Khó khăn lớn nhất từ phía khách hàng là quy mô vốn chủ sở hữu nhỏ, năng lực tài chính không mạnh nên hạn chế khả năng đầu tư và khó đáp ứng được yêu cầu về mức vốn tự có tối thiểu để được vay vốn ngân hàng. Mức vốn tự có nhỏ trong tổng nguồn vốn hoạt động của doanh nghiệp khiến cho các doanh nghiệp dễ đổ bể khi đối mặt với những diễn biến bất thường trong quá trình sản xuất kinh doanh, đặc biệt là trong môi trường kinh tế cạnh tranh gay gắt như ngày nay.
Hầu hết các DNV&N không đảm bảo tính minh bạch về các thông tin tài chính. Hệ thống báo cáo tài chính thường không đầy đủ, không cập nhật, kém tin cậy, nhiều hệ thống sổ sách kế toán khác nhau. Hơn nữa, các giao dịch của DNV&N, nhất là của các hộ kinh doanh, các cơ sở sản xuất thường theo
phương thức mua bán trao tay không có hợp đồng kinh tế, một số trường hợp thậm chí không có hoá đơn, thanh toán bằng tiền mặt nên Ngân hàng rất khó đánh giá doanh số hoạt động thực tế cũng như xác minh nguồn trả nợ. Các hóa đơn, phiếu thu, phiếu chi, xuất nhập kho đôi khi còn thiếu sót trong quá trình kiểm tra sau của ngân hàng.
Tính kế hoạch, chiến lược trong hoạt động kinh doanh sản xuất không cao, đặc biệt là khả năng xây dựng kế hoạch tài chính, phương án kinh doanh, dự án đầu tư rất hạn chế; hoạt động kinh doanh chủ yếu theo thương vụ.
Phần lớn đội ngũ lãnh đạo DNV&N chưa được đào tạo bài bản, chủ yếu quản lý doanh nghiệp bằng kinh nghiệm. Phần lớn đội ngũ lãnh đạo DNV&N chưa được đào tạo bài bản, chủ yếu quản lý điều hành dựa vào kinh nghiệm; bộ máy quản lý tài chính thường hay thay đổi, vì vậy khó khăn trong phối hợp với ngân hàng.
Về tài sản bảo đảm: DNV&N chưa có sự rạch ròi giữa tài sản thuộc sở hữu cá nhân và sở hữu doanh nghiệp nên gây khó khăn cho việc nhận TSBĐ của Ngân hàng.