Nguyên tắc: dựa trên sự phối hợp giữa phương pháp PCR và phương pháp sử dụng các dideoxynucleotide. Phương pháp dùng dideoxynucleotide được Sanger và ctv đề nghị. Nguyên tắc chính của phương pháp là dựa vào dự tổng hợp nhờ enzyme DNA polymerase mạch bổ sung cho trình tự DNA mạch đơn cần xác định. Đặc trưng của phương pháp này là ngoài bốn loại nucleotide thông thường còn sử dụng thêm bốn loại dideoxynucleotide là những deoxynucleotide trong đó nhóm 3'OH được thay bằng H. điều này khiến các dideoxynucleotide không còn khả năng hình thành các nối phosphodiester nên sẽ làm ngưng quá trình tổng hợp.
Phản ứng tổng hợp được tiến hành trong bốn phân đoạn riêng. Người ta lần lượt cho vào mỗi phân đoạn một trong bốn loại dideoxynucleotide với hàm lượng rất nhỏ. Do hàm lượng dideoxynucleotide sử dụng thấp nên thỉnh thoảng mới có một dideoxynucleotide được sử dụng vào phản ứng tổng hợp một oligonucleotide và lập tức sự tổng hợp oligonucleotide đó ngừng lại. Xác suất trong mỗi phân đoạn sẽ có mặt tất cả các cỡ oligonucleotide ứng với toàn bộ các nucleotide cùng loại hiện diện trên trình tự DNA cần xác định. Mỗi loại dideoxynucleotide được đánh dấu bằng một fluochrome có màu khác nhau và kết quả trình tự sẽ được đọc qua hệ thống máy vi tính sau khi điện di sản phẩm trên gel polyacrylamide.
Ưu điểm: phương pháp giải trình tự là "tiêu chuẩn vàng" trong định type HCV vì có tính chính xác cao.
Lựa chọn vùng gen để giải trình tự: mỗi vùng gen có tính đa dạng di truyền khác nhau. Hiện nay, có nhiều vùng gen HCV được chọn để định type.
Vùng 5'NC: đây là vùng rất bảo tồn trong bộ gen HCV, nên không đủ tính đa dạng cho phép định type HCV (Halfon, 1997). Ngoài ra, khác biệt giữa các type không đáng kể, giữa type 4 và type 1 chỉ khác 6 nucleotide (Ansaldi, 2001); giữa thứ type 1a và 1b chỉ khác nhau một nucleotide tại vị trí 99 của bộ gen HCV( thứ type 1a chứa guanine, thứ type 1b chứ adenine. Do đó, nếu dựa vào vùng 5'NC để định type HCV thì khó phân biệt được các thứ type, đôi khi nhằm lẫn giữa các thứ type.
Vùng lõi: đây là vùng kém bảo tồn hơn vùng 5'NC nên có tính khác biệt cao và cũng được dùng để định type HCV. Có nhóm tác giả cho rằng nếu dựa vào vùng lõi HCV để định type thì không đảm bảo phát hiện được tất cả các type HCV. Nhóm tác giả khác lại cho rằng, dựa vào vùng lõi định type HCV là một cách xác định type chính xác và rõ ràng.
Vùng NS5B: nhiều nghiên cứu sử dụng vùng NS5B của bộ gen HCV để định type vì vùng này có tính đa biến về nucleotide cao, có thể phân biệt rõ ràng giữa các thứ type. Tuy nhiên, chiều dài của đoạn gen cần phân tích cũng ảnh hưởng đến kết quả định type. Nghiên cứu của Maertene và Stuyver năm 1997, nhận thấy nếu chiều dài đoạn cần phân tích có kích thước nhỏ khoảng 222 base, thường xuyên bị trùng lặp lẫn nhau, khó định được type chính xác. Chiều dài đoạn phân tích phải ít nhất có 329 base, dựa vào vùng NS5B, có thể định được 99,8% các chủng HCV nghiên cứu.