Trong bối cảnh hội nhập và toàn cầu hóa kinh tế, nhất là khi nước ta đã là thành viên của Tổ chức Thương mại Thế giới thì tổ chức và hoạt động của các cơ quan nhà nước phải được tái thiết kế cơ cấu tổ chức và hoạt động của cơ quan nhà nước đáp ứng yêu cầu thực tiễn đặt ra. Trong điều kiện một đảng cầm quyền, quyền lực nhà nước tập trung ở cơ quan cao nhất là Quốc hội và phân chia thành: quyền lập pháp, hành pháp và tư pháp. Trong đó, cơ quan hành pháp, là cơ quan thực thi tất cả các luật pháp đã được ban hành, do vậy, xu hướng lạm quyền, lộng quyền bộc lộ và phát triển mạnh mẽ. Là một bộ phận của cơ quan hành pháp của Chính phủ, cơ quan hải quan cũng không nằm ngoài xu hướng này. Do vậy, việc tăng cường thanh tra, kiểm tra sự tuân thủ pháp luật cả tổ chức và hoạt động của cơ quan nhà nước nói chung, cơ quan hải quan nói riêng là một biện pháp có tính chất khách quan nhằm phòng ngừa, ngăn chặn lạm quyền, lộng quyền và vi phạm pháp luật.
- Một là, tăng cường thanh tra, kiểm tra của Chính phủ. Đây là một trong những
chủ trương, biện pháp hàng đầu của thanh tra, kiểm tra. Bởi vì, tổ chức và hoạt động của cơ quan hành pháp nói chung, cơ quan hải quan nói riêng đều nằm trong hệ thống tổ chức, bộ máy của Chính phủ, thực hiện các nhiệm vụ do Chính phủ giao. Các tổ chức và hoạt động của cơ quan hành chính nhà nước được thiết lập trên cơ sở văn bản luật hoác các văn bản của Chính phủ. Thanh tra, kiểm tra của Chính phủ đảm bảo cho việc thiết lập các tổ chức và hoạt động của cơ quan hành chính nhà nước đúng pháp luật. Trong đó, thanh tra, kiểm tra lại tính chính xác, yêu cầu về thực tiễn đặt ra của việc thiết lập, tổ chức các cơ quan, đơn vị hành chính có đảm bảo tiêu chí: "vì công việc mà thiết lập cơ quan tổ chức, chứ không vì người mà thiết lập, cơ quan tổ chức". Thông qua kết quả thanh tra, kiểm tra của Chính phủ về tổ chức và hoạt động của cơ quan nhà nước có thể từ đó giúp Chính phủ xác định được cần phải cải cách bộ máy cho phù hợp yêu cầu quản lý thực tế, có hiệu quả: rút gọn đầu mối hoặc mở rộng đầu mối, quy mô hoạt động của các cơ quan hành chính nhà nước. Cũng trong công tác thanh tra kiểm tra của Chính phủ phát hiện được sự chồng chéo chức năng, không hiệu quả giữa cơ quan hải quan với các cơ quan nhà nước có liên quan; phát hiện, đánh giá được kết quả của sự phối hợp
giữa các cơ quan nhà nước với cơ quan hải quan trong thực thi nhiệm vụ quản lý nhà nước lĩnh vực hải quan.
- Hai là, tăng cường thanh tra, kiểm tra chuyên ngành. Đây là biện pháp thanh tra, kiểm tra việc thực thi các nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của cơ quan hành chính nhà nước các cấp nói chung, đối với cơ quan hải quan nói riêng. Thông qua hoạt động kiểm tra, thanh tra chuyên ngành phát hiện được bất cập, sơ hở hoặc lạm dụng, vượt quyền của các đơn vị hải quan các cấp, phát hiện được những nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan hải quan không phù hợp với chức năng hoặc không còn phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, yêu cầu, mục tiêu quản lý nhà nước hải quan đặt ra trong điều kiện mới. Hoạt động kiểm tra, thanh tra chuyên ngành gắn liền với công tác thanh tra, kiểm tra bộ máy hải quan các cấp, chế độ tuyển dụng cán bộ, công chức, chế độ bổ nhiệm, miễn nhiệm, thôi việc, chế độ nâng lương, nâng ngạch, chuyển ngạch,...
- Ba là, tăng cường thanh tra, kiểm tra nghiệp vụ. Thanh tra, kiểm tra nghiệp vụ
hải quan nhằm đảm bảo kiểm tra sự thi hành, tuân thủ các quy định pháp luật điều chỉnh đối với từng loại nghiệp vụ hải quan gắn với sự phân công, phụ trách từng lĩnh vực nghiệp vụ của từng đơn vị hải quan ở từng cấp hải quan. Thông qua công tác thanh tra, kiểm tra nghiệp vụ phát hiện được loại hình nghiệp vụ nào không được quan tâm, tuân thủ nghiêm minh, loại hình nghiệp vụ nào cần được phát triển, tăng cường, loại hình nghiệp vụ nào có thể phải thay đổi nội dung, biện pháp thi hành. Thanh tra, kiểm tra nghiệp vụ có tác dụng hỗ trợ, cung cấp tài liệu cho việc thay đổi các tiêu chuẩn thể chế điều chỉnh các hoạt động nghiệp vụ phù hợp với thực tế, yêu cầu quản lý đặt ra. Đồng thời, thanh tra, kiểm tra nghiệp vụ cũng có tác dụng cải cách lại cơ cấu, vị trí cán bộ, công chức trong các dây chuyền nghiệp vụ, rút ngắn được thời gian xử lý, giải quyết công việc, hiệu quả quản lý cao hơn.
- Bốn là, tăng cường thanh tra, kiểm tra công vụ. Điều này có nghĩa là tăng cường thanh tra, kiểm tra đối với việc thi hành pháp luật của cán bộ, công chức gắn với từng cấp hải quan. Thanh tra, kiểm tra công vụ gắn liền với việc thanh tra, kiểm tra mức độ hoàn thành công việc của công chức, sự bố trí cán bộ công chức có gắn đúng với chuyên môn nghiệp vụ được tuyển dụng, đào tạo hay bố trí không đúng dẫn đến sự lãng phí tài nguyên con người. Mặt khác, thanh tra, kiểm tra công vụ có vai trò phát hiện những tiêu cực, nhũng nhiễu nảy sinh để từ đó có biện pháp điều chỉnh, chấn chỉnh công tác quản lý cán bộ, công chức. Đồng thời qua công tác này, củng cố, tăng cường liêm chính trong ngành Hải quan ở các cấp, xây dựng lực lượng hải quan ngày càng trong sạch, vững mạnh, chuyên nghiệp, tính kỷ luật.