Ngân hàng chưa chủ động xây dựng chính sách tín dụng: Là một ngân hàng thương mại nhà nước chưa cổ phần, hoạt động của NHNo&PTNT Mỹ Hào luôn phụ thuộc vào chỉ tiêu kế hoạch mà NHNo&PTNT tỉnh Hưng Yên và NHNo&PTNT Việt Nam đã định hướng và áp đặt xuống. Sự chủ động trong vấn đề lập kế hoạch hoạt động, những điều chỉnh cơ chế chính sách có nhiều hạn chế, khoảng thời gian chờ đợi cấp trên phê duyệt là rất lâu mất đi sự chủ động trong hoạt động của chi nhánh. Hoạt động trên địa bàn có nhiều lợi thế, định hướng mở rộng tín dụng với các DNNQD, doanh nghiệp vừa và nhỏ đã rõ ràng nhưng NHNo&PTNT Mỹ Hào vẫn chưa thực sự có phương án để thực hiện định hướng phát triển quan trọng này.
Lãi suất cho vay hiện đang áp dụng tại NHNo&PTNT Mỹ Hào cao hơn hẳn so với các ngân hàng thương mại cùng đang hoạt động trên địa bàn: Hiện nay mức lãi suất cho vay ngắn hạn tại NHNo&PTNT Mỹ Hào là 1,03% trong khi Ngân hàng ngoại thương Việt Nam (Vietcombank) cũng hoạt động trên địa bàn huyện Mỹ Hào chỉ áp dụng mức lãi suất cho vay ngắn hạn là 0,85%. Đây là một cản trở lớn cho việc gia tăng dư nợ của ngân hàng
Ngân hàng còn dè dặt trong khi cung cấp tín dụng cho các doanh nghiệp ngoài quốc doanh. Khi các DNNQD có yêu cầu cấp tín dụng, ngân hàng quá chú trọng đến tài sản đảm bảo, trong khi trong hoạt động ngân hàng hiện nay tính khả thi của dự án, tín khả thi của phương án kinh doanh mới là căn cứ hàng đầu để xem xét khi cấp tín dụng. Các khoản vay lớn vượt thẩm quyền ngân hàng phải trình lên ngân hàng cấp trên thẩm định làm thời gian
chờ đợi kéo dài gây khó chịu cho khách hàng. Không ít những khách hàng bị ngân hàng từ chối cho vay do sự quá cầu toàn trong chế độ kế toán doanh nghiệp, minh bạch trong báo cáo tài chính…
Chưa chủ động đi tìm khách hàng và lựa chọn dự án để tài trợ: Đây là một hạn chế rất lớn thể hiện sức ỳ trong tư duy của người làm tín dụng, sự kém năng động của ngân hàng khi cơ chế thị trường đã có nhiều thay đổi.
Hoạt động Marketting chỉ hướng sự tập trung vào một vài hoạt động như huy động vốn, mở tài khoản thẻ, dịch vụ chuyển tiền . Các hoạt động Marketting nhằm mở rộng hoạt động tín dụng thì không hề được triển khai. Ngân hàng không có chuyên viên riêng thực hiện hoạt động này trong khi nền kinh tế phát triển thì hoạt động Marketting tác động trực tiếp tới kết quả kinh doanh, trở thành khâu quan trọng trong hoạt động của bất kỳ tổ chức kinh tế hoạt động vì mục tiêu lợi nhuận nào.
Trình độ cán bộ tuy đã được đào tạo tập huấn song thực tế còn nhiều bất cập, cán bộ tín dụng còn hạn chế về kiến thức thị trường, kiến thức về pháp luật và kiến thức về khả năng phân tích những dự án kinh tế lớn. Việc sắp xếp bố trí cán bộ còn thiếu so với yêu cầu chung. Một số cán bộ thực hiện chưa tốt các giải pháp nâng cao chất lượng tín dụng, chưa chấp hành đúng quy trình (thẩm định sơ sài, cho vay chưa nắm chắc tình hình sản xuất kinh doanh, khả năng tài chính khách hàng; thiếu kiểm tra sau khi cho vay, kiểm tra chưa kịp thời hoặc kiểm tra có tính chất chiếu lệ, hình thức). Một số cán bộ tín dụng chưa thực sự hết trách nhiệm với công việc, ngại làm thủ tục cho những món vay có tài sản đảm bảo giá trị cao, chưa đầy đủ kiến thức thẩm định, đánh giá khách hàng, dẫn đến phiền hà, tiêu cực trong giao dịch với khách hàng.