Lợi ích gián tiếp là những lợi ích mà không tạo ra giá trị trực tiếp, không thể nhìn thấy được do đó nó không có giá trên thị trường. Vì thế, trong các phương pháp đánh giá thông thường giá trị này thường bị bỏ qua không đưa vào trong tính toán. Đây cũng chính là một trong những yếu tố tạo nên ưu điểm của phương pháp CBA. Lợi ích gián tiếp của KBV Rạn Trào bao gồm những lợi ích sau:
- Lợi ích từ việc duy trì chức năng sinh thái của rạn san hô. Theo các chuyên gia MCD, nếu KBV Rạn Trào không được thành lập thì chắc chắn đến nay rạn san hô ở Rạn Trào sẽ không còn nữa. Nguyên nhân quan trọng nhất là từ những năm 90 nạn khai thác tràn lan san hô sống và san hô chết ở đây đã vô cùng phổ biến. Thực tế chứng minh rằng các rạn san hô xung quanh Rạn Trào như Rạn Tướng, Rạn Sụn... đã không còn nữa. Do đó, lợi ích của dự án còn là việc duy trì sự sống cho 28ha rạn san hô nơi đây. Theo nghiên cứu của Mohd Shahwahid và Mc Nally (2001) đã tính ra được giá trị của mỗi ha rạn san hô trong việc suy trì chức năng sinh thái bao gồm chức năng: điều hòa khí hậu (nhờ khả năng hấp thụ CO2 của rạn san hô); là đầu nguồn nước và là nơi cung cấp thức ăn; điều hòa sinh học; điều chỉnh tiếng ồn; xử lý rác thải. Có thể tính giá trị này bằng phương pháp chuyển giao giá trị.
- Lợi ích từ việc tăng giá trị phi sử dụng của đa dạng sinh học: Dự án đã góp phần làm phục hồi nhiều loài sinh vật quý hiếm và làm tăng tính đa dạng sinh học cho vùng biển Rạn Trào. Mặt khác, dự án đã giúp nâng cao nhận thức
cộng đồng trong việc bảo vệ tài nguyên môi trường. Do đó, người dân đánh giá rất cao việc bảo vệ môi trường đặc biệt là môi trường biển. Các cá nhân có thể quy ra giá trị bằng tiền cho sự tồn tại của các loài sinh vật nơi đây thông qua phương pháp phát biểu sở thích, qua đó người được hỏi cho biết mức sẵn lòng chi trả (WTP) của họ đối với đa dạng sinh học.
- Lợi ích giảm ô nhiễm môi trường của rạn san hô. Việc hạn chế các hoạt động ở khu vực bảo vệ nghiêm ngặt sẽ đóng góp vào cải thiện chất lượng nước. Giá trị giảm ô nhiễm môi trường chính là lợi ích của dự án vì giảm ô nhiễm sẽ làm giảm áp lực lên môi trường vùng dự án và các vùng xung quanh, giảm chi phí phục hồi chất lượng nước, giảm chi phí về sức khoẻ của người dân. Tuy nhiên, do quy mô nghiên cứu của đề tài chưa thể nghiên cứu được giá trị này và cũng chưa có một nghiên cứu nào trước đó về giá trị này nên lợi ích này chỉ mang tính chất định tính chưa thể lượng hóa giá trị ra được.
- Ngoài ra, rạn san hô còn có chức năng bảo vệ dải bờ biển. Tuy nhiên do Rạn Trào nằm trong khu vực vịnh Vân Phong nên các tác động do lũ, sóng biển là không đáng kể nên phạm vi luận văn sẽ không tính đến. San hô còn có những giá trị như dược liệu, đồ mỹ thuật...nhưng những giá trị này chưa xuất hiện ở địa phương và vì mục tiêu bảo tồn nên dự án cũng không khuyến khích những sinh kế trên. Do đó, sẽ không tính đến giá trị của những lợi ích này.