Phương thức định giá thông qua tổ chức tài chính trung gian được coi là phương thức hợp lý nhất trong thời gian gần đây. Tuy nhiên, có một dấu hỏi lớn được đặt ra cho năng lực của chính các tổ chức này! Liệu các tổ chức định giá này có khả năng đáp ứng được các tiêu chí độc lập, chuyên nghiệp và minh bạch? Cơ sở nào để đánh giá chất lượng công tác định giá do các tổ chức này thực hiện? Các tổ chức định giá độc lập tại Việt Nam có đủ trình độ và kinh nghiệm để định giá cho các DNNN lớn và phức tạp hay không?
Trong thời gian đầu thực hiện phương thức định giá này, có nhiều tổ chức định giá được lựa chọn thực hiện việc định giá doanh nghiệp chưa thực sự có đủ năng lực chuyên môn và kinh nghiệm nghề nghiệp để thực hiện một cách có hiệu quả và chuẩn xác kết quả định giá doanh nghiệp. Các tổ chức được chọn có thể chỉ là do đó là một tổ chức tài chính có chức năng định giá như công ty Chứng khoán, công ty Kiểm toán.
Tư vấn, định giá doanh nghiệp thông qua tổ chức trung gian là một trong những nghiệp vụ mang tính chuyên nghiệp, nhưng nhiều tổ chức định giá trong quá trình thực hiện lại tỏ ra yếu kém về chuyên môn nghiệp vụ. Tính chuyên nghiệp, độc lập của các tổ chức định giá còn thấp, trong quá trình định giá còn lệ thuộc vào ý kiến của doanh nghiệp. Vì chưa thực sự tin tưởng vào kết quả xác định giá trị doanh nghiệp của các tổ chức định giá nên thời gian thẩm định lại kết quả trước khi công bố giá trị doanh nghiệp còn kéo dài làm chậm tiến độ cổ phần hóa. Một mặt, do chưa chiếm được niềm tin của khách hàng về chất lượng dịch vụ, các tổ chức cung ứng dịch vụ chuyển sang cạnh tranh với nhau chủ yếu thông qua giá cả. Thông qua hình thức: Hạ phí, khuyến mại tổ chức cung ứng dịch vụ đạt được mục tiêu ký được hợp đồng tư vấn, xác định giá trị doanh nghiệp. Đây là hình thức cạnh tranh không lành mạnh làm cho chất lượng hoạt động tư vấn, xác định giá trị doanh nghiệp không cao. Mặt khác, với mức phí theo quy định hiện hành, tổ chức cung cấp dịch vụ khó có điều kiện đầu tư, thuê các nhân viên có kinh nghiệm, có năng lực nghiệp vụ để thực hiện hợp đồng, làm ảnh hưởng đến chất lượng tư vấn, xác định giá trị doanh nghiệp.
Để nâng cao chất lượng định giá doanh nghiệp, Bộ Tài chính đã ban hành Quy chế lựa chọn tổ chức định giá doanh nghiệp; Quy chế quản lý, giám sát hoạt động tư vấn và xác định giá trị doanh nghiệp cũng như các tiêu chuẩn đánh giá năng lực của tổ chức định giá. Hàng năm, Bộ tài chính cung cấp danh sách các tổ chức đủ điều kiện định giá doanh nghiệp. Việc làm này đã góp phần tích cực vào việc nâng cao chất lượng và tính tin cậy của hoạt động định giá.