- San hô: Trong nhiều năm gần đây việc khai thác san hô trái phép, bừa bãi tại khu vực biển Rạn Trào đã làm các bãi san hô và nguồn lợi hải sản suy giảm nghiêm trọng và nhanh chóng phá đi nơi cư trú và môi trường sống của các loài, làm mất cân bằng sinh thái tự nhiên. Vấn đề nổi cộm ở địa phương là việc khai thác các rạn san hô sống một cách ồ ạt làm suy giảm môi trường và nguồn lợi biển. Địa phương đã có nhiều biện pháp xử lý nhưng tình trạng này vẫn gia tăng. Những chủ khai thác dung cả xe tải để vận chuyển san hô khai thác được đến nơi tiêu thụ. Những hoạt động khai thác này vừa làm suy thoái môi trường vừa gây nên tình trạng mất trật tự an ninh trên địa bàn. Theo kết
quả khảo sát khu vực Rạn Trào năm 2001 cho thấysan hô cứng chiếm ưu thế ở độ sâu 4,5m, đạt giá trị 60%- 63% tốc độ phủ mặt cắt. Việc khai thác san hô một cách ồ ạt làm đìa nuôi tôm sú cũng là nguyên nhân dẫn đến việc suy giảm nguồn lợi biển. Cùng với sự suy giảm nguồn lợi san hô, nghề nuôi tôm hùm lồng và nuôi tốm sú đã chịu nhiều ảnh hưởng xấu như nguồn giống tôm hùm khai thác tự nhiên hầu như không còn, tốc độ lớn của tôm bị chậm lại, các loài tôm nuôi dễ bị nhiễm bệnh, thậm chí đôi khi chết hang loạt do nước bị ô nhiễm. Khi nguồn lợi san hô bị tàn phá, nghề nuôi trồng thủy sản lập tức gặp khó khăn. Nếu cứ theo chiều hướng đó, nghề nuôi thủy sản sẽ dần
bị xóa bỏ.
- Cá rạn san hô: Khi rạn san hô bị suy thoái, độ phủ của san hô sống giảm, nền đáy phủ bởi san hô chết, bã hữu cơ, cảnh quan rạn bị thay đổi rõ rêt đã ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống sinh vật. Tất cả các loài cá có giá trị thương mại cao như cá Mú, Hồng, Kẽm… được ngư dân mô tả trước đây đã không còn hoặc xuất hiện rất ít trên mặt cắt. Theo một số ngư dân địa phương, vùng biển Vạn Hưng trước đây có nhiều loài cá có giá trị kinh có kích thước lớn đến nay đã giảm đi khoảng 50%.
-Tình trạng đánh bắt: Theo đánh giá năm 2000 sản lượng khai thác thủy sản của Vạn Hưng kiên tục suy giảm trong vòng 10 năm trở lại đây. Năm 1996 khai thác được 250 tấn, năm 1999 chỉ còn khoảng 110 tấn. Số lượng cũng như cỡ loại sản phẩm thủy sản khai thác đều giảm, một số loài thủy sản quý hiếm đang trên bờ của sự hủy diệt.