Công tác quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành là khâu cuối cùng trong dây chuyền quản lý vốn đầu tư. Trong thực tế công tác quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành còn chậm và nhiều sai sót khi thẩm tra phê duyệt quyết toán, vì người có thẩm quyền quyết định đầu tư đồng thời là người phê duyệt dự án hoàn thành. Như vậy vừa đá bóng vừa thổi còi, cho nên công tác phê duyệt quyết toán sẽ có nhiều tiềm ẩn tiêu cực trong đó, mà khó có thể phát hiện ra. Để khắc phục tồn tại đó xin đề nghị:
- Người có thẩm quyền quyết định đầu tư không được phê duyệt quyết toán vốn đầu tư. Công tác phê duyệt quyết toán nên giao cho một cơ quan khác để kiểm soát lẫn nhau và đảm bảo tính khách quan. Thực hiện việc này nhằm chống độc quyền và đầu tư kép kín như hiện nay.
- Giữ lại 15% giá trị gói thầu được thực hiện để chờ công tác quyết toán và phê duyệt quyết toán (tỷ lệ này cao hơn quy chế là 10%). Số tiền giữ lại được tính lãi theo lãi suất cho vay của ngân hàng và thanh toán cho đơn vị thi công khi có kết quả phê duyệt quyết toán. Tuy nhiên đơn vị thi công phải đảm bảo thời gian quyết toán theo quy định, thì mới được thanh toán số lãi đó. Ngược lại nếu đơn vị thi công chậm quyết toán, thì phải xử
phạt theo một tỷ lệ nhất định. Như vậy công tác quyết toán dự án hoàn thành sẽ có ý nghĩa thực sự.
- Quy chế quản lý ĐT&XD, chưa quy định cụ thể trách nhiệm bồi thường vật chất của người có thẩm quyền phê duyệt quyết toán. Để nâng cao trách nhiệm, cần phải quy định mức bồi thường vật chất do phê duyệt quyết toán không chính xác, có như vậy mới hạn chế được tiêu cực trong công tác quyết toán và phê duyệt quyết toán.
- Quy định, lưu trữ hồ sơ pháp lý của công trình, bởi hiện nay các công trình xây dựng dân dụng vừa mới đưa vào sử dụng 8 đến 10 năm cần phải cải tạo, sửa chữa, thì không còn hồ sơ pháp lý xây dựng để lập phương án sửa chữa. Muốn lập phương án sửa chữa thì phải thuê tư vấn khảo sát thiết kế đến khảo sát, đo vẽ để thiết kế, lập phương án sửa chữa, gây lãng phí tốn kém NSNN. Những trường hợp đó phải xử lý trách nhiệm những người không lưu trữ hồ sơ, hoặc lập phương án sửa chữa, cải tạo không căn cứ vào hồ sơ pháp lý cũ của công trình đó.