Luật thuế GTGT cú hiệu lực từ 1/1/1999, theo đú cú 2 phương phỏp tớnh thuế: phương phỏp khấu trừ và phương phỏp trực tiếp. Phương phỏp khấu trừ ỏp dụng cho cỏc ĐTNT cú sổ sỏch kế toỏn, chứng từ hoỏ đơn và hạch toỏn đầy đủ đầu ra, đầu vào, chủ yếu là cỏc DN; phương phỏp trực tiếp ỏp dụng cho cỏc đối tượng khụng cú sổ sỏch kế toỏn, chứng từ hoỏ đơn, hoặc chưa hạch toỏn đầy đủ đầu vào và đầu ra, chủ yếu là cỏc hộ kinh doanh cỏ thể. Việc quản lý thuế GTGT theo phương phỏp khấu trừ đặt ra yờu cầu cấp bỏch về tin học hoỏ. Phõn cấp quản lý ĐTNT từ 1/1/1999 cú sự thay đổi: cỏc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương phỏp khấu trừ được tập trung quản lý tại cỏc Cục Thuế, cỏc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương phỏp trực tiếp được quản lý tại cỏc Chi cục Thuế. Như vậy, toàn bộ cỏc ĐTNT là doanh nghiệp ngoài quốc doanh và quốc doanh quận, huyện, cỏc hợp tỏc xó đăng ký nộp thuế GTGT theo phương phỏp khấu trừ được bàn giao từ Chi cục Thuế về Cục Thuế quản lý. Tổng số ĐTNT thuộc loại này trong cả nước khoảng gần 3 vạn. Nếu kể cả gần một vạn DN quốc doanh Trung ương, DN quốc doanh địa phương, DN đầu tư nước ngoài thỡ tổng số cú khoảng gần 4 vạn đối tượng nộp thuế GTGT theo phương phỏp khấu trừ và số thuế quản lý chiếm tới 93% tổng số thu trong toàn ngành (vào thời điểm năm1999).
Nhỡn chung, việc phõn cụng quản lý ĐTNT đó đảm bảo thực hiện được yờu cầu của cỏc luật thuế mới, nhất là Luật Thuế GTGT, quản lý được đối tượng chịu thuế, đối tượng nộp thuế; tạo điều kiện thực hiện tốt chế độ sổ sỏch kế toỏn và hoỏ đơn, chứng từ, kờ khai thu nộp thuế, hoàn thuế, quyết toỏn thuế.
Tuy nhiờn, trong quỏ trỡnh triển khai thực hiện cỏc luật thuế mới, cựng với cỏc luật khỏc nhất là Luật Doanh nghiệp, thỡ số DN mới thành lập tăng lờn nhanh chúng (trong 10 thỏng: từ thỏng 1- 10/2000, cú gần 10.000 DN được thành lập, với số vốn đăng ký là 9.395 tỷ đồng. So với cựng kỳ năm 1999, thỡ số lượng DN tăng 3 lần, số vốn tăng hơn 2 lần), đặc biệt là Cục Thuế thành phố Hồ Chớ Minh, Cục Thuế thành phố Hà Nội, số lượng đối tượng nộp thuế do Cục Thuế quản lý quỏ lớn. Trong 5 năm 2001-2005, bỡnh quõn hàng năm tăng khoảng hơn 20 nghỡn DN thành lập mới. Vỡ vậy, việc phõn cấp quản lý như trờn chưa đỏp ứng được yờu cầu quản lý, nhất là tại cỏc Cục Thuế lớn.
Từ thực tế đú, đầu năm 2001, việc phõn cấp quản lý DN đó được điều chỉnh cho phự hợp với tỡnh hỡnh thực tế, phỏt huy được sức mạnh của đội ngũ cụng chức từ cấp Cục Thuế đến Chi cục Thuế để đảm bảo quản lý thu thuế cú hiệu quả:
Căn cứ vào qui mụ sản xuất kinh doanh, địa bàn hành chớnh để xỏc định cỏc doanh nghiệp giao cho Chi cục Thuế quản lý thu thuế, cỏc đối tượng này khụng cú hoạt động xuất nhập khẩu và khụng thuộc đối tượng phải hoàn thuế;
Ngoài ra, cỏc doanh nghiệp kinh doanh cỏc ngành nghề dưới đõy cú thể giao cho Chi cục Thuế quản lý thu thuế:
- Kinh doanh ăn uống, karaoke, massage, nhà trọ, khỏch sạn nhỏ, - Vận tải hành khỏch, hàng hoỏ,
- Sản xuất đường thủ cụng, lũ gạch thủ cụng, xay xỏt nhỏ, đỏnh bắt thuỷ sản,
- Kinh doanh bỏn lẻ hàng hoỏ trực tiếp cho người tiờu dựng, kể cả kinh doanh xăng dầu bỏn lẻ, gas bỏn lẻ..., gọn ở trong một quận, huyện, thị xó, thành phố thuộc tỉnh,
- Kinh doanh dịch vụ như dịch vụ tư vấn, cầm đồ, trỏng rửa phim ảnh, cắt túc, làm đầu...
- Một số ngành nghề khỏc đũi hỏi cú sự kiểm tra, giỏm sỏt thường xuyờn của cơ quan thuế về việc chấp hành sổ sỏch kế toỏn, hoỏ đơn, chứng từ.
Tổng cục Thuế đó giao cho Cục Thuế chủ động nghiờn cứu và quyết định phõn cấp theo hướng trờn phự hợp với điều kiện quản lý và đặc điểm của từng địa phương.