- Nội dung cỏc sắc thuế cũn phức tạp, cơ chế quản lý thuế chưa được quy định rừ ràng trong cỏc văn bản quy phạm phỏp luật. Thủ tục kờ khai và nộp thuế cũn phức tạp gõy khú khăn cho tổ chức, cỏ nhõn nộp thuế và thiếu tớnh thống nhất giữa cỏc sắc thuế và giữa cỏc doanh nghiệp. Thủ tục quản lý thu nộp thuế được quy định rải rỏc trong tất cả cỏc Luật, Phỏp lệnh về thuế và phớ nờn chưa quy chuẩn thống nhất cỏc quy trỡnh quản lý thu thuế của cỏc sắc thuế khỏc nhau. Chưa cú văn bản phỏp qui nào định nghĩa hành vi trốn thuế, vỡ vậy trong quỏ trỡnh thực hiện đang cũn nhiều lỳng tỳng. Quy trỡnh quản lý thuế trong giai đoạn này vẫn cũn hạn chế là chưa thật đơn giản hoỏ cỏc thủ tục quản lý, kờ khai thuế và thu nộp thuế. Việc này vừa gõy khú khăn cho DN trong việc kờ khai, nộp thuế, vừa làm cho hệ thống quản lý thuế của cơ quan thuế phức tạp hơn, tốn nhiều nhõn lực hơn. - Việc tuyờn truyền giỏo dục phỏp luật thuế và cung cấp cỏc dịch vụ hỗ trợ cho DN tuy cú nhiều bước tiến song vẫn chưa đỏp ứng yờu cầu của DN cũng như yờu cầu của quản lý thuế hiện đại:
Việc tuyờn truyền giỏo dục, hướng dẫn giải thớch chớnh sỏch thuế chưa thường xuyờn, liờn tục để nõng cao tớnh tuõn thủ, tự nguyện, nõng cao trỏch nhiệm phỏp luật về thuế; chưa tạo
được sự chuyển biến mạnh mẽ của đối tượng nộp thuế về tinh thần tự giỏc và trỏch nhiệm và nghĩa vụ nộp thuế đối với Nhà nước.
Nội dung và hỡnh thức tuyờn truyền giỏo dục phỏp luật thuế cũng như cung cấp dịch vụ hỗ trợ cho DN cũn nghốo nàn. Cỏc chương trỡnh tuyờn truyền về thuế chưa thành hệ thống, chưa cú cỏc chiến dịch vào mựa cao điểm (như thời gian kờ khai thuế TNDN), chưa đưa giỏo dục thuế vào chương trỡnh giỏo dục phổ thụng. Chưa xõy dựng được cỏc chương trỡnh dịch vụ hỗ trợ cho DN theo cỏc phương thức hiện đại như: Trung tõm trả lời điện thoại tự động cỏc vướng mắc của DN, thư điện tử tự động; chưa cú cỏc dịch vụ cung cấp hướng dẫn trọn gúi cho doanh nghiệp cựng với tờ khai thuế. Trang thụng tin điện tử ngành Thuế cũn chậm cập nhật cỏc văn bản phỏp luật mới về thuế, cỏc hướng dẫn, trả lời của cơ quan thuế.
- Cụng tỏc thanh tra, kiểm tra:
Tỷ lệ doanh nghiệp được thanh tra kiểm tra cũn quỏ thấp (mới chỉ chiếm 10-15% tổng số doanh nghiệp). Chưa thực hiện đỏnh giỏ, phõn loại rủi ro trong cụng tỏc lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra nhằm phỏt hiện đối tượng cú nhiều khả năng trốn thuế, lậu thuế để tiến hành thanh tra, kiểm tra. Do đú, cú tỡnh trạng thanh tra khụng đỳng đối tượng đồng thời gõy lóng phớ nguồn nhõn lực của cơ quan thuế và phiền hà cho những DN tuõn thủ tốt luật thuế. Hệ thống thụng tin phục vụ quản lý thuế chưa được chỳ ý xõy dựng. Do đú thiếu thụng tin phục vụ cho việc phõn tớch, đỏnh giỏ rủi ro.
Hơn nữa, cụng tỏc thanh tra, kiểm tra xử lý cỏc hành vi vi phạm về thuế của cơ quan thuế chưa được đặt đỳng tầm. Chức năng và quyền hạn của thanh tra, kiểm tra thuế cũn hạn chế, chưa trở thành cụng cụ cú hiệu lực để chống thất thu ngõn sỏch và răn đe, ngăn chặn cỏc hành vi vi phạm về thuế. Mọi vi phạm hỡnh sự về thuế đều phải chuyển qua cơ quan phỏp luật để điều tra khởi tố vụ ỏn. Cơ quan thuế thiếu chức năng điều tra cưỡng chế thuế; Chế tài xử lý vi phạm về thuế chưa được quy định rừ ràng, cỏc hỡnh thức xử phạt về thuế cũn nhẹ chưa đủ mức răn đe, ngăn chặn cỏc hành vi gian lận thuế. Số lượng cỏn bộ làm cụng tỏc thanh tra, kiểm tra thuế núi chung và thanh tra, kiểm tra DN cũn mỏng; trỡnh độ chuyờn mụn nghiệp vụ và kỹ thuật thanh tra, kiểm tra cũn hạn chế.
- Ứng dụng cụng nghệ tin học trong việc quản lý thuế cũn ở mức thấp so với cỏc nước trong khu vực và trờn thế giới, Nhiều khõu trong qui trỡnh quản lý đối với DN chưa được tin học hoỏ hỗ trợ như thanh tra, quản lý thu nợ. Vỡ vậy, năng suất, hiệu quả quản lý
thuế cũn thấp dẫn đến hạn chế khả năng kiểm soỏt và quản lý thuế của cơ quan thuế, đặc biệt đối với quản lý DN ở cấp Chi cục Thuế quản lý.
- Quản lý thu nợ thuế núi chung và nợ thuế của DN núi riờng là một khõu cơ bản của quản lý thuế nhưng chưa cú bộ mỏy riờng để thực hiện cú hiệu quả chức năng này. Từ trước đến nay việc theo dừi quản lý và đụn đốc thu nợ thuế đối với DN được giao cho Phũng (Đội) quản lý thu, trong khi Phũng (Đội) quản lý thu phải thực hiện cỏc nhiệm vụ chớnh là đụn đốc nộp tờ khai, nộp thuế, kiểm tra tờ khai, quyết toỏn thuế, xem xột cỏc hồ sơ miễn, giảm, hoàn thuế trỡnh cấp cú thẩm quyền, tham gia thanh tra, kiểm tra thuế, thực hiện cỏc bỏo cỏo về doanh nghiệp. Vỡ vậy, trong thực tế, Phũng (Đội) quản lý thu mới chỉ dừng ở việc đụn đốc, cũn khi DN chõy ỳ khụng nộp thuế thỡ chưa cú kế hoạch và biện phỏp thực hiện cưỡng chế thu nợ. Tại cơ quan thuế Trung ương cũng chưa cú bộ phận tổ chức chuyờn trỏch để hướng dẫn và chỉ đạo trong toàn ngành cụng tỏc này.
- Chưa xoỏ bỏ triệt để chế độ cỏn bộ chuyờn quản DN vỡ trong qui trỡnh quản lý cũng như cơ cấu tổ chức quản lý vẫn tồn tại cỏc Phũng (Đội) quản lý doanh nghiệp. Chưa phõn bổ nguồn nhõn lực tương xứng với quản lý thu thuế khu vực DN: thu từ khu vực DN chiếm gần 80% tổng thu nội địa, trong khi số cỏn bộ quản lý chỉ chiếm 35%. Mặc dự đối với khu vực DN, tổ chức quản lý thu thuế đó dần dần được chuyển đổi theo chức năng và tỷ lệ cỏn bộ bố trớ cho cỏc chức năng trọng yếu đó cao hơn tỷ lệ chung của toàn ngành đối với quản lý tất cả cỏc loại thuế, phớ, lệ phớ. Tuy nhiờn việc phõn bổ nhõn lực giữa cỏc khõu (chức năng) cũng chưa tương xứng, phự hợp với yờu cầu quản lý. Bố trớ cỏn bộ cho khõu quản lý trực tiếp DN cũn quỏ lớn (ở cỏc nước khụng cũn khõu này do tổ chức quản lý theo chức năng). Tỷ lệ cỏn bộ bố trớ cho cỏc khõu tuyờn truyền, cung cấp dịch vụ hỗ trợ doanh nghiệp, xử lý tờ khai và kế toỏn thuế, thanh tra kiểm tra thuế trờn tổng số cỏn bộ đều thấp so với cỏc nước và so với yờu cầu quản lý.
Năng lực, trỡnh độ của cỏn bộ núi chung và cỏn bộ quản lý thuế đối với DN núi riờng chưa đỏp ứng so với yờu cầu quản lý thuế hiện đại, khoa học. Một bộ phận cỏn bộ quản lý thuế trỡnh độ hiểu biết và thực thi về chớnh sỏch thuế cũn hạn chế chưa đỏp ứng yờu cầu quản lý hiện đại và yờu cầu cải cỏch hành chớnh trong quản lý thu. Thỏi độ và phong cỏch ứng xử của cỏn bộ thuế cũn cú một số trường hợp chưa thật tận tụy, cụng tõm, khỏch quan giữa quyền lợi của Nhà nước với quyền lợi của DN; chưa trở thành người bạn đồng hành đỏng tin cậy của cỏc DN trong việc thực hiện cỏc luật thuế.
Trung tõm đào tạo của Tổng cục Thuế tuy đó được thành lập song chưa được tăng cường về số lượng và chất lượng của đội ngũ giỏo viờn.
- Mụi trường quản lý thuế chưa tạo điều kiện cho cụng tỏc quản lý thu:
Trỡnh độ hiểu biết, ý thức chấp hành cỏc luật, phỏp lệnh về thuế của đại bộ phận nhõn dõn, kể cả cỏn bộ, đảng viờn trong cỏc cơ quan nhà nước cũn nhiều hạn chế chưa tạo được dư luận rộng rói lờn ỏn mạnh mẽ cỏc hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, thậm chớ cũn khỏ nhiều trường hợp thờ ơ, khuyến khớch, đồng tỡnh. Cỏc giải phỏp quản lý kinh tế xó hội chưa được cải cỏch đồng bộ để hỗ trợ cho cụng tỏc quản lý thuế như: quản lý đất đai, quản lý thanh toỏn khụng dựng tiền mặt, quản lý xuất nhập khẩu, quản lý xuất nhập cảnh, quản lý đăng ký kinh doanh...đó làm hạn chế rất nhiều đến kết quả quản lý thuế. Sự phối hợp của cỏc cơ quan chức năng, đặc biệt là cơ quan cụng an, kiểm sỏt, quản lý thị trường chưa được thường xuyờn, liờn tục, do đú, một số vụ vi phạm lớn về thuế chưa được phỏt hiện, xử lý kịp thời. Chưa luật hoỏ và quy định rừ trỏch nhiệm của cỏc tổ chức, cỏ nhõn trong việc phối hợp với cơ quan thuế để quản lý thu thuế. Vỡ vậy, trong thực tế, cỏc cơ quan chức năng, cỏc tổ chức, cỏ nhõn cú liờn quan thiếu sự phối hợp chặt chẽ, đồng bộ và cú hiệu quả với cơ quan thuế trong việc cung cấp thụng tin và ỏp dụng cỏc biện phỏp hỗ trợ để thu đầy đủ, kịp thời tiền thuế vào NSNN. Một số cấp uỷ, chớnh quyền địa phương chưa cú sự quan tõm đỳng mức và chưa thực sự coi cụng tỏc thuế là nhiệm vụ của địa phương mỡnh.