Theo Nghị quyết số 388, các trường hợp sau đây được BTTH: người bị tạm giữ mà có quyết định của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động TTHS hủy bỏ quyết định tạm giữ vì người đó không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật; người bị tạm giam mà có quyết định của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động TTHS hủy bỏ quyết định tạm giam vì người đó không thực hiện hành vi phạm tội; người đã chấp hành xong hoặc đang chấp hành hình phạt tù có thời hạn, tù chung thân, đã bị kết án tử hình mà có bản án, quyết định của Tòa án có thẩm quyền xác định người đó không thực hiện hành vi phạm tội; người bị khởi tố, truy tố, xét xử, thi hành án ngoài các trường hợp quy định tại các điểm a, b và c khoản 1 điều này mà có bản án, quyết định
của cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động TTHS xác định người đó không thực hiện hành vi phạm tội. Các trường hợp không được BTTH bao gồm: người được miễn trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật; người bị xử lý về hình sự theo quy định của Bộ luật hình sự (BLHS) được Quốc hội thông qua ngày 27/6/1985 đã được sửa đổi, bổ sung theo các luật sửa đổi, bổ sung một số điều của BLHS được Quốc hội thông qua ngày 28/12/1989, ngày 12/8/1991, ngày 22/12/1992 và ngày 10/5/1997, nhưng nay theo quy định của BLHS năm 1999 thì không phải chịu trách nhiệm hình sự; những người thuộc các trường hợp quy định tại Điều 1 của Nghị quyết này mà cố ý khai báo gian dối hoặc cung cấp tài liệu, vật chứng khác sai sự thật để nhận tội thay cho người khác hoặc để che giấu tội phạm.
Tựu chung lại, pháp luật đã đề cập đến 4 trường hợp được bồi thường và 4 trường hợp này đều là đã bị áp dụng các biện pháp ngăn chặn, hoặc đã bị khởi tố, điều tra, truy tố, xét xử và thi hành án nhưng sau đó, được các cơ quan có thẩm quyền xác định là công dân đó bị oan - "người đó không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật" nhưng vẫn bị tạm giữ hoặc "người đó không thực hiện hành vi vi phạm phạm tội" nhưng vẫn bị tạm giam hoặc bị khởi tố, truy tố, xét xử, thi hành án mà không bị tạm giam. Tuy nhiên, cách sử dụng thuật ngữ "không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật" đã đặt ra những cách hiểu gây tranh cãi. Bởi vì, trên các bài nghiên cứu đăng trên một số tạp chí, "không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật" dẫn đến sự tồn tại hai cách hiểu. Cách hiểu thứ nhất, "người đó không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật" là không thực hiện hành vi vi phạm bất kỳ quy định nào của pháp luật, dù đó là quy định của pháp luật hình sự, dân sự, hành chính… Cách hiểu thứ hai, "người đó không thực hiện hành vi vi phạm pháp luật" là không thực hiện hành vi vi phạm bất kỳ quy định nào của pháp luật hoặc đã thực hiện hành vi trái pháp luật và có thể hành vi đó đã vi phạm pháp luật hành chính, dân sự, lao động, hôn nhân và gia đình, thương mại… nhưng chưa vi phạm pháp luật
hình sự, hành vi chưa đến mức xử lý về hình sự. Ví dụ: công dân đã vi phạm các quy định của luật dân sự về thanh toán trong hợp đồng vay tài sản, nhưng không có ý định chiếm đoạt số tài sản đã vay, cơ quan điều tra đã khởi tố công dân này về tội "Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản" theo Điều 140 BLHS; công dân thực hiện hành vi trộm cắp tài sản dưới 500.000 đồng, chưa gây ra hậu quả nghiêm trọng hoặc trước đó chưa bị xử phạt hành chính về hành vi chiếm đoạt hoặc không thuộc trường hợp bị kết án về tội chiếm đoạt tài sản, chưa được xóa án tích mà còn vi phạm - những vẫn bị khởi tố về tội "Trộm cắp tài sản". Như vậy, có ý kiến cho rằng, nếu các nhà áp dụng pháp luật theo quan điểm thứ nhất, đã bó hẹp một số lượng rất lớn các công dân được BTTH, loại bỏ ra ngoài các trường hợp các hành vi bị tội phạm hóa, các trường hợp bị xử lý về hình sự trong khi đáng lẽ chưa cần thiết phải xử lý về hình sự.
Tuy nhiên, do công dân mới bị thiệt hại ở mức độ "tạm giữ" với thời hạn tối đa là 9 ngày, mặt khác, tạm giữ là biện pháp ngăn chặn của TTHS chủ yếu được áp trong điều kiện "không giữ không được", đó là các trường hợp: công dân bị bắt theo lệnh khẩn cấp, bị bắt trong trường hợp phạm tội quả tang, người phạm tội đầu thú, tự thú, bị bắt theo lệnh truy nã. Trong điều kiện như vậy, việc phải điều tra, xác minh phân định rõ giữa vi phạm pháp luật hành chính và vi phạm pháp luật hình sự, giữa vi phạm pháp luật dân sự và vi phạm pháp luật hình sự mới ra quyết định tạm giữ là điều không phù hợp với thực tiễn, hạn chế tính tích cực và khẩn trương của các cơ quan bảo vệ trong cuộc đấu tranh phòng chống tội phạm. Do đó, dù phải đảm bảo quyền công dân nói chung và quyền của công dân được BTTH trong TTHS nói riêng, vẫn cần thống nhất theo cách hiểu thứ hai. Do đó, vấn đề ở đây là quy định tại điểm a, khoản 1 Điều 1, Mục 1 Nghị quyết số 388 chưa rõ chứ không phải là chưa bao quát hết các trường hợp cần được bồi thường.
Nghị quyết số 388 và Thông tư liên tịch số 01 sử dụng thuật ngữ "người đó không thực hiện hành vi phạm tội" để xác đối tượng được hoặc
không được bồi thường do bị tạm giam, bị tù, bị kết án tử hình hoặc không bị tạm giữ, tạm giam mà bị khởi tố, truy tố, xét xử và thi hành án. Tuy nhiên, có quan điểm cho rằng, "người đó không thực hiện hành vi phạm tội" là một quy định chưa chặt chẽ về mặt kỹ thuật pháp lý. Khoản 4 Điều 8 BLHS quy định: "Những hành vi tuy có dấu hiệu của tội phạm, nhưng tính chất nguy hiểm cho xã hội không đáng kể, thì không phải là tội phạm và được xử lý bằng các biện pháp khác", như vậy, quy định không thực hiện "hành vi phạm tội" có bao hàm "những hành vi tuy có dấu hiệu của tội phạm" nhưng không phải là tội phạm" theo khoản 4 Điều 8 BLHS không? Quan điểm của các nhà làm luật là không bao hàm. Do đó, với việc sử dụng thuật ngữ "người đó không thực hiện hành vi phạm tội" Nghị quyết số 388 và Thông tư liên tịch số 01 dễ tạo ra sự hiểu nhầm và dẫn đến việc phải giải thích luật không cần cần thiết. Sự hiểu nhầm trên còn được tiếp tục khi có ý kiến cho rằng quy định này mới chỉ đề cập đến một trong năm đặc điểm của tội phạm, đó là đặc điểm về hình thức: tính trái pháp luật hình sự - bị coi là tội phạm của hành vi (năm đặc điểm của tội phạm bao gồm: tính nguy hiểm cho xã hội của hành vi - đặc điểm về nội dung, tính khách quan; tính có lỗi của hành vi - đặc điểm về chủ quan; tính trái pháp luật hình sự: bị coi là tội phạm của hành vi - đặc điểm về hình thức; tuổi chịu trách nhiệm hình sự và năng lực trách nhiệm hình sự. Thiếu đi một trong năm đặc điểm này, sẽ không có tội phạm. Như vậy, các văn bản pháp luật nói trên đã không bao quát hết các trường hợp công dân được BTTH. Ví dụ: người thực hiện hành vi nguy hiểm cho xã hội chưa đến tuổi chịu trách nhiệm hình sự (đã truy cứu người chưa đủ 14 tuổi; truy cứu người từ đủ 14 tuổi nhưng chưa đủ 16 tuổi về tội ít nghiêm trọng, tội phạm nghiêm trọng hoặc tội phạm rất nghiêm trọng do vô ý); các trường hợp loại trừ yếu tố lỗi: sự kiện bất ngờ (trường hợp không thể thấy trước hoặc không buộc phải thấy trước hậu quả của hành vi đó); phòng vệ chính đáng (hành vi của người vì bảo vệ lợi ích của Nhà nước, của tổ chức, bảo vệ quyền, lợi ích chính đáng của mình hoặc của người khác, mà chống trả lại một cách cần thiết người đang có
hành vi xâm phạm các lợi ích nói trên), tình thế cấp thiết (tình thế của người vì muốn tránh một nguy cơ đang thực tế đe dọa lợi ích của Nhà nước, của tổ chức, quyền, lợi ích chính đáng của mình hoặc của người khác mà không còn cách nào khác là phải gây một thiệt hại nhỏ hơn thiệt hại cần ngăn ngừa); tình trạng không có năng lực trách nhiệm hình sự (người thực hiện hành vi nguy hiểm cho xã hội trong khi đang mắc bệnh tâm thần hoặc một bệnh khác làm mất khả năng nhận thức hoặc khả năng điều khiển hành vi của mình, thì không phải chịu trách nhiệm hình sự; đối với người này, phải áp dụng biện pháp bắt buộc chữa bệnh).
Ở một khía cạnh khác, các quy định nêu trên đã chỉ đề cập tới duy nhất một loại đối tượng được bồi thường do hành vi trái pháp luật trong TTHS, đó là những người bị oan. Như vậy, những công dân bị thiệt hại do áp dụng sai pháp luật trong TTHS hiện vẫn chưa được xếp vào diện bồi thường. Ví dụ: một công dân thực hiện hành vi chiếm đoạt tài sản và hành vi chỉ cấu thành tội "Trộm cắp tài sản" theo quy định tại khoản 1 Điều 138 BLHS với mức cao nhất của khung hình phạt là 3 năm mà không có bất kỳ các tình tiết tăng nặng định khung nào quy định tại các khoản sau của Điều 138. Dù vậy, Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát vẫn áp dụng khoản 3 Điều 138 BLHS khi khởi tố và truy tố. Theo khoản 3 Điều 8 BLHS, khoản 3 Điều 138 có mức cao nhất của khung hình phạt lên tới 15 năm là loại tội rất nghiêm trọng, do đó thời hạn tạm giam đối với loại tội phạm này là 4 tháng chứ không phải 2 tháng như đối với loại tội phạm ít nghiêm trọng đã thực hiện. Công dân này đã bị tạm giam nhiều hơn 2 tháng, và sau đó bị gia hạn tạm giam 3 tháng trong khi loại tội phạm theo khoản 1 Điều 138, chỉ có thể bị gia hạn tạm giam 1 tháng. Tiếp tục, Cơ quan điều tra lại gia hạn tạm giam lần thứ hai với thời hạn 2 tháng trong khi với loại tội phạm theo khoản 1 Điều 138, không có quyền gia hạn tạm giam lần thứ hai. Như vậy, cuối cùng, công dân này đã bị tạm giam sai với thời hạn 6 tháng nhưng không thuộc diện được BTTH do hành vi trái pháp luật trong TTHS. Như vậy, việc chưa quy định công dân bị áp dụng sai pháp luật trong
TTHS được bồi thường là một trong những bất cập lớn của pháp luật Việt Nam hiện nay.
Một trong những trường hợp không được BTTH, đó là "người bị khởi tố, truy tố, xét xử là đúng với các văn bản quy phạm pháp luật tại thời điểm khởi tố, truy tố, xét xử, nhưng nay theo các văn bản quy phạm pháp luật mới được ban hành và có hiệu lực sau ngày khởi tố, truy tố, xét xử đó họ không phải chịu trách nhiệm hình sự" theo mục 2.2 Thông tư liên tịch số 01. Tuy nhiên, nếu sự thay đổi của văn bản pháp luật rõ ràng như trường hợp điểm b, khoản 1 Điều 2 Nghị quyết số 388 (người bị xử lý về hình sự theo quy định của BLHS được Quốc hội thông qua ngày 27 tháng 6 năm 1985 đã được sửa đổi, bổ sung theo các luật sửa đổi, bổ sung một số điều của BLHS được Quốc hội thông qua ngày 28 tháng 12 năm 1989, ngày 12 tháng 8 năm 1991, ngày 22 tháng 12 năm 1992 và ngày 10 tháng 5 năm 1997, nhưng nay theo quy định của BLHS năm 1999 thì không phải chịu trách nhiệm hình sự) thì không có gì phải bàn cãi. Tuy nhiên, nếu có sự thay đổi của các văn bản dưới luật mà theo các văn bản này, một hành vi trước đó là hoặc không là hành vi tội phạm là điều không hy hữu. Đặc biệt, đối với các tội thuộc nhóm tội xâm phạm trật tự quản lý kinh tế, muốn xác định có vi phạm pháp luật hình sự không trước hết phải xem hành vi đó có vi phạm pháp luật về quản lý kinh tế - kỹ thuật của ngành đó hay không. Nếu các văn bản pháp luật về quản lý kinh tế - kỹ thuật của ngành đó có sự thay đổi, dẫn đến việc thay đổi bản chất tội phạm của hành vi, vậy trường hợp này có được bồi thường hay không, cũng chưa được hướng dẫn cụ thể.