Luật Đầu t nớc ngoài năm 1987 đã quy định về các loại thuế một cách hợp lý, vừa đảm bảo lợi ích của Nhà nớc Việt Nam, vừa đảm bảo lợi ích của nhà đầu t,
đồng thời có tính hấp dẫn hơn so với các loại thuế tơng ứng đợc ban hành ở các n- ớc Đông Nam á và Trung Quốc.
Về thuế lợi tức
Luật Đầu t nớc ngoài năm 1987 đã quy định thuế lợi tức đối với xí nghiệp liên doanh, xí nghiệp có 100% vốn nớc ngoài và bên nớc ngoài hợp tác kinh doanh trên cơ sở hợp đồng từ 10% đến 25% lợi nhuận thu đợc. Trên cơ sở quy định này, Nghị định số 139, đã quy định ba loại: trờng hợp đặc biệt cần khuyến khích đầu t áp dụng 10% đến 14% lợi nhuận thu đợc, trờng hợp u tiên áp dụng từ 15% đến 20% lợi nhuận thu đợc, trờng hợp phổ thông áp dụng từ 21% đến 25% lợi nhuận thu đợc.
Đối với trờng hợp tái đầu t, Luật Đầu t nớc ngoài năm 1987 đã quy định cơ quan thuế phải hoàn lại số tiền thuế lợi tức đã nộp liên quan đến phần lợi nhuận tái đầu t cho nhà đầu t nớc ngoài. Doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài và Bên nớc ngoài tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh có thể đợc miễn thuế lợi tức trong một thời gian tối đa là 2 năm kể từ khi bắt đầu kinh doanh có lãi và đợc giảm 50% thuế lợi tức trong một thời gian tối đa là 2 năm tiếp theo.
Nếu so sánh với các nớc trên thế giới, với mức thuế suất thuế lợi tức phổ thông áp dụng đối với các doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài ở nớc ta là 25%, thì thuế suất của Việt Nam vào loại thấp nhất, vì mức thuế suất thu nhập công ty của các nớc thờng ở khoảng 30% đến 60%. Mức thuế suất phổ thông của Việt Nam, cũng nh trong các trờng hợp miễn, giảm đợc coi là hấp dẫn so với các nớc trong khu vực: Brunei: 30%, Lào: 20%, Malaysia: 28%, Myanmar: 30%, Philippines: thuế thu nhập công ty giảm dần từ mức 34% năm 1998, 33% năm 1999 và 32% từ năm 2000; Singapore: 26%, Thái Lan: 30%, Trung Quốc: 30% ngoài ra còn phải trả thuế thu nhập địa phơng là 3%, ấn Độ: 35%.
Tuy nhiên theo tinh thần Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp mới thì kể từ ngày 1/1/2004 mức thuế thu nhập sẽ áp dụng chung cho đầu t trong nớc và nớc ngoài với các mức 10%; 15%; 20% và 28%.
Việc miễn thuế nhập khẩu đợc áp dụng cho thiết bị, máy móc, phơng tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ để tạo tài sản cố định hoặc mở rộng quy mô dự án đầu t và phơng tiện vận chuyển nhập khẩu dùng để đa đón công nhân. Chính phủ quy định việc miễn giảm thuế suất, nhập khẩu đối với các hàng hóa đặc biệt cần khuyến khích đầu t khác. Luật Đầu t nớc ngoài năm 1996 bỏ quy định miễn thuế nhập khẩu đối với vật t và xe ô tô con.
Nghị định 12 quy định cụ thể việc miễn thuế nhập khẩu đối với trờng hợp mở rộng quy mô dự án, thay thế, đổi mới công nghệ; miễn thuế nhập khẩu đối với các giống cây trồng, giống vật nuôi, nông dợc đặc chủng đợc phép nhập khẩu để thực hiện dự án nông nghiệp, lâm nghiệp, ng nghiệp; miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa, vật t khác dùng cho các dự án đặc biệt khuyến khích đầu t theo Quyết định của Thủ tớng Chính phủ.
Nhằm khuyến khích thu hút đầu t nớc ngoài và tháo gỡ khó khăn đối với các dự án đang hoạt động, Chính phủ đã tiếp tục ban hành nhiều chính sách u đãi liên quan đến miễn thuế nhập khẩu đối với các dự án đầu t nớc ngoài (nh Nghị định số 10/1998/NĐ-CP ngày 23/1/1998 của Chính phủ; Quyết định số 53/1999/QĐ-TTg ngày 26/3/1999 của Thủ tớng Chính phủ...). Để nâng cao hiệu lực pháp lý của các biện pháp quan trọng này, Luật Đầu t nớc ngoài (sửa đổi) năm 2000 đã luật hóa các quy định trên và sửa đổi, bổ sung một số quy định về miễn thuế nhập khẩu và Nghị định 24 đã quy định nh sau:
"Doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh đợc miễn thuế nhập khẩu đối với hàng nhập khẩu để tạo tài sản cố định...
Việc miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại khoản này đợc áp dụng cho cả trờng hợp mở rộng quy mô dự án, thay thế, đổi mới công nghệ.
Nguyên liệu, vật t, linh kiện nhập khẩu để sản xuất của các dự án thuộc lĩnh vực đặc biệt khuyến khích đầu t hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn đợc miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn 5 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất".
Về thuế chuyển lợi nhuận ra nớc ngoài
Luật Đầu t nớc ngoài năm 1987 quy định cụ thể về mức thuế chuyển lợi nhuận ra nớc ngoài là từ 5% đến 10% số tiền chuyển ra nớc ngoài. Luật Đầu t nớc ngoài năm 1996 quy định cụ thể hơn: ngoài việc phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp, nhà đầu t nớc ngoài khi chuyển lợi nhuận ra nớc ngoài vẫn phải nộp một khoản thuế là 5%, 7%, 10% số lợi nhuận chuyển ra nớc ngoài, tùy thuộc vào quy mô góp vốn của nhà đầu t nớc ngoài vào vốn pháp định của doanh nghiệp.
Để cải thiện môi trờng đầu t, Luật sửa đổi, bổ sung Luật Đầu t nớc ngoài năm 2000 đã sửa đổi Điều 43 Luật Đầu t nớc ngoài năm 1996 theo hớng giảm mức thuế chuyển lợi nhuận ra nớc ngoài xuống các mức tơng ứng là 3%, 5% và 7%.
Tuy nhiên theo tinh thần Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp mới thì kể từ ngày 1/1/2004 sẽ xoá bỏ hoàn toàn thuế chuyển lợi nhuận. Đây là điểm rất quan trọng nhằm tạo điều kiện thuân lợi cho các nhà đầu, đồng thời hớng tới mặt bằng pháp lý chung cho đầu t trong nớc và nớc ngoài.
Về thuế giá trị gia tăng
Đây là loại thuế mới cha đợc quy định trong Luật Đầu t nớc ngoài năm 1996. Khi Luật Thuế giá trị gia tăng đợc ban hành, doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài phải nộp thuế giá trị gia tăng đối với các loại máy móc, thiết bị, vật t nhập khẩu đồng bộ để tạo tài sản cố định (chỉ đợc miễn đối với các loại thiết bị, máy móc, phơng tiện chuyên dùng trong nớc cha sản xuất đợc). Quy định này thực chất là đánh thuế vào vốn đầu t của doanh nghiệp, làm tăng chi phí của doanh nghiệp, trong khi sức hấp dẫn, tính cạnh tranh của môi trờng đầu t ở Việt Nam đang giảm dần.
Để tháo gỡ những vớng mắc về thuế giá trị gia tăng đối với các doanh nghiệp có vốn đầu t nớc ngoài, Luật Đầu t nớc ngoài (sửa đổi) năm 2000 đã sửa đổi theo hớng: cho phép thiết bị, máy móc, phơng tiện vận tải nhập khẩu đồng bộ (không phụ thuộc vào việc trong nớc sản xuất đợc hay cha) và vật t trong nớc cha sản xuất đợc đều là đối tợng không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng.