Kiểm toán viên thực hiện tốt việc đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ của đơn vị nên nắm vững đợc quy chế kiểm soát nội bộ, đặc điểm tổ chức sản xuất, tổ chức quản lý và chính sách nhân sự của đơn vị .
Với trình độ nghiệp vụ cao, các kiểm toán viên của Ban kiểm toán nội bộ đã phát hiện ra nhiều sai sót, đóng góp đợc cho đơn vị nhiều ý kiến hữu ích để nâng cao hiệu quả quản lý tài chính kế toán, nâng cao hiệu lực của hệ thống kiểm soát nội bộ của đơn vị. Chính vì vậy, công việc kiểm toán đợc các đơn vị coi trọng và tín nhiệm.
Các khoản mục hầu hết đều đợc kiểm toán theo phơng pháp kiểm toán chi tiết nên hạn chế việc bỏ qua các sai sót trọng yếu một cách tối đa.
Các kiểm toán viên thực hiện việc ghi chép trong quá trình kiểm toán rất cẩn thận, chi tiết và đầy đủ nên phản ánh đợc toàn bộ công việc của kiểm toán viên, đảm bảo có căn cứ chứng minh cho các đánh giá, nhận xét và ý kiến của kiểm toán viên.
Trong khâu đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ, kiểm toán viên mới chỉ sử dụng phơng pháp phỏng vấn, trao đổi với nhân viên và lãnh đạo trong đơn vị mà cha sử dụng các công cụ hữu ích nh bảng câu hỏi kiểm soát nội bộ, bảng mô tả về hệ thống kiểm soát nội bộ.
Nếu kiểm toán viên thực hiện khâu phân tích hệ thống kiểm soát nội bộ với những công cụ nêu trên thì rất có thể chúng sẽ giúp kiểm toán viên đạt đợc kết quả công việc tốt hơn.
Trong giai đoạn thực hiện kiểm toán, do thực hiện kiểm toán chi tiết ở hầu hết các khoản mục nên tốn khá nhiều thời gian và công sức của kiểm toán viên.
Kiểm toán viên còn cha chú trọng tới việc đánh giá rủi ro kiểm soát mà chỉ ớc lợng theo kinh nghiệm của mình. Ngoài ra, kiểm toán viên cũng cha chú trọng nhiều đến việc thực hiện các thử nghiệm kiểm soát và đánh giá lại rủi ro kiểm soát nên không giảm bớt đợc số lợng thử nghiệm cơ bản cần thực hiện.
Đối với kiểm toán nội bộ, do ít bị giới hạn về thời gian nên kiểm toán viên có thể sử dụng nhiều trắc nghiệm các số d và kiểm toán chi tiết các khoản mục. Tuy nhiên, để công việc kiểm toán bớt nặng nề thì kiểm toán viên nên sử dụng phơng pháp đánh giá rủi ro, sử dụng thêm các trắc nghiệm phân tích mà hiện nay cha đợc chú ý nhiều trong kiểm toán tại Tổng công ty Bu chính - Viễn thông Việt Nam.
Việc sắp xếp hồ sơ kiểm toán còn một số hạn chế. Tuy giấy tờ làm việc của kiểm toán viên đợc ghi chép rất cẩn thận song nếu cần phải sử dụng lại các thông tin từ những giấy tờ đó thì sẽ gặp khó khăn nếu hồ sơ không đợc tổ chức một cách có hệ thống.