Bên cạnh những kết quả mà Ban đầu tư Tổng công ty đã đạt được, trong quá trình lập dự án vẫn còn tồn tại một số những vướng mắc sau:
• Về kế hoạch và chiến lược đầu tư: Hiện nay tại Ban đầu tư Tổng công ty Vinaconex hoạt động lập dự án được triển khai theo kế hoạch cụ thể nhưng kế hoạch còn chưa chi tiết. Chính sách, quy định của nhà nước còn thay đổi khiến cho công tác lập dự án bị ảnh hưởng.
• Phương pháp lập dự án: Phương pháp lập dự án đôi khi vẫn thực hiện dập khuôn, do vậy các nội dung lập dự án nhiều khi được phân tích máy móc, chưa có sự sáng tạo, không áp dụng những quy định mới về lập dự án của quốc tế (thực tế một số phương pháp, nội dung phân tích trong công tác lập dự án ở Việt Nam đã lạc hậu, không thích ứng so với thế giới) thực trạng này đòi hỏi có sự cập nhật thông tin bên ngoài, ứng dụng khoa học kỹ thuật tiến bộ có liên quan tới những vấn đề về dự án đầu tư để hoàn thiện thêm công tác lập dự án. Mặt khác mặc dù các cán bộ trong
ban đã áp dụng nhiều phương pháp khác nhau để lập dự án nhưng có một số
phương pháp áp dụng còn chưa phù hợp với dự án lập. phương pháp dự báo vẫn chủ yếu dựa vào ý kiến chủ quan của người lập, chưa linh hoạt và cần phải điều chỉnh thêm.
• Về nhân sự thực hiện dự án: Các cán bộ phân tích dự án còn ít cán bộ được đào tạo đúng chuyên ngành chính quy (Kinh tế đầu tư). Các bộ được bổ sung tiếp cận là cán bộ trẻ có lòng nhiệt tình, tiếp thu nhanh, có tính sáng tạo, có tinh thần tư giác cố gắng hoàn thiện nhiệm vụ được giao tuy nhiên họ còn đang mới mẻ với công việc của dự án, còn thiếu kinh nghiệm thực tiễn do vậy công tác lập và quản lý dự án còn gặp nhiều khó khăn.
• Về mặt tổ chức quản lý và thực hiện công tác lập dự án: Hình thức tổ chức quản lý theo hình thức chủ nhiệm dự án, các chủ nhiệm dự án là thành viên trong ban đầu tư của Tổng công ty, có trách nhiệm lập yêu cầu kỹ thuật cho các đơn vị chuyên ngành. Thực tế tại Tổng công ty một chủ nhiệm dự án luôn phải kiêm nhiệm nhiều dự án một lúc cùng những công việc đột xuất khác, do đó tính tập trung trong dự án bị hạn chế nên nhiều khi làm chậm trễ hơn so với kế hoạch.
• Nội dung lập dự án:
+ Về phân tích kỹ thuật của dự án: Phần giải pháp kỹ thuật của dự án đã nêu rất rõ những khía cạnh địa lý, kinh tế - xã hội… của dự án nhưng không nêu rõ những ảnh hưởng đó có ảnh hưởng đến dự án hay không và nếu ảnh hưởng nhiều thì ảnh hưởng như thế nào, mức độ ảnh hưởng, ảnh hưởng tích cực hay tiêu cực và cách khắc phục… Trong phần giải pháp kiến trúc thường chỉ nói chung chung là xây dựng bao nhiêu tầng, vị trí như thế nào, kết cấu ra sao… nhưng không chỉ ra thuận tiện như thế nào, cho việc gì.. Tuy nhiên dự án lại không nghiên cứu kỹ phần lao động sẽ phục vụ cho dự án.
+ Về phân tích các chỉ tiêu hiệu quả tài chính, kinh tế - xã hội của dự án: việc tính toán các chỉ tiêu hiệu quả trong phân tích tài chính dự án đầu tư mới chỉ dừng ở việc tính toán chác chỉ tiêu NPV, IRR, thời gian hoàn vốn nội bộ, điểm hòa vốn chứ chưa tính đến các chỉ tiêu khác như RR, B/C. Chưa chú trọng phân tích khía cạnh kinh tế xã hội, đa phần các chỉ tiêu kinh tế xã hội chỉ mang tính định tính, các chỉ tiêu mang tính định lượng như: Giá trị gia tăng thuần (NAV), Giá trị hiện tại ròng kinh tế (NPVe), tỷ số lợi ích/ chi phí kinh tế (B/Ce) không được đề cập đến. Bên cạnh đó, tính khả thi về tài chính của dự án chỉ mới được đánh giá thông qua các chỉ
tiêu phản ánh về mặt tài chính mà chưa được thể hiện thông qua việc xem xét độ an toàn về tài chính như: An toàn về nguồn vốn, an toàn về khả năng thanh toán và nghĩa vụ tài chính ngắn hạn, khả năng trả nợ. Những chỉ tiêu an toàn hiệu quả tài chính này đặc biệt quan trọng đặc biệt là trong điều kiện thị trường xây dựng luôn biến động liên tục như hiện nay