Thứ nhất, là sự không thống nhất trong hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về việc sử dụng thuật ngữ liên quan đến góp vốn bằng quyền sử dụng đất. Cùng quy định về việc góp vốn bằng quyền sử dụng đất, Luật Doanh nghiệp năm 2005 và Bộ luật Dân sự năm 2005 sử dụng thuật ngữ "góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất"; Luật Đất đai năm 2003 sử dụng thuật ngữ "góp vốn bằng quyền sử dụng đất".
Thứ hai, là sự chưa bình đẳng về quyền giữa các tổ chức, cá nhân trong nước với người Việt Nam định cư ở nước ngoài, tổ chức, cá nhân nước ngoài. Người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sử dụng hình thức thuê đất trả tiền thuê hàng năm và trả tiền thuê một lần cho cả thời gian thuê, trong khi đó, tổ chức, cá nhân trong nước không được sử dụng hình thức thuê đất trả tiền một lần. Do hình thức sử dụng đất sẽ quyết định các quyền mà người sử dụng đất đó được hưởng trong đó có quyền góp vốn bằng quyền sử dụng đất, nên các tổ chức, cá nhân trong nước sẽ
bị thiệt thòi hơn so với Việt Nam định cư ở nước ngoài, tổ chức, cá nhân nước ngoài.
Những phân biệt đối xử, dù nhỏ giữa các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế khác nhau về các quyền và nghĩa vụ trong lĩnh vực này cũng có thể tạo ra những bất bình đẳng khó chấp nhận giữa các doanh nghiệp. Chính vì vậy, những quy định có tính phân biệt đối xử tồn tại khá nhiều trong Luật Đất đai (1993), đã được sửa đổi bổ sung các năm 1998 và 2001 đã tạo ra những phản ứng gay gắt từ phía cộng đồng doanh nghiệp và một trong những bất cập lớn của môi trường kinh doanh ở nước ta [2, tr. 138].
Thứ ba, quy định về việc được chuyển nhượng, để thừa kế phần vốn góp bằng giá trị quyền sử dụng đất và nhận lại quyền sử dụng đất đã góp vốn theo thỏa thuận hoặc khi hết thời hạn góp vốn là chưa thật sự chặt chẽ, đặc biệt là trong những trường hợp sau đây:
- Khi người góp vốn bằng quyền sử dụng đất là thành viên hợp danh của công ty hợp danh thì ngoài phần vốn góp ra, thành viên hợp danh còn cần có uy tín cá nhân. Nếu người đó chết, thì người nhận thừa kế tài sản là phần vốn góp bằng quyền sử dụng đất, có trở thành thành viên (hợp danh hoặc góp vốn) của công ty hay không.
- Trong trường hợp góp vốn thành lập doanh nghiệp, người góp vốn bằng quyền sử dụng đất là thành viên sáng lập của công ty vì khi hết hạn góp vốn nhưng tình hình công ty đang làm ăn thua lỗ, tổng tài sản có (không tính giá trị quyền sử dụng đất) không đảm bảo thanh toán các khoản nợ; hoặc trong trường hợp hết thời hạn góp vốn nhưng doanh nghiệp vẫn đang hoạt động nếu rút phần vốn góp là quyền sử dụng đất ra
khỏi công ty lúc này sẽ gây thiệt hại cho các chủ nợ, làm cho công ty lâm vào khả năng mất thanh toán nợ, hoặc ảnh hưởng đến quyền lợi của chủ nợ.
Thứ tư, tại điều 38 của Luật Đất đai quy định Nhà nước sẽ thu hồi đất trong một số trường hợp và không có đền bù là chưa thật sự phù hợp vì cũng có thể sẽ gây ra tình trạng mất khả năng thanh toán nợ của doanh nghiệp, ảnh hưởng đến quyền lợi của chủ nợ trong khi lỗi thuộc về doanh nghiệp.
Thứ năm, pháp luật quy định quyền sử dụng đất đem góp vốn vào doanh nghiệp phải được định giá. Tuy nhiên, lại quy định việc định giá khi thành lập doanh nghiệp do các thành viên, cổ đông sáng lập định giá theo nguyên tắc nhất trí; góp vốn trong quá trình hoạt động do doanh nghiệp và người góp vốn thỏa thuận định giá hoặc do một tổ chức chuyên nghiệp định giá; trường hợp do tổ chức định giá chuyên nghiệp định giá thì giá đó phải được bên góp vốn và bên nhân góp vốn chấp thuận. Quy định như vậy mặc dù phù hợp với nguyên tắc của luật Dân sự nhưng dễ gây ra tình trạng các bên định giá quá cao hoặc quá thấp so với giá trị thực tế của quyền sử dụng đất.
Thứ sáu, các quy định về vấn đề góp vốn bằng quyền sử dụng đất còn tản mát ở nhiểu văn bản pháp luật của các ngành luật khác nhau như Luật Dân sự, Luật Hành chính, Luật Đất đai, Luật Kinh doanh,..gây khó khăn nhất định cho việc tiếp cận và thực hiện các quy định pháp luật của người sử dụng đất, chủ doanh nghiệp và đôi khi còn cho chính những người làm công tác quản lý nhà nước về đất đai, nhất là trong trong điều kiện mặt bằng chung trình độ và ý thức pháp luật của nhân dân còn thấp.
Thứ bảy, mặc dù đã ghi nhận hộ gia đình có quyền góp vốn bằng quyền sử dụng đất nhưng chưa có quy định hướng dẫn cụ thể để các hộ dân thực hiện quyền này. Mặt khác, trong quy định còn chưa thống nhất. Trong khi quy định về quyền góp vốn bằng quyền sử dụng đất của tổ chức trong nước, người Việt Nam định cư ở nước ngoài không thấy ghi được góp vốn với hộ gia đình nhưng trong quy định quyền góp vốn của hộ gia đình thấy co ghi hộ gia đình đươc góp vốn hơp tác sản xuất, kinh doanh với tổ chức, cá nhân, hộ gia đình trong nước, người Việt Nam định cư ở nước ngoài.
Thứ tám, cho đến nay các quy định pháp luật về tổ chức và hoạt động của hệ thống các cơ quan định giá đất chuyên nghiệp chưa đầy đủ.