- Trải qua quá trình phát triển, gắn liền với quá trình mở cửa, hội nhập kinh tế quốc tế của đất nước, Luật Hải quan đã thể chế hoá đường lối chủ trương của Đảng, cụ thể hoá nguyên tắc quản lý kinh tế đối ngoại tại Hiến pháp 1992, kế thừa truyền thống lập pháp trong nước và kinh nghiệm quốc tế; đã đáp ứng được yêu cầu cải cách nền hành chính nói chung, cải cách hành chính ngành Hải quan nói riêng, đồng thời khẳng định: quản lý nhà nước về lĩnh vực hải quan đã "tương đối" được luật hoá ở hầu hết các phương diện; đánh dấu một "mốc" mới về địa vị pháp lý, thẩm quyền của Hải quan Việt Nam trong hệ thống các cơ quan hành pháp; vị thế, vai trò của Hải quan Việt Nam trong cộng đồng Hải quan thế giới.
- Luật Hải quan đã tạo cơ sở pháp lý để củng cố hệ thống Hải quan Việt Nam theo nguyên tắc tập trung, thống nhất, phù hợp với tính chất và đặc điểm của hoạt động hải quan hiện đại; so với hệ thống pháp luật trước đây, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm đã được quy định tương đối đầy đủ, đồng bộ, cơ chế thực hiện đã bước đầu hình thành và cơ bản đã phù hợp với thông lệ của Hải quan trên thế giới. Chủ trương, định
hướng xây dựng lực lượng Hải quan Việt Nam hiện đại, chuyên nghiệp đã dần được đưa vào thực tiễn, trở thành mục tiêu, và mục đích của từng thời đoạn cụ thể.
- Mối quan hệ phối hợp giữa ngành Hải quan với các ngành chức năng khác tiếp tục được củng cố, tăng cường ở một tầm, vị thế mới, như: ký kết lại quy chế phối hợp mới giữa ngành Hải quan với Bộ đội Biên phòng, ngành Hải quan với Cảnh sát kinh tế... - Việc sáp nhập Tổng cục Hải quan vào Bộ Tài chính là một bước thay đổi lớn, tạo bước đột phá phục vụ công cuộc cải cách hành chính mà Đảng và Nhà nước đã định hướng, giảm được một cơ quan thuộc Chính phủ, thu gọn tổ chức bộ máy của Chính phủ. Tổng cục Hải quan thuộc Bộ Tài chính, đứng đầu Bộ Tài chính là Bộ trưởng, là thành viên Chính phủ, các vấn đề liên quan đến ngành hải quan sẽ được phản ánh về Bộ Tài chính, ngành Hải quan sẽ phát triển theo xu thế chung của Bộ. Song, điểm nổi bật, quyết định hơn cả, mà hệ thống pháp luật về hải quan đã chỉ ra rằng: cho dù Tổng cục Hải quan là cơ quan thuộc Chính phủ hay Tổng cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính thì chức năng, nhiệm vụ của cơ quan hải quan vẫn không thay đổi, ngành Hải quan vẫn thực hiện các nhiệm vụ chính trị, kinh tế của Đảng, Nhà nước gắn liền với từng giai đoạn phát triển của đất nước.
- Ngoài ra, thực tiễn cũng đã chỉ ra rằng: hơn 05 năm qua, Hải quan Việt Nam trong vai trò là cơ quan giúp việc Bộ Tài chính để tổ chức thực thi quản lý nhà nước lĩnh vực hải quan, tuy có nhiều bỡ ngỡ, lúng túng ban đầu, song cũng đã cho thấy những ưu điểm của cơ chế này, đó là: hệ thống văn bản pháp quy ban hành để quản lý hải quan so với trước đây đã giảm đáng kể nhất là việc ban hành công văn chỉ đạo hành chính; nội dung có tính ổn định hơn, có định hướng thực quyền rõ ràng, cụ thể hơn. Nhiệm vụ chỉ tiêu pháp lệnh mà Nhà nước giao cho Hải quan về thuế đều hoàn thành vượt mức; công tác phối hợp giữa ngành Hải quan với các ngành khác trong Bộ Tài chính được thực hiện nghiêm túc, có hiệu quả hơn. Việc phân công, phân cấp thẩm quyền quản lý
theo từng cấp Hải quan bước đầu được hình thành và thực hiện. Hệ thống Hải quan đã được cải cách, thu gọn, giảm đầu mối trung gian, chuyển sang chế độ làm việc chuyên viên; đề cao trách nhiệm của cá nhân trước nhiệm vụ, công việc được giao; việc bổ nhiệm cán bộ công chức lãnh đạo có thời hạn bước đầu đã được thực hiện, đồng thời với việc luân chuyển, sắp xếp, bố trí lại cán bộ, công chức phù hợp với trình độ, chuyên môn đã được chú trọng, dần hình thành và đi vào nề nếp.
Hiện nay, địa vị pháp lý, thẩm quyền của Hải quan Việt Nam mặc dù đã được quy định trong hệ thống pháp luật hải quan, được thực tiễn cuộc sống kiểm nghiệm với những ưu điểm có được, song, cũng từ đó đã bộc lộ cho thấy: không ít những khiếm khuyết, bất cập, mâu thuẫn giữa quy định của Luật Hải quan và các văn bản pháp luật khác về vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Hải quan Việt Nam trên thực tiễn pháp lý cần phải tiến hành những giải pháp thích hợp để kịp thời khắc phục những tồn tại, hạn chế này trong giai đoạn mới.
- Một là: theo quy định của Luật hải quan hiện hành thì Tổng cục Hải quan là cơ
quan thuộc Chính phủ, giúp Chính phủ thực hiện thống nhất quản lý nhà nước về hải quan; nhưng, theo Quyết định số 113/2002/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ và Nghị định số 96/2002/NĐ-CP của Chính phủ thì Tổng cục Hải quan là cơ quan thuộc Bộ Tài chính, giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính quản lý nhà nước trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Theo thẩm quyền quản lý hành chính thì Chính phủ có quyền tổ chức, sáp nhập các cơ quan dưới quyền của mình thành những tổ chức, cơ quan mới để tạo ra hiệu quả quản lý nhà nước. Song theo tiêu chuẩn của Nhà nước pháp quyền, cụ thể là Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật thì văn bản của Chính phủ phải phù hợp với Hiến pháp, luật, pháp lệnh, không được trái với văn bản của Quốc hội. Vì vậy, cần phải khẩn trương sửa quy định này của Luật Hải quan hiện nay sao cho phù hợp thực tiễn quản lý hành chính của Chính phủ.
- Hai là: một số quy định của các luật, pháp lệnh khác đã chồng chéo, mâu thuẫn
với quy định của Luật Hải quan, dẫn tới tình trạng làm hạn chế hoặc vô hiệu hoá quá trình thực thi thẩm quyền quản lý nhà nước của các cấp Hải quan, nhất là của các đơn vị hải quan địa phương trên địa bàn hoạt động hoặc lĩnh vực quản lý chuyên ngành. Cụ thể là:
- Theo Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính (2002) thì Hải quan có quyền khám nơi cất giấu hàng hoá buôn lậu, nếu nơi đó là nhà thì phải được đồng ý của Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp huyện. Quy định này trái với nguyên tắc tập trung thống nhất trong quản lý nhà nước về hải quan. Mặt khác, Trụ sở của Uỷ ban nhân dân cấp huyện không phải lúc nào cũng ở trên địa bàn hoạt động của Hải quan địa phương; và hoạt động buôn lậu không phải lúc nào cũng diễn ra trong giờ hành chính hoặc kéo dài, để có thể đến Uỷ ban để xin "đồng ý" khám nhà, không kể có thể bị từ chối "đồng ý" với nhiều lý do khác... Điều này đã cho thấy, tính phi thực tế của quy định này.
- Theo điểm c khoản 1 Điều 13 Nghị định số 107/2002/NĐ-CP ngày 23-12-2002 của Chính phủ Quy định phạm vi địa bàn hoạt động hải quan; quan hệ phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới và các hành vi khác vi phạm pháp luật hải quan thì: "Hàng năm, cơ quan Hải quan các cấp xác định mục tiêu, kế hoạch, chương trình công tác phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các hành vi khác vi phạm pháp luật hải quan; đồng thời báo cáo Thủ trưởng cơ quan Hải quan cấp trên định kỳ hàng tháng, quý, năm. Cục trưởng Cục Hải quan địa phương phải báo cáo Chủ tịch Uỷ ban nhân dân địa phương về kết quả thực hiện ". Việc quy định Cục trưởng Hải quan địa phương phải báo cáo Chủ tịch Uỷ ban nhân dân địa phương là trái với nguyên tắc "tập trung thống nhất" quy định tại Điều 12 Luật hải quan.
- Ba là: mối quan hệ phối hợp giữa Tổng cục Hải quan với các đơn vị khác trong
ngành Tài chính "đã từng bước đi vào nề nếp, thông suốt, kịp thời và hiệu quả". Bên cạnh những điểm mạnh đó, vẫn còn tồn đọng không ít những bất cập, khiếm khuyết, và những "rào cản" trong các mối quan hệ phối hợp này, như: việc trình ký, xin ý kiến và trả lời ý kiến chỉ đạo do Tổng cục Hải quan thỉnh thị Bộ Tài chính còn tình trạng chậm tiến độ, không kịp thời; mặc dù Tổng cục Hải quan đã được phân cấp giải quyết các vụ việc thuộc chức năng, nhiệm vụ chuyên môn, song, còn rất nhiều vấn đề Tổng cục thường xuyên phải báo cáo Bộ dẫn đến ùn tắc; và tồn tại tình trạng vụ việc cần phải xử lý gấp để đảm bảo về thời hạn, nhưng không được chỉ đạo kịp thời, do vậy, tiến độ thực hiện đã bị chậm lại. Tuy đã được phân công, phân cấp, song, trên thực tế để giải quyết vụ việc lại thường phải "lấy" kiến của nhiều cơ quan tham mưu của Bộ, dẫn đến tình trạng lòng vòng, không thống nhất hoặc không "quyết đoán" được biện pháp giải quyết cuối cùng hoặc được quyết định nhưng không xuất phát từ thực tế vụ việc, không bám sát vào pháp luật thực định. Mặt khác, có những đề án, dự án lớn đơn vị chức năng của Bộ tổ chức lấy ý kiến của Tổng cục hải quan, nhưng yêu cầu thời hạn trả lời quá gấp, dẫn đến tình trạng không có đủ thời gian để xem xét, đánh giá một cách tỉ mỉ, thấu đáo...