Những tồn tại trên do nhiều nguyên nhân, từ các yếu tố môi trường bên ngoài và bên trong doanh nghiệp gây ra như:
3.1.3.1 Nguyên nhân khách quan
Hạ tầng viễn thông, CNTT nước ta còn thấp so với thế giới về các chỉ số kết nối của nền kinh tế, mức độ sẵn sàng, mục đích của TMĐT.
Các phương pháp làm SEO website luôn có sự thay đổi theo các xu hướng cập nhật của thuật toán Google, do đó nếu website không có sự cập nhật phương thức tối ưu website mới thì sẽ nhanh chóng bị lạc hậu.
Số lượng các đối thủ cạnh tranh gia nhập vào lĩnh vực này ngày càng nhiều, bao gồm cả thị trường truyền thống và trực tuyến. Các đối thủ ngày càng có
nhiều dịch vụ hấp dẫn, mới lạ để thu hút khách hàng dẫn đến tính cạnh tranh trong ngành ngày một gia tang và phải luôn đổi mới, sáng tạo.
Khách hàng chưa tin dùng vào việc kinh doanh trên Internet, có sự thận trọng và bảo thủ, định kiến về TMĐT nên rất khó thuyết phục tham gia.
3.1.3.2 Nguyên nhân chủ quan
Thứ nhất, cơ sở hạ tầng kỹ thuật còn yếu kém, nhiều khi khách hàng không truy cập được website, không thu hút được sự chú ý của khách hàng.
Thứ hai, yếu tố nhân lực, đây là nhân tố quan trọng quyết định đến sự thành công của việc ứng dụng các công cụ Marketing điện tử. Nhân viên mặc dù đã có những kỹ năng cơ bản để thực hiện những công việc của mình nhưng lại chưa có nhiều kinh nghiệm thực tế, thêm vào đó phải đảm đương nhiều công việc một lúc nên hiệu quả đem lại là chưa cao
Thứ ba, công tác quản lý điều hành chưa tốt, kiểm soát, đánh giá quá trình ứng dụng các công cụ Marketing điện tử chưa được chú trọng, tất cả chỉ mang tính tự phát chứ chưa được quan tâm và đầu tư một cách hợp lý.
Thứ tư, việc đầu tư tài chính cho việc sử dụng các công cụ Marketing điện tử chưa được quan tâm, chú trọng. Công ty chủ yếu đăng bài quảng cáo, giới thiệu trên các diễn đàn miễn phí, chưa có sự đầu tư đặt backlink trên các website chất lượng cao.