Trước năm 2002, việc xử lý các tồn tại tài chính như nợ và tài sản tồn đọng, lỗ lũy kế,…là thách thức và khó khăn lớn nhất đối vỡi hoạt động định giá doanh nghiệp. Điều này khiến cho thời gian xác định bị kéo dài, giá trị doanh nghiệp vẫn còn chứa đựng giá trị ảo, cơ chế xử lý còn mang nặng tính bao cấp. Việc xử lý các vấn đề tài chính nêu trên vấn mang tính chất trình-duyệt chứ không đưa ra những tiêu chuẩn, cơ chế, chính sách để xử lý.
Nghị định 64 năm 2002 đã bước đầu tạo khung pháp lý cho việc xử lý dứt điểm các khoản nợ và tài sản tồn đọng, lỗ lũy kế với một cơ chế tăng cường trách nhiệm, đảm bảo hài hòa các lợi ích của Nhà nước, doanh nghiệp, người lao động, nhà đầu tư. Trong đó, nguyên tắc áp dụng cho việc xử lý các khoản tổn thất là: Doanh nghiệp được sử dụng các khoản dự phòng, lợi nhuận trước thuế để bù đắp, nếu không đủ thì mới giảm trừ vào phần vốn Nhà nước tại doanh nghiệp.
Song song với đó, Chính phủ đã thành lập Công ty Mua bán nợ và Tài sản tồn đọng để hỗ trợ các doanh nghiệp xử lý dứt điểm những tồn tại về tài chính trước khi định giá và chuyển đổi sở hữu. Việc làm này nhằm hướng tới sự lành mạnh hóa tài chính trong doanh nghiệp, giúp công tác định giá được thực hiện nhanh chóng, thuận lợi, kết quả định giá phản ánh đúng giá trị thực tế của doanh nghiệp, từ đó tạo cơ sở vững chắc cho việc lập phương án chuyển đổi sở hữu cũng như phục vụ cho việc ra quyết định đầu tư.
Nghị định 187/2004/NĐ-CP tiếp tục tăng cường quyền tự quyết của doanh nghiệp CPH trong việc xử lý dứt điểm các tồn tại về tài chính, nợ và tài sản tồn đọng khi chuyển thành công ty cổ phần. Vai trò của Công ty mua bán nợ và tài sản tồn đọng của doanh nghiệp được coi trọng trong vấn đề xử lý tồn tại tài chính tại doanh nghiệp: “Đến thời điểm quyết định công bố giá trị doanh nghiệp, doanh nghiệp cổ phần hóa có trách nhiệm bàn giao các khoản công nợ không có khả năng thu hồi đã loại khỏi giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa (kèm theo hồ sơ, tài liệu liên quan) cho công ty Mua bán nợ và tài sản tồn đọng của doanh nghiệp để xử lý theo quy định của pháp luật”.