Nợ xấu trung và dài hạn tăng dần qua các năm. Năm 2011 tăng 122,98 % so với năm 2010. Sang năm 2012 nợ xấu trung và dài hạn tăng 115,79% so với năm 2011. Nguyên nhân nợ xấu tăng cao phần lớn do khả năng trả nợ của các khách hàng ngày một kém đi khi kinh tế tiếp tục suy thoái, cầu tiêu dùng yếu, nợ xấu cao do Ngân hàng phải chuyển nhóm nợ xấu của nhiều khoản cho vay đồng tài trợ cùng các Ngân hàng khác do Habubank đảm nhiệm trƣớc kia. Ngoài ra việc, chuyển nhóm một số khoản nợ cũng khiến nợ xấu tăng cao. Thực tế này phản ánh tình hình khó khăn của cả hệ thống cũng nhƣ nền kinh tế, phần lớn do những nguyên nhân khách quan. Trên thực tế, đây cũng là tình
cảnh của hầu hết Ngân hàng trong cùng hệ thống và hầu hết nợ có khả năng mất vốn đều hàng nghìn tỷ đồng. Nợ xấu không chỉ phản ánh khó khăn của Ngân hàng mà còn cho thấy năng lực trả nợ của các doanh nghiệp quá yếu và kinh tế đang ngày một đi xuống. Đa số các khoản nợ xấu trung và dài hạn này tập trung vào lĩnh vực công nghiệp hóa, thƣơng mại và các dự án xây dựng cơ sở hạ tầng cho các doanh nghiệp.
Nợ xấu trung và dài hạn 6 tháng đầu năm 2013 giảm so với cùng kì năm 2012. Nợ xấu giảm trong 6 tháng đầu năm 2013 là do công tác thu nợ tăng và các biện pháp tăng cƣờng xử lý nợ xấu của Ngân hàng có hiệu quả từ cuối năm 2012. Một phần do sự cơ cấu lại nợ xấu và các biện pháp nhằm hỗ trợ khách hàng giảm nợ xấu tăng nguồn vốn sản xuất kinh doanh. Và các biện pháp nhằm tháo gỡ khó khăn cho các doanh nghiệp gặp khó khăn của chính quyền Thành phố đặc biệt trong lĩnh vực xây dựng, thủy sản, chế biến xuất khẩu... và hỗ trợ các doanh nghiệp tƣ nhân , doanh nghiệp vừa và nhỏ.