• Năng suất lao động giảm
Tốc độ tăng trưởng bình quân hàng năm GDP trên đầu người của Nhật Bản giảm xuống mức thấp trong những năm 1990 có thể là do mức tăng của năng suất tổng nhân tố (TFP) giảm. Sở dĩ mức tăng của TFP ở Nhật Bản thời kỳ 1991-2000 lại giảm mạnh là do chính sách hỗ trợ các doanh nghiệp hoạt động thiếu hiệu quả. Chính sách này còn hạn chế đầu tư tăng năng suất, các nhà sản xuất kém lại sản xuất được thêm nhiều sản lượng. Từ khi Nhật Bản thực hiện các biện pháp ổn định tạm thời các ngành đặc biệt khó khăn vào năm 1988, ngay năm đó mức tăng TFP chỉ ở mức thấp 0,64%. Ba năm trước đó, mức tăng TFP là 2,5%/năm, sáu năm sau đó, mức tăng chỉ còn là 2,18%/năm. Năng suất lao động giảm còn có thể do phân bổ nguồn lực giữa các ngành thiếu hợp lý và nguyên nhân khiến có sự không hợp lý trong phân bổ nguồn lực giữa các ngành là thị trườngyếu tố sản xuất kém linh hoạt.
•Nợ đọng
Tình trạng giảm phát ở Nhật đã tạo ra hiện tượng nợ đọng (bao gồm nợ khó đòi và nợ xấu). Doanh nghiệp đang có nợ đọng nhiều sẽ không vay vốn được để tiếp tục sản xuất và từ đó tình trạng nợ lại kéo dài thêm. Nếu cho vay thêm để doanh nghiệp sản xuất thì dẫn đến tình trạng đầu tư quá mức ở các xí nghiệp hoạt động kém hiệu quả. Trong khi đó các xí nghiệp có khả năng mở rộng sản xuất lại khó vay vốn trong điều kiện kinh tế khó khăn. Đây là một nguyên nhân nữa khiến nợ đọng lại đẻ ra nợ đọng.
Từ năm 1990, giá nhà đất tại Nhật lên đỉnh cao, sự tăng trưởng nóng về thị trường bất động sản này khiến cho các ngân hàng Nhật tập trung cho vay đầu tư bất động, đến đầu năm 1993 bong bóng bất động sản bắt đầu nổ vỡ, hàng loạt doanh nghiệp đầu cơ phá sản, mất khả năng thanh toán nợ ngân hàng, do cung tăng vượt quá cầu. Năm 1994, ngân hàng Hyogo sụp đổ, năm 1996 một loạt công ty cho vay bất động sản đóng cửa. Đến
năm 1997, công ty chứng khoán Yamaichi và Hokkaido Takushoku ngừng hoạt động, năm 1998, Chính phủ Nhật bản bắt đầu bơm tiền vào các ngân hàng và quốc hữu hoá ngân hàng Long Term Credit Bank và Nippon Credit Bank. Đến năm 1999, Chính phủ bơm tiền lần thứ hai vào các ngân hàng và NHTW Nhật áp dụng chính sách lãi suất cơ bản 0%.Tuy nhiên, chính sách tiền tệ nới lỏng của Nhật không hiệu quả, một loạt các ngân hàng lớn bị sáp nhập. Đến năm 2000, Ngân hàng Trung ương Nhật mới thực sự dỡ bỏ chính sách lãi suất bằng 0%.
• Đầu tư tư nhân giảm
Suy thoái kinh tế dẫn đến hàng loạt công ty bị phá sản không có tiền trả nợ ngân hàng, ngân hàng ôm nợ xấu, nhiều ngân hàng và các công ty tài chính lâm vào cảnh khó khăn, thậm chí đổ vỡ theo. Thực trạng này làm cho nhiều giới đầu tư trong và ngoài nước không còn lòng tin vào thị trường tài chính Nhật Bản. Năm 1995, nhiều tổ chức kinh doanh tiền tệ của nước ngoài rút khỏi Nhật Bản và chuyển sang thị trường tài chính khác ở châu Á. Nhiều công ty nổi tiếng ở Nhật trong những ngành công nghiệp mũi nhọn, trụ cột như: Hitachi, Toshiba, điện cơ Mitsubishi đều bị sa sút trong kinh doanh do đó đầu tư tư nhân trong nước giảm mạnh. Các ngân hàng lại ngần ngại cho vay vì nợ xấu nhiều đã làm cho đầu tư tư nhân giảm. Chính nhu cầu đầu tư giảm làm tổng cầu giảm và kinh tế suy giảm trầm trọng.