Việc quản lý thu thuế đối với DN quốc doanh, DN đầu tư nước ngoài được giao cho Cục Thuế tỉnh, thành phố. Riờng một số DN quốc doanh nhỏ và DN ngoài quốc doanh cú thể giao cho Chi cục Thuế quản lý tuỳ theo điều kiện của từng địa phương và giao cho Cục trưởng Cục Thuế quyết định. Tổ chức bộ mỏy Cục Thuế cú cỏc phũng quản lý thu cỏc DN quốc doanh phõn theo ngành kinh tế, chịu trỏch nhiệm quản lý thu cỏc DN quốc doanh trờn địa bàn tỉnh, thành phố. Một số Cục Thuế cú số lượng DN đầu tư nước ngoài lớn được thành lập phũng Thuế Doanh nghiệp cú vốn đầu tư nước ngoài để quản lý thu thuế cỏc doanh nghiệp này như Cục Thuế Hà Nội, Thành phố Hồ Chớ Minh, Vũng Tàu, Đồng Nai, Bỡnh Dương, Hải Phũng; ngoài ra cũn cú cỏc phũng chức năng thuộc Cục Thuế.
2.1.3.Về quy trỡnh quản lý thu thuế doanh nghiệp và tổ chức thực hiện
Trong giai đoạn này, quản lý thuế được thực hiện theo cơ chế cơ quan thuế tớnh thuế.
Trước năm 1993, ngành Thuế vẫn duy trỡ việc quản lý thu thuế theo chế độ chuyờn quản khộp kớn và hoàn toàn thực hiện theo phương phỏp thủ cụng, một cỏn bộ chuyờn quản thực hiện toàn bộ cỏc khõu từ việc quản lý doanh nghiệp, kờ khai, kiểm tra tờ khai thuế đến việc tớnh thuế, ra thụng bỏo thuế.
Chớnh từ cơ chế quản lý núi trờn đó dẫn đến việc cỏn bộ chuyờn quản tiếp xỳc th- ường xuyờn và trực tiếp với doanh nghiệp, tạo điều kiện cho sự thụng đồng trốn thuế. Quyền hạn của cỏn bộ chuyờn quản được thể hiện rừ trong việc xỏc định số thuế phải nộp của DN, dẫn đến những tiờu cực trong cụng tỏc quản lý thu thuế, thất thu thuế lớn, đồng thời hạn chế tớnh tự giỏc của doanh nghiệp trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước.
Vỡ vậy, ngày 10/7/1993, Tổng cục Thuế đó ban hành Quyết định số 291TC/TCT về quy trỡnh quản lý thu thuế với việc tỏch 3 bộ phận bao gồm ba quy trỡnh riờng cho ba loại ĐTNT, trong đú cú qui trỡnh quản lý xớ nghiệp quốc doanh. Qui trỡnh này được ỏp dụng cho cỏc đối tượng là doanh nghiệp (bao gồm cả DN đầu tư nước ngoài và ngoài quốc doanh, tuy nhiờn lỳc đú, số lượng cỏc DN này cũn rất nhỏ). Qui trỡnh này cú đặc điểm là thực hiện chuyển đổi từ phương phỏp quản lý khộp kớn đối với từng DN sang phương phỏp quản lý thuế chuyờn mụn hoỏ theo 3 bộ phận: bộ phận quản lý DN, bộ phận tớnh thuế và phỏt hành thụng bỏo thuế, bộ phận thanh tra thuế. Ba bộ phận này hoạt động độc lập nhau
nhưng cú mối quan hệ chặt chẽ, hỗ trợ và kiểm soỏt lẫn nhau, đảm bảo cho cụng tỏc quản lý thu thuế chớnh xỏc, chống thất thu thuế và hạn chế cỏc hiện tượng tiờu cực trong việc thu, nộp thuế.
Cỏc DN thực hiện kờ khai nộp thuế hàng thỏng và cỏn bộ thuế được phõn cụng quản lý DN đú cú trỏch nhiệm xỏc nhận vào tờ khai thuế của DN. Quy định này đó làm giảm trỏch nhiệm và tớnh tự giỏc kờ khai thuế của DN, đồng thời cơ quan thuế phải gỏnh chịu hành vi vi phạm luật thuế của DN do chưa thể xỏc định chớnh xỏc nghĩa vụ thuế của DN thụng qua tờ khai nhưng đó phải ký xỏc nhận trờn tờ khai.
Cỏn bộ phũng (đội) quản lý thuế doanh nghiệp thực hiện hướng dẫn kờ khai thuế, kiểm tra tờ khai và kiểm tra đối với DN hàng thỏng hoặc định kỳ. Phũng (tổ) thanh tra chủ yếu mới thực hiện việc thanh tra, kiểm tra nội bộ ngành và thanh tra, kiểm tra thuế đối với từng vụ việc. Cụng tỏc thụng tin tuyờn truyền thuế và phục vụ DN: chủ yếu do cỏn bộ của bộ phận quản lý DN thực hiện và mới chỉ dừng lại ở việc hướng dẫn DN kờ khai đăng ký thuế, kờ khai tờ khai thuế và hướng dẫn cỏc thủ tục liờn quan đến việc thu nộp thuế. Việc hướng dẫn DN chưa được tiến hành thường xuyờn, chất lượng chưa cao. Ngoài ra, ngành Thuế đó phối hợp với một số phương tiện thụng tin như bỏo, đài nhằm tuyờn truyền cỏc luật thuế, song rất hạn chế. Vỡ vậy, việc hiểu biết về luật thuế và cỏc thủ tục thu nộp thuế của DN cũn rất thấp, DN chưa nhận thức được về quyền lợi và trỏch nhiệm nghĩa vụ nộp thuế đối với Nhà nước.
Quản lý thuế đối với DN giai đoạn này chủ yếu bằng thủ cụng. Cụng tỏc tin học mới từng bước để làm quen với mỏy tớnh và chỉ ứng dụng trong việc xử lý một phần số liệu kế toỏn, thống kờ thuế, bước đầu xõy dựng cỏc hệ thống phần mềm ứng dụng và thiết lập cỏc hệ cơ sở dữ liệu chuyờn ngành... Tổng cục thuế đó trang bị gần 1.800 mỏy vi tớnh cỏ nhõn cho cỏc đơn vị thuế trọng điểm cú số thu lớn và phỏt triển một số ứng dụng đơn giản chạy trờn cỏc mỏy tớnh đơn lẻ phục vụ cho việc xử lý số liệu kế toỏn, thống kờ thuế và một số ứng dụng khỏc.
Như vậy, cựng với việc sửa đổi, bổ sung chớnh sỏch thuế, việc phõn cấp quản lý DN, qui trỡnh quản lý thuế núi chung và qui trỡnh quản lý thuế đối với DN đó cũng được nghiờn cứu xõy dựng từng bước phự hợp với những cải cỏch của chớnh sỏch thuế và nõng cao hiệu quả quản lý, chống thất thu thuế và hạn chế cỏc hiện tượng tiờu cực trong việc thu, nộp thuế.
tại như sau:
- Quy trỡnh quản lý thuế đó được cải tiến với việc tỏch 3 bộ phận mang tớnh độc lập tương đối, nhưng trờn thực tế việc thực hiện qui trỡnh này cũn rất hạn chế. Quản lý thu thuế vẫn cũn mang tớnh khộp kớn. Việc quản lý thu thuế theo đối tượng và chủ yếu vẫn thực hiện chế độ cỏn bộ chuyờn quản, phương phỏp quản lý chủ yếu vẫn mang tớnh thủ cụng. Việc phối hợp, kiểm tra và kiểm soỏt giữa 3 bộ phận chưa được tiến hành chặt chẽ, chưa phỏt huy hết tỏc dụng tớch cực của qui trỡnh mới.
- Cụng tỏc thanh tra, kiểm tra thuế chưa được chỳ trọng đỳng mức. Bộ mỏy thanh tra chưa đủ mạnh để thực hiện chức năng kiểm tra cỏc DN, phỏt hiện cỏc trường hợp khai man, trốn lậu thuế.
- Cụng tỏc tuyờn truyền, hỗ trợ phục vụ DN chưa được đặt ra như một nhiệm vụ trọng tõm của ngành Thuế. Vỡ vậy, sự hiểu biết về luật thuế của DN cũn rất thấp. Doanh nghiệp chưa nhận thức được trỏch nhiệm và nghĩa vụ nộp thuế của mỡnh.
- Ứng dụng cụng nghệ tin học vào cụng tỏc quản lý thuế ở mức thấp. Quy trỡnh quản lý thu thuế chưa mụ tả chi tiết hết cỏc nhiệm vụ phải thực hiện trong từng khõu, chưa diễn tả rừ trỡnh tự diễn ra trong quỏ trỡnh quản lý thuế và chưa chuẩn hoỏ cỏc mẫu bảng biểu về việc xử lý thụng tin nờn việc thực hiện tin học hoỏ trong giai đoạn này rất khú khăn và hiệu quả của việc ứng dụng tin học cũn nhiều hạn chế.
Hệ thống chớnh sỏch thuế đang trong giai đoạn hỡnh thành, phỏt triển nờn thường xuyờn thay đổi là một trở ngại lớn cho cụng tỏc tin học hoỏ. Hơn nữa, trỡnh độ và kinh nghiệm về tin học lỳc đú của Việt Nam núi chung và ngành Thuế núi riờng cũn hạn chế. Vỡ vậy, mới chỉ cú một số ứng dụng trong cụng tỏc kế toỏn, thụng kờ thuế, quản lý nội bộ ngành và tớnh thuế ngoài quốc doanh, chưa cú cỏc chương trỡnh ứng dụng cho quản lý thu đối với doanh nghiệp. Hơn nữa, kinh phớ để trang bị và phỏt triển ứng dụng cụng nghệ tin học phục vụ cụng tỏc quản lý thu thuế cũn nhiều hạn hẹp.
Tớnh chất đa dạng, phức tạp của cỏc sắc thuế và phương phỏp quản lý từng sắc thuế cũng khỏc nhau; số lượng DN ngày càng tăng lờn một cỏch nhanh chúng, nờn việc xử lý dữ liệu của ngành thuế bằng phương phỏp thủ cụng chưa đỏp ứng được yờu cầu quản lý thuế.
- Việc đào tạo nõng cao trỡnh độ mới chỉ dừng ở việc đưa đi đào tạo cơ bản đại học, trung học ở cỏc trường, chứ chưa chỳ trọng đến việc đào tạo chuyờn mụn nghiệp vụ quản lý thuế.