Mặc dù cơ chế chính sách tài chính về chuyển đổi DNNN thành Công ty cổ phần đã và đang được hoàn thiện theo hướng tạo mọi điều kiện cho doanh nghiệp cổ phần hóa xử lý mọi tồn tại, lành mạnh hóa tài chính nhưng doanh nghiệp vẫn gặp khá nhiều khó khăn trong việc xử lý tài chính như sau:
Nợ phải thu khó đòi
Doanh nghiệp nhà nước vẫn còn những khoản nợ phải thu khó đòi chưa được xử lý; các khoản nợ này trong quá trình hoạt động kinh doanh, doanh nghiệp đã quan tâm xử lý bằng việc trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi vào chi phí kinh doanh. Mức trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi tuỳ theo khả năng tổn thất hoặc đã quá thời hạn cam kết thanh toán. Đến thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, mặc dù khoản nợ đó vẫn không có khả năng thu hồi, nhưng không được loại trừ khỏi giá trị tài sản của doanh nghiệp, khoản dự phòng đã trích lập cho khoản nợ này sau khi sử dụng để bù đắp tổn thất cho khoản nợ không có khả năng thu hồi, nếu còn, doanh nghiệp hoàn nhập vào kết quả kinh doanh. Do đó, khoản nợ phải thu khó đòi mặc dù đã được trích lập dự phòng nhưng vẫn được bàn giao sang Công ty cổ phần, khi thực sự không đòi được thì đó là khoản lỗ của Công ty cổ phần phải gánh chịu và không có nguồn bù đắp. Ngoài ra, các quy định về xử lý nợ yêu cầu phải có căn cứ, chứng từ hồ sơ đầy đủ thì mới được xử lý. Trên thực tế, rất khó thực hiện vì đa số các khoản nợ này phát sinh từ rất lâu, những cá nhân liên quan đến các tồn tại về nợ đã thuyên chuyển công tác hoặc đã nghỉ hưu, việc quy trách nhiệm của tập thể hoặc cá nhân liên quan gặp khó khăn, không xử lý được. Vì vậy, việc xử lý nợ đã kéo
dài tiến trình sắp xếp và cổ phần hóa hoặc khoản nợ khó đòi đó được chuyển sang Công ty cổ phần tiếp tục xử lý.
Sản phẩm dở dang
Đối với sản phẩm dở dang, công trình đầu tư xây dựng dở dang, theo quy định giá trị được xác định theo thực tế phát sinh hạch toán trên sổ kế toán. Quy định này trong một số trường hợp có sự bất cập đó là trong các khoản chi phí đã phát sinh có thể có những khoản chi không hợp lý hoặc có những khoản chi thực tế đã chi nhưng cần phải xem xét đánh giá lại đó là giá trị quyền sử dụng đất. Ví dụ, một doanh nghiệp X xây dựng một toà nhà để bán. Toà nhà này theo thiết kế là có 10 tầng gồm 30 căn hộ. Doanh nghiệp đã xây xong 10 tầng, trong đó đã hoàn thiện 20 căn hộ. Như vậy, ở đây sản phẩm dở dang được xác định như thế nào ? Phải chăng 10 căn hộ chưa hoàn thiện được coi là sản phẩm dở dang, 20 căn hộ hoàn thiện được coi là thành phẩm (vì sau khi hoàn thiện là sử dụng được ngay). Với việc xác định như trên, tiền sử dụng đất doanh nghiệp đã nộp cho diện tích đất xây dựng toà nhà này phải được tính theo giá trị thị trường và phân bổ vào thành phẩm hoàn thành cũng như 10 căn hộ dở dang còn lại, có như vậy chi phí dở dang mới phản ánh đúng giá trị của khối lượng sản phẩm dở dang. Nếu cho rằng tất cả 30 căn hộ đều là dở dang thì chi phí về đất chỉ tính theo giá trị hạch toán trên sổ, không được đánh giá lại theo giá đất tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp. Ngược lại, có trường hợp tuy vẫn còn trong giai đoạn xây dựng dở dang nhưng Công ty và người mua nhà đã ký hợp đồng mua bán nhà; người mua nhà nộp tiền theo tiến độ xây dựng hoàn thành, tiền sử dụng đất đã được người mua nhà thanh toán ngay tại thời điểm ký hợp đồng, Công ty kinh doanh nhà đã nộp ngân sách tiền sử dụng đất theo giá ghi trên hợp đồng và người mua nhà đã thanh toán tiền, trong đó có tiền sử dụng đất; đến thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp công trình chưa hoàn thành, nếu tính giá đất theo giá thị trường có thể cao hơn giá đất tại thời điểm người mua nhà thanh toán, trường hợp này người mua nhà không trả thêm (vì giá trị hợp đồng giữa Công ty
kinh doanh nhà và người mua nhà đã được ấn định), Công ty cổ phần kinh doanh nhà sau khi chuyển đổi sẽ phải chịu lỗ khoản tiền đất tính tăng thêm.
2.2.4. Phương pháp định giá