- Cơ quan quản lý nhà nước chịu trách nhiệm chung là UBND tỉnh, cơ quan quản lý nhà nước chuyên môn tại địa phương là Sở Giao thông Vận tải và các cơ quan phối hợp là Sở Tài nguyên & Môi trường (khai thác khoáng sản), Sở Nông nghiệp & PTNT (quản lý hệ thống kênh thủy lợi tưới tiêu phục vụ cho nông nghiệp); Sở Tài chính, Công an tỉnh và UBND các huyện, thị xã, thành phố.
Hoạt động quản lý nhà nước của các cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND tỉnh tập trung vào các công việc sau: thực hiện các biện pháp bảo vệ kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa, chống lấn, chiếm hành lang bảo vệ luồng, bảo đảm trật tự an toàn giao thông trật tự đường thủy nội địa và chịu trách nhiệm về trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa; tổ chức cứu nạn, giải quyết hậu quả các vụ tai nạn trên phạm vi đường thủy nội địa; Xây dựng và tổ chức thực hiện qui hoạch phát triển giao thông đường thủy; tổ chức thực hiện việc tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về giao thông đường thủy nội địa; kiểm tra, xử lý vi phạm về giao thông đường thủy nội địa theo thẩm quyền; áp dụng các biện pháp thiết lập trật tự an toàn giao thông đường thủy nội địa; kiểm tra việc thực hiện pháp luật ở các cơ quan, đơn vị cơ
sở có hiệu quả; Bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp của các đơn vị cơ sở, cũng như của cán bộ công chức nhà nước thuộc quyền quản lý.
Căn cứ qui định của Luật và hướng dẫn của Bộ Giao thông Vận tải tại Quyết định số 07/2005/QĐ-BGTVT ngày 07/01/2005 của Bộ Trưởng Bộ Giao thông Vận tải về việc ban hành qui chế quản lý hoạt động của cảng, bến thủy nội địa, Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang đã ban hành quyết định số 02/2007/QĐ.UBND ngày 04/01/2007 về việc ban hành quy định về tổ chức quản lý và khai thác các bến khách ngang sông trên địa bàn tỉnh An Giang, theo đó nhằm tổ chức quản lý việc cho phép mở bến khách, điều kiện an toàn hoạt động của bến, phương tiện và người điều khiển phương tiện; qui định việc tổ chức, đấu thầu khai thác bến khách ngang sông; qui định khoản thu ngân sách từ kết quả đấu thầu các bến khách; đầu tư xây dựng, sửa chữa bến bãi bảo đảm an toàn thuận tiện.
Quản lý đăng ký phương tiện thủy từ ngày 01/9/1996 đến ngày 30/12/2006 là 13.126 chiếc = 545.204 mã lực và 495.751,5 tấn/phương tiện, 9.848 ghế, tuổi thọ trung bình của phương tiện thủy là 14,8 năm; Từ năm 1993 đến năm 2006 đã tổ chức đào tạo bổ túc và cấp bằng thuyền trưởng, máy trưởng cho 5.113 người dân hành nghề trên sông nước, trong đó: bằng thuyền trưởng hạng III là 2.047, bằng thuyển trưởng hạng IV là 2.445 và bằng máy trưởng tàu sông là 621 hồ sơ.
- Các cơ quan quản lý nhà nước về đường thủy Trung ương đóng trên địa bàn: Đoạn quản lý đường sông số 13, Đoạn quản lý đường sông số 15; Cảng vụ đường thủy nội địa (khu vực IV), Đội Thanh tra giao thông đường thủy số 7, Chi cục Đăng kiểm phương tiện thủy.
Hoạt động của các cơ quan trung ương trên địa bàn tập trung vào các nhiệm vụ sau: quản lý các tuyến kênh, sông do thuộc thẩm quyền; hướng dẫn và cấp phép xây dựng các công trình nằm trong phạm vi hành lang bảo vệ luồng chạy tàu, quản lý và cấp phép các cảng biển, cảng biển pha sông, bến
bốc dỡ hàng hóa, bến chuyên dùng; tổ chức đăng kiểm các phương tiện thủy có tải trọng trên 5 tấn; tiếp nhận thông tin về tình hình luồng, lạch để thông báo kịp thời cho các chủ, thuyền trưởng hoặc người điều khiển phương tiện trước khi rời cảng, bến.
Ngoài việc độc lập thực hiện chức năng quản lý nhà nước được giao, tỉnh An Giang và các cơ quan chuyên môn Trung ương đóng trên địa bàn đã có sự phối hợp thông qua việc tổ chức các Đoàn Công tác kiểm tra liên ngành Đường thủy nội địa thường xuyên tổ chức đợt công tác kiểm tra tiến hành giải tỏa phương tiện neo đậu lấn chiếm luồng và phương tiện bơm cát nằm ngay cua cong, giải tỏa vị trí đặc đáy cá trên sông ra khỏi luồng tàu chạy nhằm đảm bảo giao thông thông suốt và an toàn; kiểm tra các bến khách ngang sông, bến thủy nội địa; Kiểm tra phương tiện, biển báo hiệu, trục vớt và thanh thải chướng ngại vật, khơi thông và nạo vét luồng chạy tàu.
Từ khi Luật Giao thông đường thủy nội địa có hiệu lực thi hành (01/01/2005) Tỉnh ủy, UBND tỉnh An Giang đã ban hành nhiều văn bản nhằm triển khai Luật, tập trung chủ yếu là việc hàng năm đều ban hành Chỉ thị về việc chấn chỉnh hoạt động của các bến khách ngang sông, nghiêm cấm việc đặt đăng, chà, đáy vó trên sông từ năm 2005, đã chấn chỉnh và hạn chế tối đa nạn khai thác cát sông trái phép, cơ bản đã dỡ bỏ được tình trạng xây cất cầu tiêu trên sông rạch gây ô nhiễm môi trường và vi phạm hành lang bảo vệ luồng chạy tàu theo Chỉ thị 200/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Công tác cải cách hành chính trong việc đăng ký phương tiện, cấp đổi đăng ký phương tiện, gia hạn và cấp đổi bằng cấp, chứng chỉ chuyên môn đối với người điều khiển phương tiện đã đi vào nề nếp, nhiều loại giấy tờ thủ tục đã được đơn giản hóa tạo điều kiện thuận lợi cho nhân dân khi làm thủ tục và phù hợp với điều kiện thực tế tại địa phương;
Ngoài ra, cơ quan chịu trách nhiệm chung trong vấn để bảo đảm trật tự an toàn giao thông về đường bộ và đường thủy của tỉnh là Ban An toàn giao
thông. Trưởng Ban do đồng chí Chủ tịch UBND tỉnh đảm nhiệm, các Phó trưởng Ban là giám đốc Sở Giao thông Vận tải, Giám đốc Công an tỉnh và thủ trưởng các Sở, ngành, tổ chức đoàn thể có liên quan là thành viên (các đồng chí này hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm), Văn phòng thường trực Ban An toàn Giao thông là bộ phận chuyên trách chịu trách nhiệm tham mưu, theo dõi tình hình trật tự an toàn giao thông trên địa bàn để báo cáo cho Trưởng Ban có những chỉ đạo kịp thời các vấn đề liên quan đến công tác bảo đảm trật tự an toàn giao thông. Tương ứng ở cấp huyện, thị, xã cũng có các Ban An toàn giao thông (nhưng không có bộ phận chuyên trách).
Bộ máy tổ chức của ngành giao thông vận tải đã được bố trí đầy đủ theo qui định, nhưng tính hiệu quả và khoa học chưa cao. Trên địa bàn tỉnh trải dài và rộng với 11 đơn vị hành chính, nhưng chỉ có 01 Chi cục đăng kiểm phương tiện thủy của Trung ương đặt tại TP. Long Xuyên; về phía tỉnh An Giang chưa có Chi cục đăng kiểm phương tiện thủy; Công tác tổ chức đăng ký phương tiện thủy tập trung tại Sở Giao thông Vận tải (chưa triển khai về huyện) nên việc thời gian đi lại và các thủ tục còn chưa hợp lý đã dẫn đến tình trạng người dân chấp nhận chịu phạt còn rẻ hơn chi phí và thời gian di chuyển về trung tâm hành chính là thành phố Long Xuyên để đăng ký, đăng kiểm phương tiện. Tại chính quyền cơ sở hiện chỉ tập trung vào giao thông đường bộ nông thôn nên công tác quản lý về giao thông thủy chưa được quan tâm đúng mức do thiếu kinh phí và con người;
Lực lượng tuần tra kiểm soát Cảnh sát giao thông đường thủy và Thanh tra giao thông là các lực lượng thực hiện chức năng tuần tra kiểm soát các hoạt động giao thông đường thủy trên địa bàn tỉnh. Lực lượng Cảnh giao giao thông đường thủy chỉ bố trí 45 biên chế cho cấp tỉnh và cấp huyện không có cảnh sát giao thông đường thủy; Lực lượng Thanh tra giao thông trực thuộc Sở Giao thông Vận tải không bố trí thanh tra viên chuyên trách về đường thủy và không có phương tiện tuần tra.
Công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động giao thông đường thủy của địa phương thời gian qua tuy có tiến bộ, nhưng chưa đáp ứng được nhu cầu và hiệu quả chưa cao. Do đặc thù về tập quán cư trú của nhân dân và thời gian dài thiếu sự quản lý nên tình trạng lấn chiếm hành lang bảo vệ luồng và luồng chạy tàu xảy ra phổ biến, do đó công tác khắc phục rất khó khăn; cơ quan quản lý chuyên ngành thiếu sự phối hợp và kiểm tra, giám sát cộng với chính quyền cơ sở chưa thật sự quan tâm đã dẫn đến tình trạng các bến khách ngang sông vi phạm các qui định về an toàn kỹ thuật xảy ra phổ biến và kéo dài; việc bố trí bộ máy tổ chức chưa hợp lý nên tỷ lệ không đăng ký, đăng kiểm của phương tiện thủy vẫn còn cao.