Trách nhiệm BTTH do hành vi trái pháp luật trong hoạt động TTHS là cái riêng trong mối quan hệ với cái chung là trách nhiệm BTTH do hành vi trái pháp luật của Nhà nước. Trách nhiệm BTTH do hành vi trái pháp luật của Nhà nước đã lần đầu tiên được Hiến pháp 1959 quy định. Điều 29 Hiến pháp năm 1959 khẳng định: "... người bị thiệt hại về hành vi vi phạm của cơ quan nhà nước có quyền được bồi thường". Điều 73 Hiến pháp năm 1980 quy định chi tiết hơn về vấn đề này: "Mọi hành động xâm phạm quyền, lợi ích chính đáng của công dân phải được kịp thời sửa chữa và xử lý nghiêm minh". Đoạn 2 Điều 72 Hiến pháp năm 1992 đã quy định cụ thể hơn về trách nhiệm BTTH do hành vi trái pháp luật của cơ quan nhà nước trong TTHS: "Người bị bắt, bị giam, bị truy tố trái pháp luật có quyền được bồi thường thiệt hại về vật chất và phục hồi danh dự. Người làm trái pháp luật trong việc bắt, giam giữ, truy tố và xét xử gây thiệt hại cho người khác phải bị xử lý nghiêm minh". BLDS năm 1995, từ Điều 609 đến Điều 633 quy định về trách nhiệm BTTH ngoài hợp đồng, bao gồm các thiệt hại do tài sản bị xâm phạm. thiệt hại do sức khỏe bị xâm phạm, thiệt hại do tính mạng bị xâm phạm, thiệt hại do danh dự, nhân phẩm, uy tín bị xâm phạm. Đặc biệt, Điều 624 quy định về trách nhiệm BTTH do người có thẩm quyền của cơ quan tiến hành tố tụng gây ra:
Cơ quan tiến hành tố tụng phải bồi thường thiệt hại do người có thẩm quyền của mình gây ra trong khi thực hiện nhiệm vụ điều tra, truy tố, xét xử, thi hành án. Cơ quan tiến hành tố tụng có trách nhiệm yêu cầu người có thẩm quyền đã gây thiệt hại phải hoàn trả khoản tiền mà mình đã bồi thường cho người bị thiệt hại, nếu người đó có lỗi trong khi thi hành nhiệm vụ [5].
BLTTHS năm 2004 đã sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 24 BLTTHS năm 1988 thành hai nguyên tắc độc lập là nguyên tắc đảm bảo quyền được BTTH và phục hồi danh dự, quyền lợi của người bị oan:
Người bị oan do người có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự gây ra có quyền được bồi thường thiệt hại và phục hồi danh dự, quyền lợi. Cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự đã làm oan phải bồi thường thiệt hại và phục hồi danh dự, quyền lợi cho người bị oan; người đã gây thiệt hại có trách nhiệm bồi hoàn cho cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật [9].
và đảm bảo quyền được bồi thường của người bị thiệt hại do cơ quan hoặc người có thẩm quyền tiến hành TTHS gây ra:
Người bị thiệt hại do cơ quan hoặc người có thẩm quyền trong hoạt động tố tụng hình sự gây ra có quyền được bồi thường thiệt hại. Cơ quan có thẩm quyền trong hoạt động TTHS phải bồi thường cho người bị thiệt hại; người đã gây thiệt hại có trách nhiệm bồi hoàn cho cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật [9]. Tuy nhiên, đây là các quy định với tính chất là các văn bản luật duy nhất hiện nay đang điều chỉnh. Về số lượng, các quy định này còn thiếu và về nội dung, hầu hết mới là các quy định mang tính chất nguyên tắc, ghi nhận quyền của công dân và trách nhiệm của Nhà nước trong việc BTTH, do đó, chưa thực sự giải quyết toàn diện và triệt để các vấn đề từ thực tiễn giải quyết BTTH cho công dân.
Trước đó, Chính phủ có ban hành Nghị định 47/CP ngày 3/5/1997 về việc giải quyết BTTH do công chức, viên chức nhà nước, người có thẩm quyền của cơ quan tiến hành tố tụng gây ra. Tuy nhiên, văn bản này chưa quy định cụ thể về các loại oan sai trong TTHS, phạm vi oan sai, căn cứ xác định mức độ thiệt hại và mức bồi thường, cách thức bồi thường… do đó, không có nhiều ý nghĩa trong việc đảm bảo quyền của công dân được BTTH do hành vi trái pháp luật trong TTHS.
Ngày 17/3/2003, Ủy ban thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 388/2003/NQ-UBTVQH11 về BTTH cho người bị oan do người có thẩm quyền trong hoạt động TTHS gây ra. Tiếp đó, ngày 25/3/2004, Viện kiểm sát nhân dân tối cao (VKSNDTC), Bộ Công an, Tòa án nhân dân tối cao (TANDTC), Bộ Tư pháp, Bộ Quốc phòng, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư liên tịch số 01/2004/TTLT-VKSNDTC-BCA-TANDTC-BTP-BQP-BTC hướng dẫn thi hành một số quy định của Nghị quyết số 388/NQ-UBTVQH11 ngày 17/3/2003. Mỗi ngành Công an, Kiểm sát, Tòa án lại tiếp tục ban hành các quyết định, thông tư mang tính chất điều chỉnh chi tiết các vấn đề nghiệp vụ và giải thích chi tiết hơn các quy định đã được nêu ở Nghị quyết số 388 và Thông tư số 01 nêu trên. Nghị quyết số 388 và các văn bản dưới luật hướng dẫn thực hiện đã thực sự tạo ra "bước đột phá nhằm khắc phục tình trạng chưa rõ ràng, thiếu minh bạch và ít tính khả thi trong các quy định trước đây" [20, tr. 31].
Tuy nhiên, nếu căn cứ vào yêu cầu về tính hệ thống, tính toàn diện và đồng bộ của hệ thống pháp luật, có thể khẳng định các quy định của pháp luật nói chung và các quy định của pháp luật về BTTH cho công dân do hành vi trái pháp luật trong TTHS nói riêng còn đi theo sơ đồ hình chóp - các văn bản pháp luật có giá trị cao lại không đầy đủ, dẫn đến tình trạng rất khó thực hiện và buộc phải có các văn bản có giá trị pháp lý ở tầng thấp hơn để điều chỉnh và các văn bản có giá trị pháp lý ở tầng thấp hơn này luôn đứng trước nguy cơ chồng chéo, hoặc vừa thiếu, vừa thừa. Kết quả là, những công dân bị oan, sai
trong TTHS, lại một lần nữa phải đối diện với nguy cơ các loại văn bản của các cấp khác nhau, của nhiều ngành khác nhau khi thực hiện quyền được BTTH của bản thân cũng như nguy cơ bị các cơ quan tiến hành tố tụng mượn cớ công dân không hiểu hết các quy định của pháp luật để thoái thác, trì hoãn trách nhiệm bồi thường. Và, nghiêm trọng hơn là hệ thống các quy định này đã điều chỉnh đầy đủ và chính xác những khía cạnh của quan xã hội phát sinh giữa công dân với Nhà nước trong quá trình giải quyết BTTH do hành vi trái pháp luật trong TTHS hay chưa? Luận văn sẽ đánh giá tính đầy đủ và chính xác này theo nhóm các quy định điều chỉnh về nội dung bồi thường và hình thức (thủ tục) bồi thường qua việc phân tích văn bản pháp luật có giá trị pháp lý cao nhất và điều chỉnh một cách toàn diện nhất hiện nay - Nghị quyết số 388/2003/NQ-UBTVQH11 và các văn bản hướng dẫn thi hành Nghị quyết này.