Mỗi tổ chức điều phối lưu vực sông cần có một cơ chế tài chính hợp lý và độc lập để duy trì hoạt động thường xuyên hàng năm của mình. Nguồn tài chính này có thể dựa trên sự trợ giúp của nhà nước, các tổ chức quốc tế, sự đóng góp tài chính của các tỉnh, các hộ dùng nước được hưởng lợi trên lưu vực sông. Trong thực tế phần lớn các tổ chức lưu vực sông trên thế giới được trích một phần nguồn thu từ thuế tài nguyên nước và phí ô nhiễm nước cho các hoạt động quản lý của mình nhằm chủ động trong việc thực hiện các biện pháp phòng chống ô nhiễm trên lưu vực sông. Việc sử dụng các công cụ kinh tế: giá, phí, thuế đặc biệt là việc định giá nước một cách hợp lý sẽ góp phần giúp các Ủy ban lưu vực sông có thể tự chủ về tài chính, trang trải các chi phí cần thiết của mình để đảm bảo cho các hoạt động được chủ động, hiệu quả và giảm bớt gánh nặng đầu tư ngân sách của Nhà nước. Điều này còn có tác dụng tích cực ở khía cạnh tăng cường sự gắn kết trách nhiệm trong cộng đồng, đồng thời kích thích các thành viên trong cộng đồng nâng cao tinh thần bảo vệ môi trường. Tuy nhiên trong nguồn kinh phí của môi Ủy ban lưu vực sông cũng cần quy định rõ nguồn chi dành cho các hoạt động cơ bản, quan trọng (ví dụ như để thực hiện các Dự án) tránh tình trạng hiện nay của Ủy ban sông Đồng Nai-Sài Gòn khi mà các địa phương thuộc lưu vực cho rằng do chưa có cơ chế tài chính rõ ràng nên không biết lấy nguồn nào để đầu tư cho các dự án bảo vệ sông Đồng Nai. Trong khi đó phản hồi từ phía Bộ Tài chính lại cho rằng cơ chế tài chính cho dự án môi trường các lưu vực sông không thiếu mà vấn đề quan trọng là địa phương phải chủ động xây dựng kế hoạch bố trí vốn hợp lý. Tóm lại, cần xây dựng thể chế tài chính rõ ràng nhằm huy động mọi nguồn vốn kể cả trong nước và quốc tế cho công tác quản lý tài nguyên nước. Hiện nay nhà nước đã dành tỷ lệ chi nhất định (1% ngân sách hàng năm) cho việc quản lý tài nguyên nước. Tuy nhiên kinh phí dành cho lĩnh vực này cũng cần được cân đối lại cho phù hợp để đảm bảo hiệu quả của công tác quản lý tài nguyên nước.
Bên cạnh đó cũng cần thực hiện tốt chính sách “người gây ô nhiễm phải trả phí”. Theo tính toán của Ngân hàng thế giới, chi phí xử lý ô nhiễm môi trường của Việt Nam dự tính khoảng 2,5 tỷ USD/năm trong khi phân bổ ngân sách của Chính phủ theo quy định chỉ đạt 1/5 so với yêu cầu thực tế. Như vậy đối với chính sách phí ô nhiễm chúng ta cũng cần có lộ trình nâng dần để tạo nguồn kinh phí cho xử lý nước do sự mất cân đối trong nguồn thu chi tài chính trong việc xử lý nước thải. Theo đó cần sửa đổi và ban hành phí xả nước thải phải bằng hoặc lớn hơn chi phí xử lý ô nhiễm.
Để đảm bảo sự độc lập của các Ủy ban lưu vực sông thì nguồn tài chính cũng phải độc lập, không gộp chung với nguồn tài chính của bất kỳ đơn vị tổ chức nào.
Như vậy, mô hình tài chính cần có cho hoạt động của các Ủy ban lưu vực sông là mô hình trong đó có một phần cung cấp từ nguồn ngân sách nhà nước, phần còn lại thu từ phí, lệ phí sử dụng nước, từ nguồn hỗ trợ của các tổ chức cá nhân trong và ngoài nước.
3.3 Mô hình