Vấn đề khó khăn nhất của doanh nghiệp và chính vốn tự có ban đầu hạn hẹp là một lý do khiến doanh nghiệp khó tiếp cận được vốn của ngân hàng. Vốn tự có tham gia theo quy định của ngân hàng cũng là một trong những yếu tố mà nhiều DNNQD quy mô nhỏ gặp phải, đa số doanh nghiệp trên địa bàn lại có quy mô nhỏ và mới thành lập, những doanh nghiệp mới thành lập thường rất khó khăn trong việc chứng minh đầy đủ vốn tham gia dự án. Vì vậy, khó khăn cho ngân hàng trong việc ra quyết định cung cấp tín dụng.
Phương án sản xuất kinh doanh hay dự án của các doanh nghiệp trình bày thường chưa rõ ràng, thiếu chi tiết, không toát lên được tính khả thi. Phần lớn những DNNQD trên địa bàn chưa có khả năng xây dựng chiến lược phát triển lâu dài, quản lý doanh nghiệp chưa khoa học do đó có những dự án khả thi nhưng việc xây dựng phương án lại không phù hợp. Khi phương án sản xuất hay dự án được xem là không khả thi nghĩa là có thể gặp rủi ro cao trong thanh toán nợ trong tương lai, những món vay này dù có tài sản đảm bảo lớn cũng khó có thể được chấp nhận cho vay.
Chế độ kế toán hiện đang áp dụng tại các DNNQD trên địa bàn còn chưa đầy đủ theo pháp lệnh kế toán thống kê, phần lớn các doanh nghiệp chưa lập đầy đủ các báo cáo tài chính. Thêm vào đó trình độ kế toán doanh nghiệp còn non trẻ, việc hạch toán lộn xộn, không rõ ràng gây khó khăn cho việc theo dõi của nhân viên tín dụng.
Thời gian gần đây, một vài DNNQD chây ỳ, cố tình không trả nợ gốc và lãi cho NHNo&PTNT Mỹ Hào khi đến hạn, gây tâm lý lo ngại khi cho vay DNNQD cho các cán bộ tín. Một vài doanh nghiệp làm ăn thua lỗ không trả được nợ cho ngân hàng. Rủi ro liên tục xảy ra làm giảm chất lượng tín dụng, ngân hàng e dè trong việc cấp tín dụng cho các DNNQD.