Sự suy thoái tài nguyên nước trên thế giới cũng như ở Việt Nam bắt nguồn từ rất nhiều nguyên nhân (cả khách quan và chủ quan), trong đó việc quản lý được đánh giá là có vai trò chi phối và có tác động rất lớn. Vấn đề quản lý cần được hiểu ở cả khía cạnh tổ chức, quy hoạch và chính sách. Thời gian qua do bị phân tán nên hiệu lực quản lý nhà nước về tài nguyên nước và quản lý lưu vực sông ở Việt Nam còn nhiều hạn chế. Hơn nữa việc trước đây nhà nước phân cấp quản lý nước theo địa giới hành chính chịu trách nhiệm quản lý nước tại các tỉnh và địa phương đồng thời bao quát và giải quyết các vấn đề về quản lý nguồn nước trên toàn bộ lưu vực sông cả về số lượng và
chất lượng đã gây trở ngại rất nhiều cho việc thực hiện các nguyên tắc về quản lý tổng hợp tài nguyên nước và phát triển bền vững tài nguyên nước trên lưu vực. Sự ra đời của các Uỷ ban lưu vực sông với trách nhiệm chỉ đạo, điều phối và kiểm soát việc sử dụng nước trong phạm vi toàn bộ lưu vực sông đã khắc phục các tồn tại của quản lý nước riêng rẽ theo địa giới hành chính; tạo ra các cơ chế, chính sách để điều phối, chia sẻ cơ hội tiếp cận nguồn nước, bảo đảm các quyền tối thiểu của con người và cộng đồng sinh sống trên lưu vực sông, nhất là ở hạ lưu các lưu vực sông có cơ hội tiếp cận, sử dụng nguồn nước cho sinh hoạt và sản xuất; bảo đảm nguồn nước cho môi trường và hệ sinh thái thủy sinh. Phương thức quản lý theo lưu vực cũng đồng thời tạo ra cơ chế để phát huy cao nhất hiệu quả trong phát triển, khai thác sử dụng tài nguyên nước; tạo sự công bằng, bình đẳng trong phân phối tài nguyên nước và các dịch vụ về nước đối với các ngành kinh tế, các nhóm xã hội khác nhau, làm giảm mâu thuẫn, cạnh tranh về nước, đẩy mạnh phát triển xã hội bền vững (thông qua các chính sách kinh tế, cơ chế chia sẻ lợi ích trong khai thác sử dụng tài nguyên nước).
Khi các Uỷ ban được tham gia trực tiếp chỉ đạo, điều phối và kiểm soát việc sử dụng nước trên lưu vực sông thì mới có vai trò và ảnh hưởng rõ rệt tới phát triển của lưu vực sông và hơn nữa có thể sử dụng một phần các nguồn thu về thuế, phí tài nguyên nước... cho các hoạt động thường xuyên của mình. Tuy nhiên trong quản lý cũng cần phải nâng cao vai trò và sự phối hợp giữa trung ương và địa phương, giữa các địa phương thuộc lưu vực sông qua đó giúp hài hoà các mục tiêu của các cơ quan địa phương và trung ương trong lưu vực, giúp họ có được chiến lược quản lý hợp lý.
Về vấn đề quy hoạch, tuy đã được Nhà nước tạo điều kiện đầu tư nhưng do nội dung lập quy hoạch và sự phối hợp giữa các ngành trên lưu vực sông chưa gắn bó nên quy hoạch của các ngành còn nặng về khai thác phục vụ riêng cho chuyên ngành mình. Đến khi xây dựng hoành chỉnh các Đề án bảo vệ lưu vực thì việc thực hiện trên thực tế lại vấp phải nhiều khó khăn
khiến trong hầu hết các cuộc họp của các Ủy ban lưu vực sông tiến độ triển khai và thực hiện Đề án luôn được nhắc tới với cụm từ “còn quá chậm”. Hơn nữa với quy định các Ủy ban lưu vực sông không có chức năng xây dựng các Đề án mà chỉ là tổ chức có trách nhiệm thực hiện thì tính khả thi của các Đề án không cao bởi hơn ai hết, chính Ủy ban lưu vực sông phải là người “hiểu” các dòng sông hơn ai hết. Đây là một hạn chế mà tác giả sẽ tiếp tục bàn tới ở phần sau.