Hiện nay, tại bộ phận Tín dụng của Ngân hàng Công thương KCN Biên Hoà có khoảng 20 người, trong đó có 01 Trưởng phòng và 04 phó phòng. Trưởng phòng có trách nhiệm quản lý hoạt động chung của phòng, mỗi phó phòng chịu trách nhiệm về một mảng khách hàng như: khách hàng là các doanh nghiệp Nhà nước (sau này là các công ty cổ phần), khách hàng là các doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài, khách hàng là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, còn lại là nhóm khách hàng là hộ vay các thể.
Chính vì các phân rõ nhiệm vụ của các cán bộ lãnh đạo trong phòng như thế mà Phòng tín dụng gặp không ít khó khăn: khi một hoặc hai người vắng mặt thì cán bộ còn lại không thể hoặc khó khăn trong việc kiểm soát và ký duyệt hồ sơ do họ không có kiến thức tổng hợp về nghiệp vụ tín dụng. Chẳng hạn như cán bộ tín dụng chuyên quản lý hộ vay kinh doanh cá thể sẽ không thể nào có đủ kinh nghiệm trong việc phân tích tình hình tài chính của một doanh nghiệp nước ngoài có quy mô lớn. Điều này đã tạo nên lỏng lẻo và khe hở cho những nhân viên tín dụng không có trách nhiệm hay có mưu đồ tư lợi riêng.
Ngoài ra, tuy Ngân hàng Công thương KCN Biên Hoà đã áp dụng chương trình quản lý tín dụng Misac nhưng do mới áp dụng chương trình này không lâu (cuối năm 2002), do đó phần mềm này chưa được hoàn hảo. Hơn nữa chương trình quản lý tín dụng tại Ngân hàng sau hẳn các NHTM khác trên địa bàn nên hiện nay các NHTM khác đã ứng dụng những công nghệ mới hiện đại hơn.