- Một là, nâng cao năng lực lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của các cấp lãnh đạo.
Năng lực lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của tổ chức và hoạt động của hải quan các cấp liên quan đến năng lực lãnh đạo của thủ trưởng đơn vị và năng lực của cán bộ, công chức làm công chức tham mưu, giúp việc lãnh đạo các cấp. Năng lực chỉ đạo, lãnh đạo của thủ trưởng đơn vị biểu thị ở năng lực tổ chức, sử dụng tốt nguồn nhân lực (cán bộ, công chức), phân công đúng người, đúng việc, biết động viên mọi người làm việc có hiệu quả. Có thể nói năng lực lãnh đạo, chỉ đạo điều hành của thủ trưởng đơn vị là "chìa khóa của mọi thành công", đánh giá về vai trò lãnh đạo của cán bộ trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành, Chủ tịch Hồ Chí Minh khẳng định "Có cán bộ tốt, việc gì cũng xong. Muôn việc thành công hoặc thất bại, đều do cán bộ tốt hoặc kém". Kết quả của năng lực lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của các cấp lãnh đạo hải quan do nhiều yếu tố hợp thành: năng lực nghiên cứu thực tế và khả năng phát hiện những vấn đề phải giải quyết, lập trường và phương pháp giải quyết bất đồng trong tập thể; việc ra quyết định chính xác, kịp thời; khả năng đánh giá kết quả trên cơ sở biết phân tích và phê phán. Như vậy, có thể nói: năng lực lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của các cấp lãnh đạo hải quan chính là
năng lực tổ chức thực hiện và đưa pháp luật hải quan vào cuộc sống thông qua vận hành bộ máy, đội ngũ cán bộ, công chức thừa hành ở các cấp hải quan.
- Hai là, nâng cao năng lực xây dựng hệ thống thể chế hành chính, nghiệp vụ. Đây là một trong những yếu tố đảm bảo thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của ngành Hải quan. Mục tiêu của chương trình tổng thể cải các hành chính Nhà nước đến 2010 khẳng định: "hoàn thiện hệ thống thể chế hành chính, cơ chế, chính sách phù hợp với thời kỳ công nghiệp hóa. hiện đại hóa đất nước, trước hết là các thể chế về kinh tế, về tổ chức và hoạt động của hệ thống hành chính". Vì vậy biện pháp nhằm nâng cao năng lực xây dựng hệ thống thể chế hành chính, nghiệp vụ là một nhân tố có tính chất khách quan, thiết yếu của nền hành chính hiện đại. Đảm bảo cho việc vận hành của hệ thống tổ chức hải quan hiện đại, thông suốt đòi hỏi phải có một hệ thống các thể chế hành chính, để làm khung, hành lang cho việc quản lý, chỉ đạo, điều hành các hoạt động hải quan đúng pháp luật, đúng các mục tiêu mà quản lý hải quan đặt ra.
- Ba là, nâng cao kỹ năng hành chính. Kỹ năng hành chính hải quan bao gồm các
hoạt động tiếp nhận, xử lý văn bản hành chính; soạn thảo, ban hành. truyền đạt, lưu giữ các văn bản hành chính. Nâng cao năng lực hành chính điều này có nghĩa là nâng cao chất lượng hiệu quả, hiệu lực của các hoạt động tiếp nhận, xử lý văn bản hành chính; soạn thảo, ban hành, truyền đạt, lưu giữ các văn bản hành chính. Hoạt động thực hiện các kỹ năng hành chính phải chính xác, kịp thời góp phần vào việc thực thi thành công nhiệm vụ của các cấp hải quan, trong đó, chuyển giao kịp thời các thông tin, mệnh lệnh, chỉ đạo của cấp trên xuống cấp dưới, cấp dưới báo cáo, thỉnh thị kịp thời ý kiến chỉ đạo của cấp trên nhằm xử lý nhanh chóng, chính xác các công việc phát sinh. Cũng chính từ việc nâng cao kỹ năng hành chính, sẽ góp phần giải quyết, đáp ứng nhanh chóng, hiệu quả các yêu cầu của công dân, doanh dân trong các hoạt động hải quan.
- Bốn là, nâng cao năng lực văn hóa của hệ thống tổ chức hải quan. Văn hóa của
tổ chức gồm hệ thống những giá trị, niềm tin, sự mong đợi của các thành viên trong tổ chức tác động qua lại với các cơ cấu chính thức và tạo nên những chuẩn mực hành động như những giả định không bị chất vấn về truyền thống và cách thức làm việc của tổ chức mà mọi người trong đó đều tuân theo khi làm việc. Văn hóa tổ chức ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động của tổ chức, đến phương thức tồn tại và phát triển của tổ chức. Những khía cạnh quan trọng của văn hóa tổ chức phải kể đến là quan hệ giữa cán bộ, công chức trong công việc, các chuẩn mực xử sự, nghi thức tiếp xúc hành chính, phương thức giải quyết các bất đồng trong cơ quan, đơn vị, cách lãnh đạo, điều hành và ý thức chấp hành kỷ luật trong và ngoài cơ quan, đơn vị của cán bộ, công chức,... Chính vì vậy, nâng cao năng lực văn hóa trong hệ thống tổ chức hải quan vừa là biện pháp yêu cầu trước mắt, vừa là biện pháp, yêu cầu lâu dài, thường xuyên.
- Năm là, nâng cao năng lực thực thi công vụ của cán bộ, công chức hải quan.
Nói đến năng lực thực thi công vụ của cán bộ, công chức là nói đến việc triển khai các nhiệm vụ quy định của pháp luật, các mệnh lệnh của cấp lãnh đạo vào trong công việc và hoàn thành tốt nhiệm vụ, chức trách được giao. Nâng cao năng lực thi hành công vụ của cán bộ, công chức điều đó có nghĩa là nâng cao năng lực thực hiện chức năng quản lý nhà nước, thi hành luật pháp, sử dụng hiệu quả các nguồn lực công (công sản, ngân sách) nhằm đáp ứng mục tiêu của Nhà nước đã đề ra trong giai đoạn phát triển. Như vậy, có thể nói rằng, công vụ luôn dùng để chỉ các hoạt động cụ thể thực thi quyền lực quản lý hành chính nhà nước. Nâng cao năng lực thi hành công vụ đòi hỏi phải nâng cao năng lực thực thi quyền lực quản lý hành chính nhà nước thông qua đội ngũ cán bộ, công chức đã được bổ nhiệm vào các chức vụ, chức danh, ngạch bậc nhất định trong hệ thống tổ chức hải quan, đảm bảo thi hành có hiệu quả pháp luật, phục vụ lợi ích của Nhà nước, công dân và doanh dân.