Bên cạnh những kết quả đạt được, công ty cũng không tránh khỏi những khó khăn của một doanh nghiệp trẻ bước chân vào kinh doanh TMĐT đầy thách
thức, công ty còn có một số vấn đề tồn tại khi ứng dụng các công cụ Marketing điện tử vào hoạt động kinh doanh. Đó là:
Thứ nhất, mặc dù Công ty đã chú trọng đến việc ứng dụng các công cụ Marketing điện tử vào hoạt động kinh doanh nhưng chưa có một kế hoạch, chiến lược rõ ràng, cụ thể. Hầu hết các hoạt động Marketing điện tử được đề ra theo thời kỳ ở từng thời điểm nó chưa trở thành một chiến lược trong dài hạn mà mới chỉ ứng dụng ở mức tác nghiệp, các hoạt động marketing diễn ra đại trà mang tính bị động nên gây lãng phí và hiệu quả chưa cao. Dẫn đến hiệu quả ứng dụng các công cụ điện tử trong chính sách marketing còn chưa thực sự cao.
Thứ hai, xếp hạng từ khóa trên các công cụ tìm kiếm còn bất ổn, thay đổi liên tục. Điều này chứng tỏ rằng Công ty đang phụ thuộc vào những từ khóa không ổn định.
Thứ ba, công ty chưa xây dựng được các tiêu chí cụ thể rõ ràng để đo lường, đánh giá hiệu quả sử dụng các công cụ Marketing điện tử. Hiện nay, việc đánh giá hiệu quả của các công cụ này chỉ là kiểm tra trên google a. Việc làm này chỉ giúp công ty có cái nhìn khách quan về số lượng người truy cập website hay thời gian khách hàng ở lại website chứ không biết được nguyên nhân cụ thể nằm ở đâu để có cách giải quyết thích hợp nhất.
Thứ tư, mặc dù đã triển khai việc quảng cáo trên facebook nhưng lại chưa đem lại hiệu quả thực sự. Số lượng khách hàng biết đến fanpage của công ty còn ít, thông tin trên đó cũng khá nghèo nàn, sơ sài, chưa có sự đầu tư bài bản, kỹ lưỡng.