khối lượng vật tư không có thực trong quyết toán dự án hoàn thành. Đây là phương pháp kiểm toán rất quan trọng, vì trong XDCB có nhiều khối lượng che khuất, do vậy nếu không kiểm toán bằng phương pháp đối chiếu thì không phát hiện được gian lận trong thi công.
- Báo cáo kiểm toán do cơ quan kiểm toán thực hiện phải chỉ rõ tổ chức, cá nhân làm thất thoát vốn đầu tư của nhà nước để cơ quan chức năng có căn cứ xử lý trách nhiệm tổ chức và cá nhân (lâu nay chỉ mới nêu số lượng, tỷ lệ vốn thất thoát).
- Kết quả kiểm toán phải được công khai và xử lý nghiêm những cá nhân và tổ chức không thực hiện kiến nghị của cơ quan kiểm toán.