- Đầu tiên đó là do ảnh hưởng của khủng hoảng tài chính toàn cầu, lạm phát tăng cao và do ảnh hưởng của dịch bệnh (H1N1, H5N1...) dẫn đến lượng khách du lịch giảm...Theo số liệu thống kê của Tổng cục Du lịch thì lượng khách quốc tế đến Việt Nam trong 8 tháng đầu năm 2009, ước đạt 2.479.939 lượt, giảm 17,7% so với cùng kỳ năm 2008. Bên cạnh đó, khủng hoảng kinh tế là nguyên nhân khiến cho tỷ giá hối đoái liên tục thay đổi, đồng Việt Nam mất giá. Điều này cũng làm cho việc kinh doanh của công ty gặp rất nhiều khó khăn.
- Thứ hai, việc đào tạo nguồn nhân lực trong lĩnh vực này không chỉ đào tạo kỹ năng mà còn đào tạo phong cách, văn hóa và phẩm chất cho nhân viên. Phần lớn các trường, việc đào tạo còn mang nặng tính lý thuyết trong khi đây là ngành đòi hỏi phải có những hoạt động thực tế. Trong khi đó, hoạt động du lịch đòi hỏi “cơ bản nhất vẫn là con người, thể hiện trong cử chỉ hành động, thái độ, từ ánh mắt đến nụ cười...Tất cả những ai tiếp xúc với khách du lịch đều sẽ ảnh hưởng đến chất lượng du lịch”. Chính vì lẽ đó mà việc đào tạo nguồn nhân lực trong lĩnh vực này cũng là một vấn đề hết sức khó khăn. Nó ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động kinh doanh của Hanoitourist nói riêng và các doanh nghiệp kinh doanh lữ hành nói chung.
- Thứ ba, Du lịch Việt Nam trong giai đoạn đầu gia nhập WTO, cho nên vừa phải hợp tác, vừa tìm hiểu cơ chế và luật chơi quốc tế nên có nhiều hạn chế và khó khăn trong khi hệ thống luật pháp chưa hoàn chỉnh. Hội nhập sẽ tạo áp lực rất lớn với doanh nghiệp Hanoitourist trong cạnh tranh. Quá trình hội nhập, mở cửa cũng có thể tạo ra nguy cơ phá hoại môi trường và cảnh quan du lịch nếu không có sự quan tâm và những biện pháp quản lý hiệu quả. Đó là một thách thức chính đang đặt ra đối với cả ngành du lịch Việt Nam trong đó có doanh nghiệp Hanoitourist.
- Thứ tư, trong quá trình phát triển, doanh nghiệp Hanoitourist nói riêng và các doanh nghiệp kinh doanh lữ hành nói chung đều sử dụng các phương tiện cơ sở hạ tầng chung của xã hội như: mạng lưới giao thông, mạng lưới điện nước, thông tin
liên lạc... Nhưng đa số các doanh nghiệp đánh giá cơ sở hạ tầng của Việt Nam ở mức kém hoặc rất kém, mạng lưới giao thông hiện tại là rất tệ như ở thành phố Hồ Chí Minh thường xuyên xảy ra tình trạng kẹt xe, điều này ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động du lịch của doanh nghiệp.
- Thứ năm, tính thời vụ trong du lịch cũng gây rất nhiều khó khăn cho công ty lữ hành Hanoitourist noi riêng và các công ty kinh doanh lữ hành nói chung. Tính thời vụ trong du lịch làm cho việc sử dụng tài nguyên du lịch, cơ sở vật chất kỹ thuật và lao động không hết công suất gây lãng phí lớn. Nguồn nhân lực trong các công ty lữ hành không được sử dụng hết dễ gây sự chuyển dịch trong việc làm. Mối quan tâm của nhân viên trong việc nâng cao trình độ nghiệp vụ bị hạn chế.