Đối với hàng thủy sản xuất khẩu ra thị trường thế giới nói chung, thị trường Mỹ nói riêng, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm là một điều kiện tối quan trọng. Hàng thủy sản phần lớn đáp ứng trực tiếp cho nhu cầu tiêu dùng của con người, do vậy nếu không đảm bảo tiêu chuẩn VSATTP sẽ có tác động trực tiếp đến sức khỏe con người. Đảm bảo VSATTP đối với các sản phẩm thủy sản nhập khẩu là yêu cầu hàng đầu của thị trường thủy sản Mỹ. Tuy nhiên, thời gian qua công tác kiểm tra, kiểm soát VSATTP đối với hàng thủy sản xuất khẩu của nước ta chưa được chú trọng đúng mức, dẫn đến có những lô hàng không đảm bảo tiêu chuẩn, bị đối tác trả lại vừa gây thiệt hại trực tiếp cho doanh nghiệp, vừa ảnh hưởng lâu dài đến năng lực cạnh tranh hàng thủy sản Việt Nam. Do vậy, Nhà nước cần tăng cường công tác kiểm soát VSATTP trong sản xuất, chế biến hàng thủy sản.
Nhà nước tiếp tục hỗ trợ các doanh nghiệp nâng cấp điều kiện sản xuất phấn đấu để 100% các doanh nghiệp đạt tiêu chuẩn ngành về vệ sinh an toàn thực phẩm, giảm nhanh tỷ lệ sản phẩm tiêu thụ thô, tăng tỷ lệ sản phẩm chế biến GTGT lên ít nhất là 60% trong cơ cấu sản phẩm xuất khẩu. Xúc tiến nghiên cứu các thí nghiệm tạo ra những mặt hàng mới, độc đáo mang nhãn hiệu Việt Nam. Cùng với việc nâng cấp điều kiện sản xuất sản xuất và áp dụng các tiêu chuẩn VSATTP, để nâng cao năng suất lao động, hạ giá thành sản phẩm, tăng khả năng cạnh tranh, Chính phủ cần hướng dẫn các doanh nghiệp
tiếp tục đầu tư chiều sâu, đổi mới công nghệ, thiết bị. Nhà nước có những biện pháp thu hút đầu tư nước ngoài vào ngành công nghiệp chế biến để các doanh nghiệp có thể nâng cao trình độ quản lý sản xuất và có điều kiện tiếp cận với các nền công nghiệp chế biến hiện đại của thế giới.
Chính phủ cần hỗ trợ các doanh nghiệp chế biến đầu tư trang thiết bị để tăng cường năng lực kiểm soát và phát hiện dư lượng kháng sinh, hóa chất trong nguyên liệu, áp dụng các hệ thống truy nguyên nguồn gốc sản phẩm. Trước mắt, sớm triển khai thực hiện mã hóa các vùng nuôi, tạo tiền đề để thực hiện truy xuất nguồn gốc. Việc áp dụng các hệ thống truy nguyên nguồn gốc sản phẩm có thể sẽ là một chương trình được áp dụng thông dụng như HACCP khi xuất khẩu sang thị trường Mỹ nhằm đảm bảo nguồn cung cấp thực phẩm cho nước Mỹ trở nên an toàn hơn, khả năng truy nguyên nguồn gốc cũng là cách để trấn an người tiêu dùng về thực phẩm mà họ đang sử dụng. Để đáp ứng yêu cầu về truy nguyên nguồn gốc, Bộ Thủy sản đã có kế hoạch xây dựng các quy định pháp lý về hệ thống truy nguyên tương đương với các tiêu chuẩn quốc tế. Từ năm 2005, hệ thống này đã được triển khai dưới dạng tiêu chuẩn khuyến khích trước khi chuyển sang dạng tiêu chuẩn bắt buộc áp dụng.
Để nâng cao chất lượng của sản phẩm thủy sản xuất khẩu, đáp ứng được những yêu cầu nghiêm ngặt về vệ sinh an toàn thực phẩm của thị trường Mỹ, Chính phủ cần thực hiện một số biện pháp sau:
Chú trọng công tác thông tin tuyên truyền và giáo dục về vệ sinh an toàn thực phẩm tại cộng đồng nhằm nâng cao nhận thức và thực hành VSATTP của người sản xuất, kinh doanh xuất khẩu thủy sản.
Cần hoàn thiện và tăng cường năng lực của hệ thống thanh tra, kiểm nghiệm VSATTP, huy động sự tham gia, kiểm tra, giám sát của cộng đồng. Trong khi các vi phạm về VSATTTP diễn ra hàng ngày ở từng ao tôm, bè cá thì đội ngũ cán bộ thực hiện công tác kiểm tra về vệ sinh chuyên môn còn hạn chế, chỉ tập trung ở một số cơ quan quản lý chuyên môn cấp tỉnh và khu vực nên chưa có điều kiện sâu sát với địa bàn để có phát hiện và xử lý kịp thời.
Nâng cao năng lực kiểm nghiệm đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế về VSATTP. Với điều kiện kinh phí còn hạn hẹp thì việc trang bị một số lượng tối thiểu máy kiểm tra dư lượng kháng sinh rất đắt, mỗi chiếc hàng tỷ đồng. Hơn nữa, chi phí kiểm tra một lô hàng thủy sản xuất khẩu rất cao từ 5-10 triệu đồng/ 1 container hàng trong khi đó các kháng sinh bị cấm ngày càng nhiều.
Rà soát, điều chỉnh và ban hành mới các cơ chế, chính sách, và tiêu chuẩn về VSATTP. Thực tế xuất khẩu những năm qua cho thấy, các doanh nghiệp và hộ nuôi chưa có được thông tin đầy đủ về những tiêu chuẩn và yêu cầu khắt khe của các thị trường. Có những lô hàng của ta nhập vào nước sở tại khi bị nước đó xử lý ta mới biết là những lô hàng đó không đáp ứng được những tiêu chuẩn về vệ sinh an toàn thực phẩm mà nước đó quy đinh từ lâu. Ví dụ chất Fluoro-quinolones đã được FDA đưa vào danh mục cấm sử dụng từ năm 1997 nhưng trong Quyết định 07 ngày 25/2/2002 của Bộ trưởng Bộ Thủy sản ban hành vẫn cho sử dụng hạn chế.
Tiếp tục đổi mới công tác an toàn vệ sinh cả về hệ thống tổ chức và hệ thống văn bản pháp quy kỹ thuật theo hướng xuyên suốt từ sản xuất nguyên liệu, đến thu gom, vận chuyển, chế biến và tiêu thụ. Thực hiện kiểm soát vệ sinh an toàn thực phẩm và kiểm soát điều kiện đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm tàu cá, chợ cá, cơ sở nuôi, cơ sở thu mua bảo quản và cơ sở chế biến. Hoàn thiện hệ thống các tiêu chuẩn về quy cách và chất lượng sản phẩm cho phù hợp với chuẩn mực quốc tế. Hệ thống kiểm tra chất lượng này không chỉ giúp bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng mà còn là điều kiện quan trọng để kiểm soát chất lượng hàng thủy sản xuất khẩu, tránh được các tiềm ẩn ảnh hưởng đến uy tín hàng xuất khẩu của Việt Nam.
Các Bộ Thủy sản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Tổng cục Hải quan tăng cường kiểm tra dư lượng kháng sinh, hóa chất bị cảnh báo đối với các lô hàng xuất khẩu. Các bộ ngành có liên quan cần công bố danh mục các hóa chất, kháng sinh bị cấm nhập khẩu, sử dụng hoặc hạn chế sử dụng trong sản xuất, kinh doanh.
Sản lượng khai thác và nuôi trồng thủy sản không thể tăng mãi, phát triển theo chiều rộng việc nuôi trồng luôn đi đôi với sự hủy hoại môi trường tự nhiên, môi trường sống của thủy sản. Các nước quanh ta đã có những bài học đắt giá về vấn đề này. Lợi nhuận trong thủy sản được tạo ra từ hai cách: thứ nhất, tăng sản lượng dẫn đến tăng lợi
nhuận, thứ hai giảm thất thoát, giảm hạ phẩm cấp, tăng các sản phẩm GTGT dẫn đến tăng lợi nhuận, đây là biện pháp bả đảm phát triển bền vững. Tuy nhiên, bảo quản nguyên liệu thuộc lĩnh vực hậu cần nghề cá hiện nay là khâu yếu nhất của ngành thủy sản nước ta. Chính phủ cần quan tâm đến việc chống thất thoát sau thu hoạch và quản lý thị trường nguyên liệu: nâng cấp chất lượng nguyên liệu, giảm giá đầu vào bằng cách áp dụng các công nghệ bảo quản tiên tiến cùng với việc hình thành và khai thác hiệu quả hệ thống cảng cá, chợ cá. Bộ Thủy sản cần xây dựng chương trình phát triển công nghệ sau thu hoạch trình Chính phủ phê duyệt trong đó có việc thành lập Trung tâm hoặc Viện công nghệ sau thu hoạch thủy sản làm nhiệm vụ nghiên cứu các cơ chế chính sách, nghiên cứu công nghệ sau thu hoạch để kinh tế thủy sản chuyển từ tăng trưởng theo chiều rộng sang tăng trưởng theo chiều sâu.