Trong xu thế HNKTQT, ngành du lịch vùng Bắc Trung Bộ nói chung và ngành du lịch biển nói riêng đang đối mặt với không ít khó khăn. Đó là:
Lãnh thổ vùng Bắc Trung Bộ nằm trong khu vực chịu ảnh hưởng trực tiếp của thiên tai như bão, lũ, gió mùa khô nóng (gió Lào) … vì vậy gặp nhiều khó khăn trong hoạt động phát triển KDDL.
Cơ sở vật chất - kỹ thuật ở nơi đây nhìn chung còn chưa được quan tâm đầu tư đúng mức, thiếu đồng bộ, chưa đáp ứng được yêu cầu, ảnh hướng đến chất lượng dịch vụ, đến thời gian lưu trú và thu nhập từ khách du lịch.
Việc khai thác tài nguyên phục vụ phát triển KT - XH trong phạm vi lãnh thổ vùng Bắc Trung Bộ còn nhiều bất cập, hiệu quả sử dụng tài nguyên hạn chế, tác động tiêu cực đến môi trường, làm giảm tính hấp dẫn của các cảnh quan và ảnh hưởng trực tiếp đến tâm lý khách du lịch.
Hệ thống thể chế, chính sách đặc biệt là hệ thống pháp luật tạo môi trường pháp lý cho hoạt động phát triển KT - XH của vùng chưa đồng bộ và thiếu hoàn chỉnh đã ảnh hưởng không nhỏ đến sự phát triển của mỗi ngành kinh tế, trong đó có KDDL.
Tuy mức thu nhập bình quân đầu người đã tăng lên nhưng vẫn còn thấp so với mức trung bình của cả nước. Phát triển kinh tế mới chủ yếu theo chiều rộng, tăng trưởng thiếu bền vững, tích luỹ nội bộ từ nền kinh tế thấp (đặc biệt sau những khó khăn trong những năm vừa qua).
CSVC - HT còn nhiều yếu tố lạc hậu, đặc biệt là hạ tầng giao thông còn thiếu đồng bộ, các công trình đầu mối giao thông quan trọng mới chỉ đang ở giai đoạn quy hoạch. Quy mô sản xuất của các ngành công nghiệp còn nhỏ, chưa có sản phẩm mũi nhọn. Sản xuất nông nghiệp còn nhiều khó khăn do các điều kiện tự nhiên không thuận lợi. Thương mại, dịch vụ chưa phát triển, đặc biệt, khó khăn trong phát triển sản phẩm du lịch chủ đạo là biển đảo do yếu tố mùa vụ tác động bởi thời tiết. Chuyển sang nền KTTT, đội ngũ lao động du lịch còn lúng túng, thiếu kinh nghiệm, thiếu kỹ năng. Đây là những khó khăn không những đối với sự phát triển KDDL mà còn khó khăn đối với các ngành kinh tế khác trong vùng.
Về văn hoá - xã hội, công tác xoá đói giảm nghèo còn thiếu bền vững, chất lượng giáo dục phổ thông còn thấp, chưa đồng đều giữa các địa phương, chất lượng các dịch vụ y tế chưa đáp ứng được yêu cầu của xã hội. Trình độ dân trí nhìn chung chưa cao, đặc biệt ở khu vực nông thôn, miền núi. Các hành vi ứng xử kém văn hóa
trong giao tiếp với du khách còn khá phổ biến và chưa được quản lý tốt đã làm giảm đi đáng kể chất lượng môi trường du lịch và sức hấp dẫn ở các điểm tham quan, ảnh hưởng đến tâm lý của khách du lịch.