Tại KPMG việc chọn mẫu được chọn theo các cách sau: sử dụng phần mềm chọn mẫu MUS, hoặc sử dụng sự xét đoán của kiểm toán viên để chọn mẫu theo đơn vị tiền tệ. Tuy nhiên, thực tế cho thấy các kiểm toán viên vẫn chủ yếu sử dụng cách thứ hai. Theo cách này, kiểm toán viên có thể chọn mẫu theo hướng hoặc chọn mẫu có giá trị mẫu chọn chiếm tỷ trọng trên 70% giá trị mẫu chọn hoặc chọn mẫu đối với các khoản có giá trị lớn, trên 5%, 10%... giá trị của SMT.
Việc chọn mẫu như trên sẽ dẫn đến các khoản có giá trị nhỏ sẽ không xuất hiện trong mẫu chọn và như vậy rủi ro chọn mẫu sẽ cao vì có thể xảy ra trường hợp sai phạm xảy ra với các phần tử có giá trị nhỏ này nhưng tổng các sai phạm lại ảnh hưởng trọng yếu hoặc trong trường hợp các phần tử này chứa đựng những sai phạm mang tính hệ thống, lặp đi lặp lại hoặc có nguy cơ là gian lận.
Nguyên nhân mà chương trình MUS ít được các kiểm toán viên thực hiện một phần là do chương trình này hơi phức tạp, hay xuất ra những khoản bị trùng, làm cho mẫu chọn nhiều khi kém hiệu quả. Vì vậy, để giảm rủi ro chọn mẫu, công ty (bộ phận IT) nên nghiên cứu lại phần mềm chọn mẫu MUS để
có thể sử dụng chính xác, và các kiểm toán viên nên tăng cường sử dụng chương trình này để giảm tải công việc, nâng cao năng suất làm việc. Việc áp dụng xét đoán nghề nghiệp có thể áp dụng với các kích cỡ mẫu nhỏ hoặc không có sự kiện bất thường nào xảy ra với tổng thể cần chọn mẫu. Ngoài ra, kiểm toán viên không nhất thiết phải chọn mẫu với giá trị mẫu phải trên70% giá trị tổng thể, mà có thể tùy theo từng tình huống, tính chất của tổng thể, hiệu quả của hệ thống kiểm soát với khoản mục này, hay đánh giá của kiểm toán viên về rủi ro tiềm tàng và rủi ro kiểm soát, để từ đó đưa ra giá trị mẫu chọn cho phù hợp.
