Bên cạnh những thành tựu, công cuộc đổi mới ở vùng nông thôn tỉnh Cà Mau cũng còn những hạn chế, tồn tại.
- Một là, cơ cấu kinh tế nông nghiệp và nông thôn chuyển dịch chậm, mang nhiều yếu tố tự phát. Sản xuất nông nghiệp còn phân tán, thâm canh chưa cao, giá trị thu nhập trên đơn vị diện tích còn thấp, chưa gắn kết sản xuất với thị trường, gắn kết giữa nhà máy với người sản xuất ở các vùng nguyên liệu.
- Hai là, ngoài công nghiệp chế biến đông lạnh thủy sản, các ngành công nghiệp khác ở nông thôn phát triển chậm; ngành nghề truyền thống chưa phát triển, có ngành nghề bị mai một do không có đầu ra. Trình độ dân trí tuy có nâng lên, nhưng nhìn chung còn thấp nên ảnh hưởng đến việc tiếp thu, ứng dụng khoa học - kỹ thuật vào sản xuất, lao động chủ yếu theo kinh nghiệm truyền thống, tỷ lệ lao động qua đào tạo còn thấp. Lao động nông nhàn còn phổ biến ở nông thôn.
- Ba là, kết cấu hạ tầng phục vụ sản xuất ở nông thôn chưa đồng bộ, thiếu tập trung, hiệu quả thấp. Công tác chỉ đạo, quy hoạch và xây dựng các khu dân cư chưa được quan tâm đúng mức.
- Bốn là, đầu tư ứng dụng khoa học - công nghệ vào sản xuất chưa tương xứng, nhiều loại nông sản chủ yếu tiêu thụ dạng thô, giá trị thấp; công nghệ sản xuất, chế biến còn nhiều mặt lạc hậu nên năng suất, chất lượng, hiệu quả, khả năng cạnh tranh thấp, thiếu bền vững.
- Năm là, quan hệ sản xuất chưa đáp ứng yêu cầu phát triển nông nghiệp hàng hóa.
- Sáu là, đời sống vật chất và văn hóa của nhân dân ở nhiều vùng nông thôn còn thấp kém, khoảng cách chênh lệch về thu nhập của các hộ dân cư giữa vùng nông thôn với thành thị ngày càng cao.
- Bảy là, chất lượng khám điều trị bệnh của tuyến y tế cơ sở chưa đáp ứng yêu cầu, gây tình trạng quá tải ở các trung tâm y tế huyện. Tinh thần thái độ phục vụ của y bác sĩ có tiến bộ nhưng cần tiếp tục nâng lên. Tỷ lệ sinh ở nông thôn còn cao.
- Tám là, hệ thống chính trị ở cơ sở hiện nay còn nhiều mặt yếu kém, bất cập trong công tác lãnh đạo, quản lý, tổ chức thực hiện và vận động quần chúng. Tình trạng tham nhũng, quan liêu, mất đoàn kết nội bộ vừa vi phạm quyền làm chủ của nhân dân vừa không giữ đúng kỷ cương phép nước xảy ra ở một số nơi.
Chức năng, nhiệm vụ của các tổ chức trong hệ thống chính trị chưa được xác định rành mạch, trách nhiệm phân giao thiếu rõ ràng, nội dung và phương thức hoạt động chậm đổi mới phù hợp với tình hình thực tế của cơ sở.
Đội ngũ cán bộ cơ sở nông thôn nhìn chung trình độ, năng lực còn hụt hẫng so với yêu cầu phát triển của xã hội; một bộ phận cán bộ, đảng viên yếu kém về đạo đức, lối sống; trách nhiệm trước Đảng, trước dân chưa cao.
Những tồn tại, hạn chế nói trên đã và đang tác động tiêu cực đến CTVĐND của Đảng bộ tỉnh Cà Mau thời kỳ CNH, HĐH đất nước.