Kiểm toán ngân sách cấp Huyện, cấp Xã nằm trong khuôn khổ của cuộc kiểm toán ngân sách tỉnh. Tuỳ thuộc vào từng tỉnh để lựa chọn số l−ợng Huyện thực hiện kiểm toán. Tỉnh lớn nh− Thanh Hoá, Nghệ An phải chọn 9-10 Huyện, Tỉnh nhỏ chọn 4-6 Huyện, ở mỗi Huyện lại chọn để thực hiện kiểm toán 2- 4 xã. Nh− vậy thông th−ờng mỗi đoàn kiểm toán sẽ phải bố trí từ 2 tổ kiểm toán ngân sách cấp Huyện trở lên, mỗi tổ sẽ kiểm toán từ 2 đến 3 Huyện. Việc bố trí nhân sự kiểm toán NS mỗi Huyện cần 1 tổ kiểm toán 4 KTV trong đó cần có KTV có chuyên môn về thu NS, chi NS, chi XDCB; vì vậy phải kết hợp các tổ kiểm toán thu, các tổ kiểm toán chi, các tổ kiểm toán chi đầu t− XDCB để hình thành lên tổ kiểm toán NS cấp Huyện. Việc bộ trí kiểm toán ngân sách cấp Huyện, Xã tr−ớc hay sau là tuỳ thuộc vào điều kiện của từng Tỉnh. Thông th−ờng những Tỉnh kiểm toán vào đầu năm sẽ kiểm toán ngân sách Huyện sau vì còn để cho Huyện có thời gian lập quyết toán; Những tỉnh kiểm toán vào dịp giữa và cuối năm thì kiểm toán ngân sách Huyện tr−ớc (vì th−ờng kiểm toán NS Huyện phải đi xa và cũng nhiều nội dung hơn).
Thời gian kiểm toán 1 Huyện khoảng 10 ngày làm việc, nh− vậy một tỉnh phải bố trí từ 20-30 ngày kiểm toán ngân sách cấp Huyện.
Về chỉ đạo quản lý: Lãnh đạo đoàn phải bám sát mục tiêu, nội dung và kế hoạch kiểm toán đã xác định để chỉ đạo; quán triệt việc chấp hành nội quy, quy chế hoạt động, chú ý tác phong sinh hoạt khi làm việc với đơn vị cơ sở. Tổ tr−ởng tổ kiểm toán sau 1 ngày triển khai kiểm toán phải xây dựng đ−ợc ch−ơng trình kiểm toán chi tiết. Trong đó xác định nội dung công việc cụ thể, chọn đơn vị kiểm toán bao gồm các cơ quan tổng hợp, các đơn vị dự toán, các Xã; phân công KTV và bố trí thời gian kiểm toán cho từng nội dung công việc từng đơn vị để
trình Tr−ởng đoàn duyệt tr−ớc khi thực hiện. Tổ tr−ởng chịu trách nhiệm chỉ đạo theo đúng ch−ơng trình kiểm toán chi tiết đã đ−ợc duyệt và chịu trách nhiệm về chất l−ợng kiểm toán.