Đây là thời kỳ mà mọi hoạt động quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức bộ máy của ngành Hải quan chủ yếu được điều chỉnh bằng Pháp lệnh Hải quan. Những quy định của Pháp lệnh Hải quan thể hiện sự kế thừa có chọn lọc, đánh giá sự tiến bộ, bước phát triển mới của ngành Hải quan, cũng như xác định rõ hơn vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ, trọng trách trong công cuộc xây dựng nền kinh tế thị trường nhiều thành phần, mở cửa, hội nhập kinh tế quốc tế theo chủ trương của Đảng và Nhà nước. Chức năng, nhiệm vụ của Hải quan được xác định rõ ràng là công cụ của Đảng và Nhà nước lập ra, duy trì nhằm phục vụ cho hoạt động kinh tế đối ngoại, và Hải quan không sản xuất, không kinh doanh nên không phải là một cơ quan kinh tế; nên được xác định rõ là cơ quan quản lý nhà nước về lĩnh vực hải quan, thực hiện quyền kiểm tra hải quan mọi hoạt động xuất nhập khẩu, hoạt động kinh tế đối ngoại và chống buôn lậu. Tổng cục Hải quan, sau khi tách ra khỏi Bộ Ngoại thương để trở thành cơ quan thuộc Chính phủ, một mặt đảm bảo được sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Chính phủ và tính kịp thời trong
công tác tham mưu của Tổng cục hải quan, hạn chế được các khâu trung gian xa rời thực tế, chồng chéo, dễ gây phiền hà, ách tắc và đã tạo thuận lợi cho xuất khẩu, nhập khẩu.
- Nguyên tắc tổ chức và hoạt động tập trung, thống nhất của Hải quan Việt Nam tiếp tục được kế thừa Nghị định 139/HĐBT va phát triển trở thành một lực lượng chuyên nghiệp hóa; khẳng định quyền kiểm tra nhà nước về hải quan thuộc về các cơ quan Hải quan các cấp. Các chiêm vụ cơ bản của Hải quan, mối quan hệ phối hợp giữa Hải quan với các ngành, với chính quyền địa phương các cấp trong việc thực hiện quản lý nhà nước về hải quan; mối quan hệ gắn bó với nhân dân. chịu sự giám sát của nhân dân,... đã trở thành một nguyên tắc trụ cột, thể hiện bản chất thống nhất, dân chủ xuyên suốt trong hoạt động quản lý nhà nước về hải quan.
- Hệ thống Hải quan Việt Nam vẫn được kế thừa và phân thành 3 cấp, trong đó Tổng cục hải quan là cấp cao nhất trực thuộc Chính phủ, quản lý điều hành hải quan cấp dưới tập trung thống nhất về mọi mặt, song vẫn bảo đảm được nguyên tắc quản lý nhà nước theo ngành và lãnh thổ; trách nhiệm, thẩm quyền từng đơn vị Hải quan đã được phân định tương đối rõ, với những đầu mối trực thuộc duy nhất, nhằm thống nhất thực hiện chính sách hải quan trên toàn lãnh thổ Việt Nam. Hải quan trở thành lực lượng chuyên nghiệp của Nhà nước thực hiện chức năng kiểm tra, giám sát có hiệu quả các hoạt động xuất nhập khẩu qua biên giới, góp phần bảo hộ sản xuất trong nước, bảo vệ lợi ích kinh tế quốc gia trong quá trình mở cửa, hội nhập. Nhiệm vụ, quyền hạn của Hải quan được quy định gắn liền với yêu cầu thực hiện nhiệm vụ từng cấp Hải quan, trong từng trường hợp cụ thể, đã được các cấp Hải quan chấp hành nghiêm túc, góp phần vào việc đấu tranh, ngăn chặn vi phạm pháp luật hải quan, phát hiện và ngăn ngừa tội phạm. Ngoài ra, hiệu quả phối hợp với các Bộ, ngành chức năng, với Uỷ ban nhân dân trong hoạt động kiểm soát chống buôn lậu qua biên giới được nâng cao.
- Quản lý nhà nước về lĩnh vực hải quan giai đoạn này được thực hiện bằng nhiều văn bản pháp luật có cấp độ pháp lý khác nhau, như: luật, pháp lệnh, nghị định, quyết định, chỉ thị, thông tư, thậm chí cả bằng văn bản hành chính. Qua 10 năm kiểm nghiệm, cho thấy: các quy định của pháp luật về quản lý nhà nước lĩnh vực hải quan đã được thực hiện thống nhất trên cả nước; góp phần không nhỏ vào trật tự quản lý kinh tế đối ngoại, mở rộng sự hợp tác và giao lưu quốc tế, chống buôn lậu va gian lận thương mại có hiệu quả; kết quả thực hiện nhiệm vụ năm sau hoàn thành cao hơn năm trước. Song, cũng phải thấy rằng, đây là thời kỳ nở rộ" văn bản quản lý nhà nước về lĩnh vực hải quan. Một mặt, nó tạo ra cơ sở pháp lý để từ đó ngành Hải quan tiến hành các hoạt động quản lý nhà nước theo thẩm quyền, mặt khác, nó cũng là một trong những nguyên nhân gây ra nhiều khó khăn, phức tạp, thậm chí hạn chế thẩm quyền của hải quan trong quá trình áp dụng pháp luật hoặc nhiều trường hợp dẫn đến lạm dụng quyền hạn, vượt quyền, vi phạm pháp luật, do không nắm rõ, hiểu biết hết về các quy định của luật pháp. Bởi vì, giai đoạn này, hệ thống pháp luật về lĩnh vực hải quan được ban hành "ồ ạt", "bội thu văn bản pháp luật", "bội bề đầu mối quản lý chuyên ngành", nội dung chính sách, pháp luật bị lợi ích cục bộ ngành, lợi ích địa phương chi phối, níu kéo... làm phát sinh sự trùng lắp, mâu thuẫn, "trăm mối tơ vò", "trăm dâu đổ lên đầu" Hải quan và các tổ chức, cá nhân xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh.
Bên cạnh đó, Pháp lệnh hải quan chưa xác định được đầy đủ phạm vi điều chỉnh, đối tượng áp dụng, do đó, trong quá trình cụ thể hoá thi hành Pháp lệnh đã phát sinh những khó khăn, dẫn tới những chồng chéo, ách tắc tại địa bàn hoạt động hải quan; đồng thời việc phối hợp giữa Hải quan với chính quyền địa phương các cấp, một số ngành chức năng khác tại địa bàn hoạt động chưa đạt được hiệu quả thiết thực như mong muốn.
- Hệ thống pháp luật về lĩnh vực hải quan chưa xác định rõ ràng: cơ quan Hải quan, đáng lẽ, phải là cơ quan quản lý nhà nước có trách nhiệm nghiên cứu, tham gia xây dựng chính sách, cơ chế quản lý, hướng dẫn và kiểm tra thực hiện chính sách, pháp
luật là chủ yếu, là cơ quan thay mặt Nhà nước có thẩm quyền thống nhất quản lý nhà nước lĩnh vực hải quan. Do vậy, trong giai đoạn này, nhiều cơ quan Nhà nước thường can thiệp quá sâu, vừa không cần thiết, không theo đúng chức năng, nhiệm vụ quản lý của mình vào các hoạt động hải quan, nên không phát huy được đầy đủ sức mạnh tổng hợp nói chung của quản lý nhà nước, cũng như không được sự ủng hộ, đồng thuận của nhân dân.
- Chức năng, nhiệm vụ của hệ thống Hải quan trong Pháp lệnh Hải quan chưa thể hiện được một cách rành mạch, thậm chí chưa nhất quán. Nhiệm vụ, quyền hạn của hải quan các cấp, của nhân viên Hải quan chưa được quy định cụ thể và chưa gắn với chức trách một cách đầy đủ. Hải quan được thành lập theo địa giới hành chính, song, xuất phát thực tế khách quan của hoạt động thủ tục xuất - nhập khẩu hàng hoá, các Cục hải quan phải thực hiện một phần không nhỏ nhiệm vụ của mình ở ngoài địa giới hành chính một tỉnh hay một thành phố trực thuộc Trung ương. Vì vậy, mô hình Hải quan với nhiệm vụ, quyền hạn quản lý theo địa giới hành chính thuần túy một tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương đã bất cập, không còn phù hợp thực tiễn.
+ Thu thuế hàng hoá xuất - nhập khẩu là một trong bốn nhiệm vụ cơ bản của ngành Hải quan, nhưng tại Pháp lệnh đã không quy định quyền hạn, nghĩa vụ thực hiện nhiệm vụ này. Song, ở các luật thuế hàng hoá xuất - nhập khẩu và các nghị định chi tiết thi hành đều khẳng định: ngành Hải quan có trách nhiệm tổ chức việc kiểm tra, thu thuế, xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật thuế.
+ Thực tiễn cho thấy, tình trạng gian lận, trốn thuế xảy ra khá nhiều và vi phạm pháp luật hải quan xảy ra khá phổ biến, nhưng Pháp lệnh Hải quan, cũng như các đạo luật khác chưa có quy định về thẩm quyền của Hải quan, cũng như các biện pháp được áp dụng để kiểm tra sau thông quan, trong khi đó, pháp luật thuế đã quy định thời gian chịu trách nhiệm của người nộp thuế là 5 năm.
+ Pháp lệnh Hải quan quy định thống kê nhà nước về hải quan là một nhiệm vụ, tuy nhiên, quyền hạn, trách nhiệm của Hải quan để thực hiện nhiệm vụ này chưa được quy định cụ thể, nên đã có những chồng chéo với nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ Thương mại, Tổng cục Thống kê...
+ Thẩm quyền của Hải quan trong kiểm tra, kiểm soát, ngăn chặn xử lý vi phạm quyền sở hữu trí tuệ đối với hàng hoá nhập khẩu chưa được quy định. Trong khi đó, các Hiệp định thương mại song phương hoặc đa phương đòi hỏi Hải quan phải tổ chức thực thi bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ tại biên giới.