2.4.3.1 Thành phần tham gia
Về cơ cấu tổ chức của các Ủy ban này cơ bản không khác nhau nhiều, thành phần có sự tham gia của:
Chủ tịch Uỷ ban là Chủ tịch UBND của một trong các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong lưu vực;
Chủ tịch Uỷ ban nhiệm kỳ đầu do Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố chủ trì xây dựng Đề án (Thái Nguyên, Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh) đảm nhiệm với nhiệm kỳ 3 năm. Các nhiệm kỳ tiếp theo, Chủ tịch Ủy ban do Chủ tịch UBND một trong các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong lưu vực đảm nhiệm: Ủy ban sông Cầu đảm nhiệm luân phiên theo thứ tự bảng chữ cái, Ủy ban sông Đồng Nai và Ủy ban sông Nhuệ - sông Đáy đảm nhiệm thông qua hình thức bỏ phiếu tín nhiệm với nhiệm kỳ hai năm, Chủ tịch Ủy ban sông Đồng Nai và sông Nhuệ - sông Đáy không đảm nhiệm quá hai nhiệm kỳ liên tiếp [54];
Phó Chủ tịch Ủy ban là Thứ trưởng Bộ TN&MT; Đối với Ủy ban sông Nhuệ - Đáy có thêm 1 Phó chủ tịch Ủy ban là Thứ trưởng Bộ NN&PTNT.
Các Uỷ viên Ủy ban là đại diện lãnh đạo UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong lưu vực; đại diện lãnh đạo các Bộ: Kế hoạch và Đầu tư, NN&PTNT, Tài chính, Khoa học và Công nghệ, Công thương, Xây dựng, Giao thông vận tải, Y tế, Công an, Thông tin và Truyền thông....
2.4.3.2 Cơ quan giúp việc
Cơ quan giúp việc của Uỷ ban là Văn phòng lưu vực sông. Văn phòng có nhiệm vụ giúp Uỷ ban thực hiện các nhiệm vụ sau:
Điều phối các hoạt động liên ngành, liên vùng giữa các Bộ, ngành và địa phương thuộc lưu vực hệ thống nhằm thực hiện thống nhất và có hiệu quả Đề án;
Tổng hợp, xây dựng và đề xuất trình Uỷ ban phê duyệt chương trình, kế hoạch hoạt động năm năm và hàng năm của Ủy ban và theo dõi, đôn đốc việc triển khai, thực hiện chương trình, kế hoạch này sau khi được phê duyệt;
Tổ chức phục vụ các cuộc họp định kỳ và bất thường của Uỷ ban; Báo cáo định kỳ việc thực hiện Đề án;
Thực hiện các nhiệm vụ khác do Ủy ban hoặc Chủ tịch Uỷ ban giao. Vị trí đặt Văn phòng Uỷ ban: Văn phòng Ủy ban sông Cầu và Ủy ban sông Nhuệ - Đáy được đặt tại Tổng cục Môi trường, sử dụng con dấu của Tổng cục Môi trường; Văn phòng Ủy ban hệ thống sông Đồng Nai được đặt tại cơ quan đại diện phía Nam của Tổng cục Môi trường, sử dụng con dấu của cơ quan đại diện phía Nam của Tổng cục Môi trường [54].
Quy chế tổ chức và hoạt động của Văn phòng lưu vực sông do Bộ trưởng Bộ TN&MT quy định. Hiện nay, Ủy ban sông Cầu và Ủy ban sông Đồng Nai đã xây dựng được Quy chế làm việc của Ủy ban và Quy chế hoạt động của Văn phòng lưu vực sông.