Hiện nay cĩ nhiều nhà máy chế biến thủy sản xây dựng nên mà khơng theo quy hoạch, hoặc chỉ chú trọng đến cơng nghệ chế biến mà khơng chú trọng đến mơi trường. Do đĩ đã gây ơ nhiễm nguồn nước, khơng khí tại các vùng dân cư ở khu vực quanh nhà máy. Ví dụ như nhà máy chế biến cá Tra Đại Tây Dương (Cần Thơ) sau khi hoạt động được 3 tháng đã bị các cơ quan chức năng tạm đình chỉ hoạt động do trong quá trình chế biến cá Tra đã xả dịch thải máu cá trực tiếp ra kênh rạch mà khơng xử lí gây ơ nhiễm mơi trường nghiêm trọng. Nhà máy này đã phải đầu tư thiết bị xử lí nước thải hợp lí mới được hoạt động trở lại.
Vấn đề ơ nhiễm mơi trường do nước thải chế biến thủy sản là do sự coi thường việc xử lí của các nhà sản xuất, chạy theo lợi nhuận, hoặc chỉ xử lí theo kiểu đối phĩ
các cơ quan nhà nước như pha lỗng hoặc phân tán sự ơ nhiễm. Hoặc nếu cĩ cơng nghệ xử lí nước thải thì phần lớn chỉ là xử lí cuối đường ống.
Và một nguyên nhân nữa là do kế hoạch phát triển của ngành thủy sản chủ yếu quan tâm về kinh tế xã hội mà ít quan tâm đến các vấn đề mơi trường. Do đĩ dẫn đến sự buơng lỏng quản lí của các cơ quan chức năng về vấn đề mơi trường. Trên thực tế thì nhiều nhà máy chế biến thủy sản cĩ hệ thống xử lí nước thải được coi là đạt tiêu chuẩn, song việc vận hành là khơng thường xuyên hoặc khơng hoạt động hết cơng suất, dẫn đến mơi trường ở nhiều nơi vẫn thường xuyên bị ơ nhiễm trầm trọng. Để cải thiện tình hình này cần tăng cường kiểm tra giám sát các xí nghiệp, tuyên truyền nâng cao ý thức về mơi trường cho các nhà quản lí của doanh nghiệp thủy sản và nhất là áp dụng sản xuất sạch hơn vào quá trình chế biến.