Thành phần động vật đáy tương đối phong phú, đã phát hiện ra 154 loài (Đỗ Văn Nhượng và Hoàng Ngọc Khắc, 2004; Đỗ Văn Nhượng, 2005). Thành phần loài động vật đáy ở rừng ngập mặn Giao Thuỷ bao gồm các nhóm Giun đốt, Giáp xác Mười chân, Thân mềm Chân bụng, Hai mảnh vỏ. Trong số các họ có nhiều loài nhất là Ocypodidae tới 26 loài, chiếm 16,88%, họ Grapsidae có 21 loài chiếm 13,63% tổng số loài. Các họ khác có số lượng loài ít hơn, chiếm phần nhỏ số lượng loài trong tổng số.
Mật độ và sinh khối của động vật đáy ở trong rừng ngập mặn đa dạng và phong phú hơn phía ngoài rừng ngập mặn, số cá thể cao nhất đạt đến 76 cá thể và sinh khối cao nhất là 84,8 gam/m2 ở rừng tự nhiên, rừng trồng 3 tuổi có thể đạt đến 275 cá thể và sinh khối tới 134,9g/m2. Chúng thuộc nhiều nhóm động vật đáy khác nhau. Nhóm ưu thế
phân bố phía trong rừng ngập mặn là các loài cua họ Grapsidae và phía ngoài rừng ngập mặn là các loài cua trong họ Ocypodiae.
Đa số các loài động vật đáy ở rừng ngập mặn Giao Thuỷ là những loài rộng muối, chịu được sự chênh lệch nồng độ muối ở cửa sông và xa cửa sông về phía ven bờ.
d. Côn trùng
Thành phần côn trùng ở RNM Giao Thủy ( Nam Định) đã điều tra được 113 loài, thuộc 50 họ của 10 bộ, trong đó số đã định tên được là 98 loài. Chỉ số đa dạng của côn trùng cao nhất ở xã Giao Lạc vào tháng 6, thấp nhất vào tháng 4 ( Lê Xuân Huệ và Nguyễn Thị Thu Hà 2004)