Việc xác định thiệt hại và mức BTTH lần đầu tiên được quy định cụ thể trong Nghị quyết số 388 và chi tiết trong Thông tư liên tịch số 01. Về nguyên tắc, thiệt hại được bồi thường bao gồm thiệt hại về tinh thần và thiệt hại về vật chất.
Thiệt hại do tổn thất về tinh thần trong thời gian bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù được xác định là mỗi ngày bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù được bồi thường ba ngày lương tính theo mức lương tối thiểu chung do Nhà nước quy định tại thời điểm giải quyết bồi thường. Những người bị oan mà bị chết thì vợ, chồng, cha đẻ, mẹ đẻ, cha nuôi, mẹ nuôi, con đẻ, con nuôi, người trực tiếp nuôi dưỡng người bị oan được bồi thường chung một khoản tiền bù đắp về tinh thần là ba trăm sáu mươi tháng lương tính theo mức lương tối thiểu chung do Nhà nước quy định tại thời điểm giải quyết bồi thường. Việc BTTH do tổn thất về tinh thần cho những người bị oan không thuộc các trường hợp trên được xác định là mỗi ngày bị oan được bồi thường một ngày lương tính theo mức lương tối thiểu chung do Nhà nước quy định tại thời điểm giải quyết bồi thường. Thời gian để tính BTTH được xác định kể từ ngày có quyết định khởi tố bị can cho đến ngày có bản án, quyết định của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động TTHS xác định người đó không thực hiện hành vi phạm tội. Về những khoản nào được coi là thiệt hại do tổn thất về tinh thần, thực tế những vụ giải quyết bồi thường vừa qua cho thấy, nhiều công dân cho rằng các tổn thất do gia đình ly tán, con cái hư hỏng… cũng cần được tính đến dưới một hình thức nhất định. Mặt khác, pháp luật cũng chưa thật sự công bằng khi lấy mức lương tối thiểu để ấn định mức bồi thường (việc BTTH do tổn thất về tinh thần tính theo mức lương tối thiểu chung do Nhà nước quy định tại thời điểm giải quyết bồi thường). Trong đền bù tổn thất về tinh thần, không thể chỉ theo nguyên tắc có lợi cho Nhà nước (tiết kiệm cho ngân sách nhà nước với cách tính dựa trên mức lương tối thiểu), mà phải theo một cách tính có lợi hơn cho công dân bị oan, chẳng hạn mức lương trung bình trong hệ thống thang bảng lương hay mức sống trung bình của nhân dân địa phương, nhân dân cả nước tại thời điểm giải quyết bồi thường.
Thiệt hại về vật chất trong trường hợp người bị oan chết được bồi thường bao gồm: chi phí hợp lý cho việc cứu chữa, bồi dưỡng, chăm sóc người bị oan
trước khi chết; chi phí hợp lý cho việc mai táng; tiền cấp dưỡng cho những người mà người bị oan đang thực hiện nghĩa vụ cấp dưỡng. Thiệt hại về vật chất trong trường hợp người bị oan bị tổn hại về sức khỏe được bồi thường bao gồm: chi phí hợp lý cho việc cứu chữa, bồi dưỡng, phục hồi sức khỏe và chức năng bị mất, bị giảm sút của người bị oan; chi phí hợp lý và thu nhập thực tế bị mất của người chăm sóc người bị oan trong thời gian điều trị; trong trường hợp người bị oan mất khả năng lao động và cần có người thường xuyên chăm sóc, thì thiệt hại được bồi thường bao gồm chi phí hợp lý cho việc chăm sóc người bị oan và khoản cấp dưỡng cho những người mà người bị oan đang thực hiện nghĩa vụ cấp dưỡng. Tuy nhiên, quy định này chưa thỏa mãn các đòi hỏi của người bị oan vì đã không tính hết các chi phí mà người bị oan và gia đình đã bỏ ra vào các thiệt hại về vật chất. Đó là các chi phí; thuê luật sư, chi phí thăm nuôi, tiếp tế, các khoản thu nhập thực tế bị giảm sút do sau khi được trở về xã hội, công dân chưa thể tái hòa nhập ngay với cộng đồng, do đó, chưa có thể có ngay thu nhập ngang bằng với mức trước khi bị các cơ quan tiến hành tố tụng làm oan…
Thiệt hại do thu nhập thực tế bị mất của người bị oan: người bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù có thu nhập ổn định nhưng đã bị mất do bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù thì được bồi thường khoản thu nhập đó. Tuy nhiên, để hướng dẫn cụ thể nội dung quy định tại Điều 9 này của Nghị quyết số 388, Thông tư liên tịch số 01 đã quy định: Người bị oan chưa có việc làm hoặc tháng làm việc, có tháng không và do đó hằng tháng không có thu nhập ổn định thì không được bồi thường theo quy định này tại Điều 9 của Nghị quyết số 388. Quy định này là hoàn toàn không phù hợp tại Điều 9 Nghị quyết số 388 về việc xác định thu nhập ổn định để tính thiệt hại cho người được bồi thường, dẫn đến việc các cơ quan tư pháp ở một số địa phương nhận thức rằng trường hợp bị oan tuy có thiệt hại do thu nhập thực tế bị mất nhưng vì "không có thu nhập ổn định" nên không được bồi thường
theo Nghị quyết số 388. Theo kết quả giám sát của Ủy ban pháp luật Quốc hội khóa XI tại Tòa phúc thẩm TANDTC tại Thành phố Hồ Chí Minh và ở một số địa phương khác, các cơ quan này cho rằng khi giải quyết bồi thường cho những người bị oan có thiệt hại về thu nhập thực tế nhưng theo hướng dẫn nói trên thì không có căn cứ pháp luật để giải quyết. Như vậy, trên thực tế, quy định này đã dẫn đến việc áp dụng pháp luật không thống nhất và do đó, không đảm bảo công bằng trong việc giải quyết BTTH giữa những người bị oan.