Uỷ ban lưu vực sông hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ; quyết định theo đa số.
Uỷ ban họp định kỳ sáu tháng một lần. Khi cần thiết, Chủ tịch Uỷ ban có thể triệu tập họp bất thường.
Về con dấu: Uỷ ban sông Cầu được sử dụng con dấu của Bộ TN&MT; Uỷ ban sông Đồng Nai và Ủy ban sông Nhuệ - Đáy sử dụng con dấu của tỉnh, thành phố thuộc Trung ương trong lưu vực theo nhiệm kỳ đảm nhiệm chức Chủ tịch Uỷ ban.
2.4.5 Tài chính
Kinh phí quản lý lưu vực sông được quy định trong Điều 20 Nghị định 120 của Chính phủ về quản lý lưu vực sông. Kinh phí lập nhiệm vụ, đồ án quy hoạch lưu vực sông đối với các lưu vực sông thuộc Danh mục lưu vực sông lớn, Danh mục lưu vực sông liên tỉnh do Bộ TN&MT bố trí trong sự toán ngân sách hàng năm. Kinh phí lập nhiệm vụ, đồ án quy hoạch lưu vực sông đối với các lưu vực sông thuộc Danh mục lưu vực sông nội tỉnh được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Kinh phí hoạt động của Ủy ban lưu vực sông và Văn phòng lưu vực sông (Điều 32) ngoài kinh phí do Bộ TN&MT phân bổ hàng năm còn được đóng góp của các tỉnh, thành phố; nguồn đóng góp tự nguyện của các tổ chức, cá nhân; ngoài ra còn nguồn tài trợ của các tổ chức quốc tế. Kinh phí hoạt động của các Văn phòng lưu vực sông được cân đối, bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm của Tổng cục Môi trường.
Sơ đồ mô hình tổ chức các Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông hiện nay [54] :
Sơ đồ 2.1.