Các loài bò sát của Việt Nam nằm trong 3 bộ: nhóm rắn có nhiều loài (172 loài) và thằn lằn (110 loài) đều nằm trong bộ Squamata và nhóm rùa ít đa dạng hơn (34 loài; bộ Testudines) và cá sấu (2 loài; bộ Crocodilia). Mặc dù rất khác nhau về mặt hình dạng, bò sát có 2 đặc điểm thích nghi chung giúp chúng không phụ thuộc vào môi trường ẩm: da được phủ bằng các vẩy sừng giúp tránh bị khô và sự hình thành trứng có vỏ bảo vệ giúp chúng có thể đẻ bất cứ đâu, trừ trong nước. Xuất hiện đầu tiên từ hơn 280 triệu năm trước đây, bò sát đã trở thành loại động vật chiếm ưu thế trên cạn 50 triệu năm sau đó. Các kiểu phân bố về đa dạng và đặc hữu khác nhau giữa các nhóm này. Giống như ếch, số lượng các loài rắn đặc hữu có lẽ cao nhất ở các vùng núi, trong khi đó thằn lằn dường như có nhiều loài đặc hữu ở miền Nam, trong đó có 8 loài ở Côn Đảo ngoài khơi phía Đông Nam của Việt Nam. Số lượng loài rắn và thằn lằn phân bố đều ở các vùng đồng bằng và vùng núi của Việt Nam, trong khi đó rùa nhìn chung là các loài sống ở vùng đồng bằng và số lượng loài cao nhất tập trung trong môi trường sống này cả ở miền Bắc và miền Nam. Các nhóm bò sát có số lượng loài cao nhất là tắc kè (họ Gekkonidae: 32 loài) và thằn lằn bóng (họ Scincidae: 42 loài), cả hai họ này đều là thằn lằn, và rắn nước (họ Colubridae: 130 loài), là nhóm rắn rất đa dạng. Các nhóm có số lượng loài thấp ở Việt Nam nhưng chiếm tỷ lệ cao trong tổng số các loài trên toàn cầu gồm có rắn mống (họ Xenopeltidae: cả hai loài) và thằn lằn giun (họ Dibamidae: 6 trong tổng số 19 loài). Bò sát chiếm một phần đáng kể trong số các loài động vật có xương sống ở Việt Nam mà sự tồn tại của chúng trong tự nhiên bị đe dọa bởi việc khai thác nhằm mục đích buôn bán. IUCN liệt kê hơn 3 phần tư số lượng các loài rùa vào loại bị đe dọa toàn cầu, trong đó có 3 loài đặc hữu, rùa trung bộ (Mauremys annamensis), rùa hộp Buarê (Cuora bourreti) và rùa hộp đẹp (Cuora picturata), loài này chỉ thu được từ các chợ phía Nam. Cá sấu Xiêm (Crocodylus siamensis; thuộc loại cực kỳ nguy cấp) hiện nay đã bị tuyệt
chủng ở Việt Nam, mặc dù chương trình thả lại hiện nay đang được tiến hành ở Vườn Quốc gia Cát Tiên. Mặc dù không bị đe dọa toàn cầu, hai loài kì đà của Việt Nam, kì đà vân (Varanus bengalensis) và kì đà hoa (V. salvator) rất đáng lo ngại vì chúng chịu sức ép do khai thác để lấy cả thịt lẫn da. Số phận của rắn hổ (họ Elapidae) và trăn (họ Boidae) cũng không có gì chắc chắn.