Trong thực tế, các phương pháp xử lí nước thải chế biến cá Tra/Basa được áp dụng theo hai hướng cơ bản.
Thứ nhất là đơn thuần áp dụng biện pháp xử lí cuối đường ống, nước thải được xử lí theo phương pháp truyền thống : thu gom lại rồi xử lí theo kiểu aerotank.
Thứ hai là áp dụng các biện pháp sản xuất sạch hơn vào trong sản xuất, vừa giảm được lượng nước sạch sử dụng, vừa tăng hiệu quả kinh tế. Trong đĩ cĩ tận dụng phế liệu, vừa thu được các thành phần cĩ lợi trong nước thải, vừa giảm thiểu được gánh nặng trong xử lí ơ nhiễm.
Hiện nay, các nhà máy chế biến cá Tra/Basa đã và đang áp dụng các biện pháp sản xuất sạch hơn vào trong sản xuất và tìm biện pháp phù hợp để xử lí nước thải tại nhà máy mình. Các nhà máy tại An Giang đã áp dụng phương pháp thu hồi protein trong dịch thải máu cá ở cơng đoạn cắt tiết bằng cách sử dụng nhiệt để cơ đặc các chất hịa tan cĩ trong dịch thải. Sản phẩm bột thu được chủ yếu dùng để bổ sung vào các chế phẩm thức ăn gia súc. Tuy nhiên phương pháp này khơng thể xử lí được khi cĩ một khối lượng dịch thải máu cá quá lớn vì sẽ rất tốn kém, và sản phẩm bột máu cá sau khi thu hồi cĩ chất lượng khơng cao, khơng thể chế biến thành các sản phẩm cĩ giá trị khác.
Ngồi ra một số nhà máy vẫn xử lí nước thải đơn thuần theo kiểu cuối đường ống, nhưng chỉ hoạt động cầm chừng để đối phĩ với cơ quan chức năng (vì vận hành hệ thống xử lí nước thải rất tốn kém và ảnh hưởng đến doanh thu của doanh nghiệp). Vì vậy, vấn đề ơ nhiêm mơi trường ở các vùng xung quanh một số nhà máy chế biến cá Tra/Basa vẫn xảy ra.
Do vậy, việc nghiên cứu xử lí nước thải ngành chế biến thủy sản nĩi chung và nghiên cứu thu hồi protein trong dịch thải máu cá Tra sau cơng đoạn cắt tiết nĩi riêng là hết sức cần thiết, vì vừa tăng lợi nhuận cho doanh nghiệp, vừa cĩ tác dụng bảo vệ mơi trường.