Theo Báo cáo Môi trường quốc gia chuyên đề chất lượng nước 3 lưu vực sông Cầu, Nhuệ - Đáy và hệ thống sông Đồng Nai của Bộ TN&MT năm 2006, đây là 3 lưu vực sông đang bị ô nhiễm vào loại nặng nhất so với các lưu vực khác trong cả nước. Thực trạng đó khiến công tác bảo vệ môi trường lưu vực sông ở nước ta đứng trước nhiều thách thức, đặc biệt là thách thức giữa yêu cầu bảo vệ môi trường, phát triển bền vững đất nước với yêu cầu tăng trưởng kinh tế, giải quyết việc làm.
Trong thời gian qua, hệ thống các chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường liên tục được rà soát, sửa đổi, bổ sung cho phù hợp với tình hình mới. Đến nay, về cơ bản, hệ thống chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường đã tương đối đầy đủ, tạo lập hành lang pháp lý cần thiết cho công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường.
Từ năm 2001 đến nay đã có 8 Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông được thành lập (Hồng – Thái Bình, Cầu, Nhuệ - Đáy, Cả, Vu Gia – Thu Bồn, Cửu Long, Đồng Nai và Srepok). Tuy đã hoạt động một thời gian dài nhưng các tổ chức lưu vực sông kể trên vẫn chưa hoạt động thực sự hiệu quả trong việc bảo vệ môi trường. Sau này do yêu cầu khẩn thiết về việc quản lý ô nhiễm nước ba lưu vực sông Cầu, Nhuệ - Đáy và hệ thống sông Đồng Nai, với sự tham gia của Bộ TN&MT nhiều cam kết bảo vệ môi trường lưu vực sông giữa các tỉnh đã được ký kết, tạo cơ sở cho việc phối hợp hành động bảo
vệ môi trường lưu vực sông.
Năm 1990, Chương trình Bảo vệ môi trường giai đoạn 1991-2000 đã đề ra quản lý tổng hợp lưu vực sông, nội dung quản lý đất đai ngăn chặn thoái hóa đất và rừng. Đến năm 2000, Chương trình bảo vệ môi trường giai đoạn 2001-2010 đã đề ra việc hình thành các tổ chức quản lý lưu vực sông, bảo đảm cấp nước và bảo vệ môi trường nước, ưu tiên lập 3 tổ chức lưu vực sông Cầu, Nhuệ - Đáy, Đồng Nai – Sài Gòn.
Trên cơ sở Chiến lược Bảo vệ môi trường quốc gia đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 256/2003/QĐ-TTg; Đề án tổng thể bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái, cảnh quan lưu vực sông Cầu, Đề án bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai đến năm 2020 và Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy đến năm 2020 đã được Thủ tướng Chính phủ thông qua. Đây là cơ sở để hình thành ba Uỷ ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu (Quyết định 171/2007/QĐ-TTg ngày 14/11/2007), sông Đồng Nai (Quyết định 157/2008/QĐ-TTg ngày 01/12/2008) và sông Nhuệ - Đáy (Quyết định 1404/2009/QĐ-TTg ngày 31/8/2009). Đến cuối năm 2008, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 120/2008/NĐ-CP ngày 01/12/2008 về Quản lý lưu vực sông với nguyên tắc quản lý lưu vực sông một cách thống nhất, không chia cắt giữa các cấp hành chính, giữa thượng nguồn và hạ nguồn; bảo đảm sự công bằng, hợp lý và bình đẳng về nghĩa vụ và quyền lợi giữa các tổ chức, cá nhân trong cùng lưu vực. Nghị định này được đánh giá như một giải pháp chiến lược nhằm quản lý tổng hợp và toàn diện tài nguyên nước vùng lưu vực sông với các nhận thức mới, phù hợp với yêu cầu thực tiễn phát triển kinh tế xã hội của đất nước và khu vực.
Như vậy, hệ thống các văn bản pháp luật: Luật tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường, Nghị định 120/2008 và các văn bản pháp luật khác có liên quan tạo cơ sở pháp lý cho việc thành lập và hoạt động của các tổ chức lưu vực sông, đánh dấu bước tiến quan trọng trong cách tiếp cận tiên tiến trong
phát triển và quản lý tài nguyên nước theo hướng bền vững. Đánh giá một cách khách quan, tuy trong cơ chế hoạt động cũng như cơ cấu tổ chức của các Uỷ ban lưu vực sông còn nhiều bất cập nhưng các Ủy ban này đã có những đóng góp nhất định trong công tác quản lý tài nguyên nước theo các chính sách và chiến lược do quốc gia đặt ra.