• Chính sách tiền tệ thiếu hợp lý:
Ngân hàng Nhật Bản không thực hiện chính sách tiền tệ hợp lý, đó là một trong những nguyên nhân gây ra thập niên mất mát của nước này. Ngân hàng Nhật Bản chậm trễ trong việc nới lỏng chính sách tiền tệ (giảm lãi suất). Đến khi quyết định giảm lãi suất thì giảm không đủ mức và vội vàng nâng lãi suất ngay khi nền kinh tế có dấu hiệu phục hồi năm 1993.
Giữa năm 1995, lãi suất ngắn hạn giảm từ 2% xuống còn 0.4~0.5%. Đến năm 1997 khi kinh tế Nhật Bản rơi vào suy thoái, Ngân hàng Nhật Bản không cón khả năng
giảm lãi suất. Từ năm 1998, nền kinh tế chính thức rơi vào trạng thái giảm phát, lãi suất thực tế tăng lên. Đầu tư và tiêu dùng tư nhân bắt đầu giảm làm cho khoảng cách giữa tổng cầu và tổng cung tăng, giảm phát càng nghiêm trọng hơn và đây chính là “bẫy giảm phát” mà Nhật Bản mắc phải. Giảm phát làm cho gánh nặng nợ của doanh nghiệp tăng do nợ quá hạn gia tăng, làm cho lợi nhuận doanh nghiệp giảm vì lãi suất thực tế và tiền công thực tế trở nên cao hơn. Do đó, doanh nghiệp dè dặt trong đầu tư thiết bị, làm ho tổng cầu giảm.
Trong thời kỳ bong bóng kinh tế và thời kỳ bong bong tan vỡ, cung tiền ở Nhật Bản lên cao và xuống thấp bất thường nhưng lã suất ngắn hạn có xu hướng cố định. Ngân hàng Nhật Bản chỉ làm cho cung tiền và cầu tiền cân bằng để giữ lạm phát khỏi tăng mà không quan tâm tới mục tiêu tổng quát hơn như tăng trưởng GDP.
Nhật Bản phải đối đầu với một môi trường kinh doanh giao dịch bất lợi. Sự tăng giá của đồng Yên đã làm giảm giá cạnh tranh của hàng hoá Nhật Bản trong mối tương quan với các hàng hoá được sản xuất bởi các hãng nước ngoài. Tính theo sức mua (PPP), giá trị đồng Yên quá cao so với giá trị thực tế. Theo tính toán của Cơ quan Hoạch định Kinh tế Nhật Bản, định giá theo sức mua của đồng Yên là 115¥ trên một đô la đối với hàng hoá giao dịch và 155¥ trên một đô la đối với hàng tiêu dùng. Sự tăng giá quá cao này của đồng Yên được phản ánh trong của tài khoản thặng dư khổng lồ. Năm 1992, số dư tài khoản hiện có bằng đồng đôla Mỹ đã đạt kỉ lục là 130 tỉ đôla. Khoản thặng dư này phản ánh tỉ lệ tiết kiệm rất cao của quốc gia, tuy nhiên lại không cần thiết cho việc tạo nên một đồng Yên có giá quá cao như vậy. Nếu Nhật Bản có thể nhanh chóng xoay vòng khoản thặng dư nước ngoài bằng đồng đôla đã thu được thông qua giao dịch quốc tế thì áp lực lên đồng Yên sẽ không lớn. Nhưng ngành tài chính Nhật Bản đã siết chặt chu trình xoay vòng này. Cùng với sự suy giảm lợi nhuận và không ngừng tăng các chi phí tái cơ cấu, các tập đoàn đa quốc gia của Nhật Bản có xu hướng nghiêng về việc chuyển đổi giá trị thu nhập từ đồng đôla sang đồng Yên. Động thái này lại tiếp tục kích thích sự tăng giá của đồng Yên.
Kể từ năm 1992, Chính phủ Nhật Bản bắt đầu tăng chi tiêu tài chính công để vực dậy nền kinh tế. Tuy nhiên, chính sách này chính sách này không nhằm mục tiêu tối đa hóa tác động vĩ mô. Giá trị các gói kích cầu nhỏ, không đủ vực dậy nền kinh tế mà nhằm vào các công trình công cộng cà giảm thuế chung chung, không dành cho chi tiêu vào mạng lưới an sinh xã hội và giảm thuế tiêu dùng. Do đó làm xấu thêm vấn đề nợ của nhà nước.
Năm 1997, Chính phủ của Tổng thống Ryutaro Hashimoto tăng thuế tiêu dùng từ 3% lên 5%. Mặc dù thuế thu nhập cá nhân đã được cắt giảm để bù đắp nhưng việc tăng thuế tiêu dùng cũng không giảm được khó khăn cho người Nhật trong bối cảnh khủng hoảng tài chính châu Á đang diễn ra. Đây là một thảm họa đẩy nền kinh tế rơi vào suy thoái.
• Sự yếu kém, lạc hậu của hệ thống ngân hàng tài chính Nhật.
Đây là nguyên nhân dài hạn, cơ bản và trực tiếp dẫn đến suy thoái kinh tế Nhật, giảm phát triền miên thể hiện ở các khía cạnh sau:
Hệ thống tài chính ngân hàng Nhật nhiều năm chịu sự kiểm soát chặt chẽ của Bộ tài chính ngân hàng và là cơ quan đại diện cho Chính phủ đã không còn phù hợp với điều kiện tự do cạnh tranh hiện nay.
Mối quan hệ giữa các quan chức Chính phủ với giới tư nhân ngày càng tha hóa, biến chất dẫn đến nạn đầu cơ, tham nhũng, vụ lợi cá nhân. Điển hình như công ty chứng khoán Yamaichi sau khi phát hiện phá sản, cơ quan điều tra đã phát hiện ra rằng công ty còn giấu đến 260 tỷ Yên tại ngân hàng Fuji. Còn với hai ngân hàng Nippon Credit và Long term Credit sau khi quốc hữu hóa, cơ quan giám sát tài chính Nhật Bản (FSA) mới phát hiện ra tổng số nợ khó đòi của 17 ngân hàng lớn nhất Nhật Bản.
• Sự già hóa dân số và gánh nặng của các chính sách bảo đảm phúc lợi xã hội.
Sự già hóa dân số đang gia tăng ở Nhật Bản về thực chất chính là do tác động tích cực của sự phát triển kinh tế Nhật từ nhiều năm trước. Kinh tế Nhật trước đây phát triển mạnh dẫn đến thu nhập và mức sống người dân khá cao, chính sách bảo đảm phúc lợi xã
hội người già tăng cao dẫn đến tuổi thọ của người dân Nhật tăng lên, số lượng người già trên 65 tuổi ngày càng tăng. Bên cạnh đó, một nguyên nhân tâm lý xã hội do lớp trẻ vốn đã quen với nếp sống thực dụng, nhịp sống lại quá khẩn trương nên phần lớn trong số họ không muốn sinh con nhiều, cùng lắm là chỉ sinh một con, có những người không muốn kết hôn,…Tất cả những vấn đề này đã làm cho cơ cấu dân số Nhật Bản mất cân đối: số lượng người già tăng nhanh nhưng lại ít trẻ em. Điều này đã dẫn đến hậu quả thiếu sức lao động trong nền kinh tế Nhật từ đó ảnh hưởng đến năng suất lao động xã hội và một loạt các tác động tiêu cực sau làm cho nền kinh tế suy thoái trầm trọng:
Thứ nhất, sức mua người tiêu dùng giảm do người già ít có nhu cầu mua sắm hơn, thu nhập trong nền kinh tế giảm vì ít người trong độ tuổi lao động
Thứ hai, tỷ lệ tích lũy gia đình giảm, giảm đầu tư vào nền kinh tế
Thứ ba, giảm đóng thuế cho nhà nước do đó làm tăng gánh nặng cho ngân sách nhà nước trong việc thực hiện đầu tư, chi tiêu công
Do đó, xu hướng già hóa dân số của Nhật Bản đã và đang ảnh hưởng xấu đến nền kinh tế trong giai đoạn lúc đó và có tác động làm giảm tổng cầu, suy thoái kinh tế.