Quản lý đảng viên là quản lý con người nên rất khó khăn, phức tạp, tế nhị, liên quan đến nhiều mặt của công tác đảng viên phải tiến hành đồng bộ, lâu dài, khó đánh giá ngay được. Công tác quản lý đảng viên là cán bộ, công chức phường của thành phố Hà Nội còn khó khăn hơn. Thời gian qua, công tác quản lý đảng viên là cán bộ, công chức phường của thành phố Hà Nội còn lỏng lẻo, trong công tác quản lý đảng viên đã phát sinh nhiều vấn đề bức xúc mà cấp quận và cấp phường không thể giải quyết được như: sự thiếu thống nhất trong quy định quản lý đảng viên là cán bộ, công chức; việc hỗ trợ, bảo vệ đảng viên là cán bộ, công chức phường trước khó khăn do sự “tấn công” của tiêu cực, cám dỗ; sức ép của gia đình...
Sự lãnh đạo, chỉ đạo các tổ chức, các lực lượng tham gia vào công tác quản lý đảng viên nói chung và quản lý đảng viên là cán bộ, công chức nói riêng chưa chặt chẽ, sự phối hợp giữa tổ chức đảng với các tổ chức chính trị xã hội nơi có đảng viên đang công tác tham gia quản lý, kiểm tra, giám sát đội ngũ đảng viên, chưa phát huy tốt sức mạnh tổng hợp để quản lý tốt đảng viên. Có chi bộ chưa quan tâm đến quản lý đảng viên là cán bộ, công chức, coi đó là trách nhiệm của cấp ủy và người đứng đầu. Có đảng bộ phường chỉ tập trung vào lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chuyên môn, phấn đấu hoàn thành nhiệm vụ được giao, ít quan tâm đến nhiệm vụ quản lý đảng viên là cán bộ, công chức phường. Một bộ phận cán bộ đảng viên có mặt sa sút về đạo đức, lối sống nhưng cấp ủy đảng đấu tranh xây dựng chưa kịp thời. Kết quả điều tra xã hội học cho thấy 79% số người được hỏi cho rằng chấp hành chế độ quản lý, giáo dục, rèn luyện đảng viên là cán bộ, công chức ở các đảng bộ phường chưa tốt.